| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-15页 |
| 第1章 绪论 | 第15-34页 |
| ·计算机辅助药物设计的基本理论和方法 | 第15-22页 |
| ·计算机辅助药物设计的基本理论 | 第15-16页 |
| ·常用的计算机辅助药物设计方法 | 第16-22页 |
| ·阻断 HIV 进入细胞抑制剂的研究意义和研究进展 | 第22-34页 |
| ·抗 HIV 药物的研究意义和研究进展 | 第22-29页 |
| ·阻断 HIV 进入细胞的抑制剂研究进展 | 第29-34页 |
| 第2章 理论计算与方法 | 第34-59页 |
| ·分子对接方法 | 第34-42页 |
| ·分子对接的基本原理 | 第35-36页 |
| ·优化搜索算法 | 第36-42页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第42-50页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第42页 |
| ·积分法 | 第42-43页 |
| ·势函数 | 第43-46页 |
| ·边界条件 | 第46-49页 |
| ·SHAKE 算法 | 第49-50页 |
| ·结合自由能的计算 | 第50-58页 |
| ·受体-配体结合的亲和力 | 第50页 |
| ·线性相互作用能方法 | 第50-54页 |
| ·基于主方程的自由能计算方法 | 第54-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第3章 HIV-1 多肽融合抑制剂的设计研究 | 第59-82页 |
| ·HIV-1 跨膜蛋白gp41 与多肽抑制剂的分子动力学模拟 | 第59-73页 |
| ·研究背景及意义 | 第59-61页 |
| ·计算方法 | 第61-64页 |
| ·结果与讨论 | 第64-73页 |
| ·多肽抑制剂的改造研究 | 第73-80页 |
| ·研究背景及意义 | 第73-74页 |
| ·计算方法 | 第74页 |
| ·结果讨论 | 第74-80页 |
| ·本章小结 | 第80-82页 |
| 第4章 抗 HIV-1 小分子融合抑制剂的研究 | 第82-102页 |
| ·跨膜蛋白gp41 与小分子抑制剂的结合模式 | 第82-92页 |
| ·研究背景及意义 | 第82-83页 |
| ·计算方法 | 第83-85页 |
| ·结果讨论 | 第85-92页 |
| ·跨膜蛋白gp41 与小分子抑制剂的结合自由能计算 | 第92-100页 |
| ·研究背景及意义 | 第92-93页 |
| ·计算方法 | 第93-95页 |
| ·结果讨论 | 第95-100页 |
| ·本章小结 | 第100-102页 |
| 第5章 抗 HIV-1 融合抑制剂耐药机理研究 | 第102-125页 |
| ·研究背景及意义 | 第102-104页 |
| ·计算方法 | 第104-106页 |
| ·同源模建 | 第104页 |
| ·分子动力学模拟 | 第104-105页 |
| ·主成分分析 | 第105页 |
| ·聚类分析 | 第105-106页 |
| ·结果讨论 | 第106-123页 |
| ·同源蛋白结构模建 | 第106-109页 |
| ·野生型的分子动力学模拟结果 | 第109-112页 |
| ·突变体的分子动力学模拟结果 | 第112-123页 |
| ·野生型和突变型的比较 | 第123页 |
| ·本章小结 | 第123-125页 |
| 第6章 总结与展望 | 第125-128页 |
| ·论文工作总结 | 第125-126页 |
| ·论文创新点 | 第126页 |
| ·展望 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-145页 |
| 攻读博士学位期间所发表的学术论文目录 | 第145-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
