| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-26页 |
| ·基因组时代的生物信息学分析 | 第12-14页 |
| ·生物信息学的产生与发展 | 第12-13页 |
| ·比较基因组分析 | 第13-14页 |
| ·同义密码子使用模式 | 第14-19页 |
| ·遗传编码系统 | 第14-16页 |
| ·同义密码子使用模式 | 第16-17页 |
| ·密码子使用偏好性及其生物学基础 | 第17-19页 |
| ·研究密码子使用模式的意义 | 第19页 |
| ·分子系统发育分析和分子进化研究方法 | 第19-21页 |
| ·适应性进化和自然选择 | 第21-22页 |
| ·本研究工作的目的和技术路线 | 第22-26页 |
| 第二章 高等植物基因组中密码子使用模式分析 | 第26-76页 |
| ·同义密码子使用的分析方法 | 第26-32页 |
| ·衡量同义密码子偏好性的各项指标 | 第26-29页 |
| ·分析密码子使用模式的统计方法 | 第29-31页 |
| ·分析密码子使用模式的各种生物信息学资源 | 第31-32页 |
| ·核、线粒体以及叶绿体基因的密码子使用模式比较—以小麦为例 | 第32-48页 |
| ·前言 | 第32-33页 |
| ·数据 | 第33-34页 |
| ·方法 | 第34-35页 |
| ·结果 | 第35-43页 |
| ·讨论 | 第43-48页 |
| ·单子叶植物和双子叶植物基因组中密码子使用模式的比较 | 第48-65页 |
| ·前言 | 第48页 |
| ·数据 | 第48-49页 |
| ·方法 | 第49-50页 |
| ·结果 | 第50-63页 |
| ·讨论 | 第63-65页 |
| ·利用对应性分析方法鉴定小麦种子储存蛋白编码基因 | 第65-76页 |
| ·前言 | 第65-66页 |
| ·数据 | 第66页 |
| ·方法 | 第66-67页 |
| ·结果 | 第67-74页 |
| ·讨论 | 第74-76页 |
| 第三章 密码子使用模式在构建系统发育树上的应用 | 第76-86页 |
| ·系统发育树的构建 | 第76-78页 |
| ·分子系统发育树的构建方法 | 第76页 |
| ·非对位排列的基因组构树方法 | 第76-77页 |
| ·利用密码子使用模式构建进化树的方法 | 第77-78页 |
| ·结合密码子使用模式和序列长度的方法构建系统发育树 | 第78-86页 |
| ·前言 | 第78页 |
| ·数据 | 第78页 |
| ·方法 | 第78-80页 |
| ·结果 | 第80-83页 |
| ·讨论 | 第83-86页 |
| 第四章 基于密码子水平的适应性进化检测—以HCV病毒为例 | 第86-114页 |
| ·基因重复和适应性进化 | 第86页 |
| ·最大似然法 | 第86-90页 |
| ·最大似然法和似然比检验 | 第86-87页 |
| ·密码子替代模型 | 第87-88页 |
| ·分支间可变选择压力模型的似然比检验 | 第88页 |
| ·位点间可变选择压力模型的似然比检验 | 第88-89页 |
| ·分支—位点间可变选择压力模型的似然比检验 | 第89页 |
| ·PAML软件 | 第89-90页 |
| ·Suzuki-Gojobori法检测正选择 | 第90-91页 |
| ·原理 | 第90-91页 |
| ·软件 | 第91页 |
| ·检测适应性进化的两种主要方法间的比较 | 第91-92页 |
| ·应用最大似然法检测 HCV包膜蛋白编码基因的适应性进化 | 第92-106页 |
| ·前言1: HCV的遗传多样性和分子流行病学特征 | 第92-95页 |
| ·前言2: HCV的防治现状 | 第95-96页 |
| ·前言3: HCV适应性进化位点研究 | 第96-97页 |
| ·数据 | 第97-98页 |
| ·方法 | 第98-99页 |
| ·结果 | 第99-103页 |
| ·讨论 | 第103-106页 |
| ·应用 Suzuki-Gojobori法检测 HCV不同基因亚型的适应性进化位点 | 第106-114页 |
| ·数据 | 第106-107页 |
| ·方法 | 第107-108页 |
| ·结果 | 第108-111页 |
| ·讨论 | 第111-114页 |
| 第五章 一种新的推测基因序列中最优密码子的策略 | 第114-126页 |
| ·前言 | 第114-115页 |
| ·数据 | 第115页 |
| ·方法 | 第115-117页 |
| ·结果与讨论 | 第117-126页 |
| 第六章 总结与展望 | 第126-128页 |
| ·总结 | 第126页 |
| ·进一步研究的方向 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-140页 |
| 致谢 | 第140-142页 |
| 附录 | 第142-159页 |
| 附录1 | 第142-157页 |
| 附录2 | 第157-158页 |
| 附录3 | 第158-159页 |
| 附:已正式发表的论文 | 第159-173页 |
