| 前言 | 第1-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 第一章 全新药物设计方法的新进展 | 第12-24页 |
| ·全新药物设计方法的分类 | 第12页 |
| ·全新药物设计方法的步骤 | 第12-16页 |
| ·受体结合位点分析 | 第13页 |
| ·分子的生成和优化 | 第13-15页 |
| ·分子的打分评价 | 第15-16页 |
| ·全新药物设计方法的应用 | 第16页 |
| ·结语 | 第16-20页 |
| 参考文献 | 第20-24页 |
| 第二章 药物设计虚拟片断组合库的设计和构建 | 第24-39页 |
| ·引言 | 第24页 |
| ·材料和方法 | 第24-27页 |
| ·分子结构拆分和分析 | 第24-26页 |
| ·片断组合库的构建 | 第26-27页 |
| ·结果与讨论 | 第27-31页 |
| ·分子结构的拆分和分析 | 第27-30页 |
| ·片断组合库的构建 | 第30-31页 |
| ·结论 | 第31-36页 |
| 参考文献 | 第36-39页 |
| 第三章 全新药物设计系统的设计研究 | 第39-56页 |
| ·引言 | 第39-40页 |
| ·程序的设计原理 | 第40-41页 |
| ·位点分析模块 | 第40页 |
| ·分子设计模块 | 第40-41页 |
| ·分析评价模块 | 第41页 |
| ·程序的应用验证 | 第41-44页 |
| ·药物分子全新设计的方法步骤 | 第42-43页 |
| ·药物分子全新设计的结果 | 第43-44页 |
| ·讨论 | 第44-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 第四章 14α去甲基化酶底物进出通道拉伸动力学研究 | 第56-70页 |
| ·概述 | 第56-57页 |
| ·材料与方法 | 第57-58页 |
| ·分子模型 | 第57-58页 |
| ·SMD模拟 | 第58页 |
| ·结果与讨论 | 第58-62页 |
| ·平衡过程 | 第59-60页 |
| ·SMD模拟 | 第60-62页 |
| ·结论 | 第62-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 附录A 交互式全新药物分子设计系统用户手册 | 第70-105页 |
| A.1 介绍 | 第70-72页 |
| A.1.1 说明 | 第70页 |
| A.1.2 全新药物设计方法 | 第70-71页 |
| A.1.3 系统功能 | 第71页 |
| A.1.4 系统特性 | 第71-72页 |
| A.2 系统安装 | 第72-73页 |
| A.2.1 系统需要 | 第72页 |
| A.2.2 安装软件 | 第72-73页 |
| A.3 快速入门 | 第73-79页 |
| A.3.1 分子设计流程 | 第73页 |
| A.3.2 程序初始设置 | 第73-75页 |
| A.3.3 活性位点分析 | 第75-76页 |
| A.3.4 分子生成 | 第76-77页 |
| A.3.5 平价筛选 | 第77-79页 |
| A.4 程序初始设置 | 第79-86页 |
| A.4.1 分子力场设置 | 第79-82页 |
| A.4.2 片断数据库设置 | 第82-84页 |
| A.4.3 受体结构预处理 | 第84-85页 |
| A.4.4 配体结构预处理 | 第85-86页 |
| A.5 受体结合位点分析 | 第86-92页 |
| A.5.1 原理 | 第86-87页 |
| A.5.2 设置网格参数 | 第87-88页 |
| A.5.3 初始化网格 | 第88-89页 |
| A.5.4 网格探针分析 | 第89-90页 |
| A.5.5 位点分布分析 | 第90-92页 |
| A.6 分子的生成过程 | 第92-97页 |
| A.6.1 原理 | 第92页 |
| A.6.2 起始构建单元的产生 | 第92页 |
| A.6.3 构建单元的生长和连接 | 第92-93页 |
| A.6.4 网格信息设定 | 第93-94页 |
| A.6.5 活性位点的选择组合 | 第94-95页 |
| A.6.6 药效基团的对接 | 第95-96页 |
| A.6.7 基本骨架的定位 | 第96-97页 |
| A.6.8 连接片断的连接 | 第97页 |
| A.7 分子的打分评价 | 第97-102页 |
| A.7.1 原理 | 第97-98页 |
| A.7.2 经验势能函数评价 | 第98-99页 |
| A.7.3 经验结合自由能评价 | 第99页 |
| A.7.4 基于知识的平均势函数 | 第99-100页 |
| A.7.5 类药性筛选 | 第100-101页 |
| A.7.6 多重打分设定 | 第101-102页 |
| A.8 技术支持 | 第102-103页 |
| A.8.1 常见问题 | 第102-103页 |
| A.8.2 联系信息 | 第103页 |
| A.9 附录 | 第103-105页 |
| A.9.1 定义 | 第103-105页 |
| 致谢 | 第105页 |