| 提要 | 第1-7页 |
| 第1章 绪论 | 第7-17页 |
| ·本文研究目的和意义 | 第7-8页 |
| ·DNA微流控芯片 | 第8-9页 |
| ·DNA在纳米管中的各种简化模型 | 第9-11页 |
| ·球-弹簧模型（Bead-Spring Model） | 第10页 |
| ·球-杆模型（Bead-Rod Model） | 第10页 |
| ·通用球-杆GBR模型（General Bead-rod Model） | 第10-11页 |
| ·DNA运动的数值模拟 | 第11页 |
| ·噬菌体内DNA的形状 | 第11-12页 |
| ·研究噬菌体的意义 | 第12-14页 |
| ·噬菌体国内外研究现状 | 第14-15页 |
| ·国内研究现状 | 第14页 |
| ·国外研究现状 | 第14-15页 |
| ·本文的研究内容 | 第15-17页 |
| 第2章 DNA模型的建立 | 第17-39页 |
| ·计算机模拟优势 | 第17-18页 |
| ·模拟方法的选择 | 第18-19页 |
| ·一维随机行走模型 | 第19-20页 |
| ·DNA链的简化模型 | 第20-24页 |
| ·随机力的产生方法 | 第24-25页 |
| ·模型参数的确定 | 第25-29页 |
| ·键长的选择 | 第25-28页 |
| ·时间步长的选择 | 第28-29页 |
| ·自由DNA链的固有属性 | 第29-31页 |
| ·转移扩散系数 | 第31页 |
| ·不同参数时的几何构象性质验证 | 第31-38页 |
| ·b=10nm a=2.2nm时DNA静态属 | 第32-35页 |
| ·b=3.18nm a=1.59nm时DNA静态属 | 第35-38页 |
| ·本章小结 | 第38-39页 |
| 第3章 DNA在纳米通道内的运动 | 第39-58页 |
| ·通道约束施加方法 | 第39-44页 |
| ·圆形管壁约束 | 第39-41页 |
| ·管道内的均方方向角 | 第41-43页 |
| ·Lennard-Jones管壁约束 | 第43-44页 |
| ·两种管壁施加方法的比较 | 第44-46页 |
| ·DNA链在纳米通道内的电泳运动 | 第46-47页 |
| ·不同参数对DNA运动的影响 | 第47-51页 |
| ·不同初始形状的运动对比 | 第47-48页 |
| ·相同拉力时的运动对比 | 第48-50页 |
| ·不同拉力时的运动对比 | 第50-51页 |
| ·不同时间步长的运动对比 | 第51页 |
| ·DNA链在纳米通道内的各种能量 | 第51-56页 |
| ·本章小结 | 第56-58页 |
| 第4章 噬菌体内DNA包装力学 | 第58-90页 |
| ·噬菌体生命周期与力学的关系 | 第58-60页 |
| ·噬菌体内DNA包装能量计算 | 第60-78页 |
| ·噬菌体内DNA链的弯曲势能 | 第60-65页 |
| ·噬菌体内DNA链的相互作用能 | 第65-67页 |
| ·噬菌体内DNA链的总能量计算 | 第67-73页 |
| ·四种DNA在排斥区域的计算 | 第73-75页 |
| ·四种DNA在排斥区域时的简化计算 | 第75-78页 |
| ·模拟结果与国外实验对比 | 第78-79页 |
| ·布朗动力学在噬菌体中的应用 | 第79-88页 |
| ·拉力对DNA链延伸量的影响 | 第79-80页 |
| ·噬菌体内DNA包装模拟 | 第80-84页 |
| ·分子马达的包装模拟 | 第84-88页 |
| ·本章小结 | 第88-90页 |
| 第5章 全文总结 | 第90-93页 |
| ·论文工作总结 | 第90-91页 |
| ·本文的创新点 | 第91-92页 |
| ·未来工作展望 | 第92-93页 |
| 附录A 与角度相关的弯曲力计算表达式 | 第93-94页 |
| 附录B 与角度无关的拉伸力及弯曲力计算表达式 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-101页 |
| 摘要 | 第101-103页 |
| Abstract | 第103-105页 |
| 致谢 | 第105-106页 |
| 导师及作者简介 | 第106-107页 |
