| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-33页 |
| 1 分子标记技术的发展概况 | 第13-18页 |
| ·RFLP(Restriction Fragment Length Polymorphism，限制性片段长度多态性) | 第13-14页 |
| ·RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA，随机扩增多态DNA) | 第14-15页 |
| ·AFLP(Amplified Fragment Length Polymorhism，扩增片段长度多态性) | 第15-16页 |
| ·Microsatellites (或 SSRs，Simple Sequence Repeats，简单序列重复) | 第16-17页 |
| ·SNP(Single Nucleotide Polymorphism，单核苷酸多态性) | 第17-18页 |
| 2 微卫星标记的开发及在水产动物研究中的应用 | 第18-22页 |
| ·微卫星标记的筛选方法 | 第18-20页 |
| ·微卫星标记在水产动物研究中的应用 | 第20-22页 |
| 3 微卫星标记在扇贝生物学研究中的应用 | 第22-25页 |
| ·我国主要扇贝的种类及其外部特征 | 第23-24页 |
| ·微卫星标记在扇贝中的应用 | 第24-25页 |
| 4 动物物种鉴定方法概述 | 第25-31页 |
| ·传统的鉴定方法 | 第25-27页 |
| ·DNA分子标记用于物种鉴定 | 第27-30页 |
| ·扇贝的物种鉴定 | 第30-31页 |
| 本研究的目的和意义 | 第31-33页 |
| 第二章 四种扇贝微卫星标记的筛选 | 第33-66页 |
| 第一节 栉孔扇贝微卫星标记的筛选 | 第33-45页 |
| 1 实验材料 | 第33-34页 |
| ·材料 | 第33页 |
| ·主要仪器 | 第33页 |
| ·试剂 | 第33-34页 |
| 2 实验方法 | 第34-37页 |
| ·扇贝DNA 的提取 | 第34页 |
| ·微卫星序列的查找和分析 | 第34-35页 |
| ·引物设计 | 第35页 |
| ·引物的优化 | 第35页 |
| ·PCR 产物的检测 | 第35-36页 |
| ·等位形式大小的确定 | 第36页 |
| ·多态性检测 | 第36页 |
| ·遗传多样性分析 | 第36-37页 |
| 3 实验结果 | 第37-42页 |
| ·模板DNA 的提取结果 | 第37页 |
| ·GenBank－GSS 中栉孔扇贝的序列 | 第37-38页 |
| ·引物设计与优化 | 第38-39页 |
| ·多态性评价 | 第39-42页 |
| 4 讨论 | 第42-45页 |
| ·通过fosmid 文库分析基因组中的串连重复序列 | 第42页 |
| ·栉孔扇贝基因组中微卫星序列的分布特征 | 第42-43页 |
| ·从fosmid文库及BAC文库等测序结果筛选微卫星DNA的优点 | 第43-45页 |
| 第二节 EST 中海湾扇贝微卫星标记的筛选 | 第45-52页 |
| 1 实验材料 | 第45页 |
| 2 实验方法 | 第45页 |
| ·DNA 的提取 | 第45页 |
| ·微卫星序列的查找和分析 | 第45页 |
| ·引物的设计、优化和多态性检测 | 第45页 |
| 3 实验结果 | 第45-49页 |
| ·微卫星位点检索结果和聚类分析结果 | 第45-46页 |
| ·引物设计和优化结果 | 第46-48页 |
| ·微卫星标记主要遗传学参数的估算 | 第48-49页 |
| 4 讨论 | 第49-52页 |
| ·从EST 中筛选微卫星 DNA 的现状 | 第49-50页 |
| ·EST 中微卫星 DNA 的含量 | 第50页 |
| ·EST 中微卫星 DNA 的类型 | 第50-52页 |
| 第三节 富集文库的方法筛选华贵栉孔扇贝的微卫星标记 | 第52-64页 |
| 1 实验材料 | 第52页 |
| ·材料 | 第52页 |
| ·主要药品 | 第52页 |
| 2 实验方法 | 第52-59页 |
| ·DNA 的提取 | 第52页 |
| ·大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第52-53页 |
| ·富集文库的构建 | 第53-56页 |
| ·小插入片段文库插入片段平均长度的估算 | 第56页 |
| ·克隆重排 | 第56页 |
| ·菌落原位杂交 | 第56-59页 |
| ·DNA 序列的测定和分析 | 第59页 |
| ·引物的设计、引物的优化和位点的多态性检测 | 第59页 |
| 3 实验结果 | 第59-62页 |
| ·基因组 DNA 的酶切和回收 | 第59-60页 |
| ·连接头后PCR以及洗膜后PCR | 第60页 |
| ·富集文库质量的鉴定 | 第60-61页 |
| ·富集文库扫描 | 第61页 |
| ·阳性克隆测序和序列分析 | 第61页 |
| ·微卫星位点的评价 | 第61-62页 |
| 4 讨论 | 第62-64页 |
| ·插入片段大小的控制和回收 | 第62页 |
| ·影响筛选效率的因素 | 第62-63页 |
| ·微卫星的重复单元类型 | 第63页 |
| ·微卫星中的无效等位基因（null allele） | 第63-64页 |
| 第四节 富集文库的方法筛选虾夷扇贝的微卫星标记 | 第64-66页 |
| 1 实验材料与方法 | 第64页 |
| ·扇贝活体材料的获得和 DNA 的提取 | 第64页 |
| ·富集文库的构建、菌落原位杂交、阳性克隆的测序、序列分析 | 第64页 |
| ·引物的设计和微卫星位点主要遗传学参数的估算 | 第64页 |
| 2 实验结果 | 第64页 |
| 3 讨论 | 第64-66页 |
| 第三章 利用物种特异性微卫星标记进行扇贝的物种鉴定 | 第66-81页 |
| 第一节 四种扇贝特异性微卫星标记的筛选 | 第67-69页 |
| 1 材料和方法 | 第67页 |
| ·扇贝活体材料 | 第67页 |
| ·四种扇贝的标记 | 第67页 |
| ·物种特异性(species-specific)微卫星标记的筛选 | 第67页 |
| 2 实验结果 | 第67-69页 |
| 第二节 微卫星标记的灵敏度 | 第69-71页 |
| 1 材料与方法 | 第69页 |
| ·幼虫 DNA 的提取 | 第69页 |
| ·物种特异性微卫星的灵敏度测试 | 第69页 |
| 2. 实验结果 | 第69-71页 |
| 第三节 扇贝闭壳肌样品和幼虫的鉴定 | 第71-75页 |
| 1 实验材料 | 第71页 |
| 2 实验方法 | 第71-72页 |
| ·DNA 的提取和PCR 模板的准备 | 第71页 |
| ·PCR 反应及PCR 产物的检测 | 第71-72页 |
| 3 实验结果 | 第72-75页 |
| ·扇贝闭壳肌鉴定结果 | 第72-74页 |
| ·幼虫的鉴定结果 | 第74-75页 |
| 第四节 结论与讨论 | 第75-81页 |
| 1 微卫星用于物种鉴定 | 第75-76页 |
| 2 通用性引物与物种特异性引物 | 第76页 |
| 3 无效等位基因引起的误差 | 第76-77页 |
| 4 利用物种特异性微卫星标记做食品和商品鉴定的优点 | 第77页 |
| 5 利用物种特异性微卫星标记鉴定扇贝幼虫的优点 | 第77-78页 |
| 6 DHPLC 在物种和杂种鉴定的应用 | 第78-81页 |
| 参考文献 | 第81-91页 |
| 本论文创新点 | 第91-92页 |
| 个人简历 | 第92页 |
| 获奖情况 | 第92页 |
| 主要学术成果 | 第92-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
