多参考基因短序列比对工具MUGI的优化与移植
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第9页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第9-11页 |
| 1.2.1 多参考基因短序列比对 | 第9-11页 |
| 1.2.2 龙芯平台上的生物信息处理工具 | 第11页 |
| 1.3 研究的目的与意义 | 第11-12页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第12-13页 |
| 第二章 生物序列比对技术 | 第13-23页 |
| 2.1 序列比对的基本概念 | 第13-14页 |
| 2.2 DNA数据存储格式 | 第14-15页 |
| 2.3 序列比对策略 | 第15-19页 |
| 2.3.1 基于哈希表的比对策略 | 第16-17页 |
| 2.3.2 基于BWT的比对策略 | 第17-19页 |
| 2.4 多参考基因短序列比对工具比较 | 第19-22页 |
| 2.5 本章小结 | 第22-23页 |
| 第三章 新比对算法的设计 | 第23-38页 |
| 3.1 MUGI索引介绍 | 第23-24页 |
| 3.2 MUGI比对算法介绍 | 第24-27页 |
| 3.2.1 MUGI原精确比对算法 | 第25-26页 |
| 3.2.2 MUGI原非精确比对算法 | 第26-27页 |
| 3.3 新比对算法的设计 | 第27-31页 |
| 3.3.1 新精确比对算法的设计 | 第27-29页 |
| 3.3.2 索引结构的调整 | 第29页 |
| 3.3.3 新非精确比对算法设计 | 第29-31页 |
| 3.4 实验内容 | 第31-37页 |
| 3.4.1 实验平台与测试集 | 第31页 |
| 3.4.2 实验结果及数据分析 | 第31-36页 |
| 3.4.3 参数选取方法 | 第36页 |
| 3.4.4 两种新算法相结合 | 第36-37页 |
| 3.5 本章小结 | 第37-38页 |
| 第四章 MUGI在龙芯平台上的移植与优化 | 第38-45页 |
| 4.1 构建线程池 | 第38-40页 |
| 4.1.1 线程池的基本概念 | 第38-39页 |
| 4.1.2 MUGI线程池设计 | 第39-40页 |
| 4.2 针对龙芯平台的移植与优化 | 第40-42页 |
| 4.2.1 龙芯多媒体指令介绍 | 第40页 |
| 4.2.2 移植与优化详情 | 第40-42页 |
| 4.3 实验内容 | 第42-44页 |
| 4.3.1 实验平台与测试集 | 第42页 |
| 4.3.2 实验结果及数据分析 | 第42-44页 |
| 4.4 本章小结 | 第44-45页 |
| 第五章 参考基因修改框架 | 第45-53页 |
| 5.1 参考基因修改框架 | 第45-46页 |
| 5.1.1 索引的构建方式 | 第45-46页 |
| 5.1.2 修改参考基因框架设计 | 第46页 |
| 5.2 修改算法设计 | 第46-49页 |
| 5.2.1 变异点密度与索引大小的关系 | 第46-48页 |
| 5.2.2 密度修改算法 | 第48-49页 |
| 5.3 实验内容 | 第49-52页 |
| 5.3.1 实验平台与测试集 | 第49-50页 |
| 5.3.2 实验结果与数据分析 | 第50-52页 |
| 5.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第六章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 6.1 总结 | 第53页 |
| 6.2 展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 | 第60页 |
