| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 缩略语表 | 第14-15页 |
| 前言 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-34页 |
| 1 去甲基尼古丁概述 | 第16-19页 |
| 1.1 去甲基尼古丁简介 | 第16页 |
| 1.2 去甲基尼古丁毒性和环境危害 | 第16-17页 |
| 1.3 去甲基尼古丁生物降解研究现状 | 第17页 |
| 1.4 国内外去甲基尼古丁微生物降解相关研究的不足 | 第17-19页 |
| 2 蛋白模拟及分子对接 | 第19-25页 |
| 2.1 蛋白质结构模拟预测 | 第19-23页 |
| 2.2 分子对接 | 第23-25页 |
| 3 基因水平转移评估方法 | 第25-27页 |
| 3.1 基因水平转移简介 | 第25-26页 |
| 3.2 基因水平转移评判方法 | 第26-27页 |
| 4 本论文的研究目的和意义 | 第27-29页 |
| 4.1 本论文的研究目的 | 第27-28页 |
| 4.2 本论文的意义 | 第28页 |
| 4.3 技术路线 | 第28-29页 |
| 参考文献 | 第29-34页 |
| 第二章 菌株HZN7中去甲基尼古丁的降解基因预测 | 第34-50页 |
| 第一节 菌株HZN7及其突变株的降解特性研究 | 第35-40页 |
| 1 材料与方法 | 第35-37页 |
| 1.1 培养基与试剂 | 第35页 |
| 1.2 菌株及培养条件 | 第35-36页 |
| 1.3 菌株降解种子液的制备 | 第36页 |
| 1.4 尼古丁和去甲基尼古丁及它们中间产物的检测方法 | 第36页 |
| 1.5 去甲基尼古丁降解能力的验证 | 第36-37页 |
| 2 结果与分析 | 第37-40页 |
| 2.1 菌株HZN7降解情况 | 第37页 |
| 2.2 菌株HZN7及四株突变株降解状况比较 | 第37-40页 |
| 第二节 HZN7基因组DNA测序及nctb基因水平转移分析 | 第40-46页 |
| 1 材料与方法 | 第40-42页 |
| 1.1 试剂与仪器 | 第40页 |
| 1.2 菌株基因组DNA提取 | 第40页 |
| 1.3 菌株HZN7基因组完成图测序 | 第40-41页 |
| 1.4 基因水平转移评估 | 第41-42页 |
| 2 结果与分析 | 第42-46页 |
| 2.1 菌株HZN7基因组DNA完成图的测序 | 第42-43页 |
| 2.2 去甲基尼古丁降解基因的预测 | 第43-46页 |
| 本章小结 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-50页 |
| 第三章 菌株HZN7中去甲基尼古丁两步降解基因的克隆及代谢产物鉴定 | 第50-74页 |
| 第一节 HZN7中nctA的功能验证及产物鉴定 | 第51-63页 |
| 1 材料与方法 | 第51-58页 |
| 1.1 试剂与仪器 | 第51页 |
| 1.2 本章节所用的菌株与质粒 | 第51-52页 |
| 1.3 本章节所用的引物 | 第52页 |
| 1.4 nctA基因的敲除 | 第52-57页 |
| 1.5 nctA基因的功能回补与异源表达 | 第57页 |
| 1.6 NctA转化去甲基尼古丁的产物纯化及衍射化 | 第57-58页 |
| 1.7 NctA转化去甲基尼古丁的产物鉴定 | 第58页 |
| 2 结果与分析 | 第58-63页 |
| 2.1 nctA基因敲除与回补 | 第58页 |
| 2.2 nctA异源表达 | 第58-59页 |
| 2.3 NctA转化去甲基尼古丁的产物鉴定 | 第59-63页 |
| 第二节 HZN7中nctB的功能验证及产物鉴定 | 第63-71页 |
| 1 材料与方法 | 第63-66页 |
| 1.1 试剂与仪器 | 第63页 |
| 1.2 本章节所用的菌株 | 第63页 |
| 1.3 nctB基因敲除菌株N7-AnctB的功能验证 | 第63-64页 |
| 1.4 nctB基因的表达纯化及酶功能验证 | 第64-65页 |
| 1.4.1 nctB基因的表达 | 第64页 |
| 1.4.2 NctB的纯化 | 第64-65页 |
| 1.4.3 SDS-PAGE蛋白电泳 | 第65页 |
| 1.4.4 考马斯亮蓝蛋白定量 | 第65页 |
| 1.5 NctB转化6HNor的产物纯化及衍射化 | 第65-66页 |
| 1.6 NctB转化6HNor的产物鉴定 | 第66页 |
| 2 结果与分析 | 第66-71页 |
| 2.1 N7-AnctB的功能验证 | 第66页 |
| 2.2 NctB表达纯化及功能验证 | 第66-68页 |
| 2.3 NctB转化6HNor的产物鉴定 | 第68-71页 |
| 本章小节 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-74页 |
| 第四章 NctB蛋白模拟分子对接初探 | 第74-90页 |
| 第一节 NctB蛋白模拟 | 第75-83页 |
| 1 材料与方法 | 第75-79页 |
| 1.3 配体准备 | 第75-76页 |
| 1.4 蛋白模拟 | 第76-77页 |
| 1.5 模型评估 | 第77页 |
| 1.6 本地序列比对 | 第77页 |
| 1.7 AutoDock vina分子对接 | 第77-79页 |
| 1.8 图形化展示 | 第79页 |
| 2 结果与分析 | 第79-83页 |
| 2.1 蛋白模拟结果评估 | 第79-80页 |
| 2.2 分子对接结果 | 第80-83页 |
| 第二节 底物6HNOR分子对接 | 第83-87页 |
| 1 材料与方法 | 第83-85页 |
| 1.1 供试材料 | 第83页 |
| 1.2 生物信息学数据库和软件 | 第83页 |
| 1.3 配体6HNor准备 | 第83-84页 |
| 1.4 AutoDock vina分子对接 | 第84-85页 |
| 1.5 图形化展示 | 第85页 |
| 2 结果与分析 | 第85-87页 |
| 本章小结 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-90页 |
| 全文总结 | 第90-92页 |
| 本研究创新点 | 第92-94页 |
| 今后展望 | 第94-96页 |
| 附录一 培养基与试剂配方 | 第96-98页 |
| 附录二 基因登录号 | 第98-99页 |
| 附录三 nctA1序列 | 第99-100页 |
| 附录四 nctA2序列 | 第100-102页 |
| 附录五 nctB序列 | 第102-103页 |
| 附录六 发表文章 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
