| 摘要 | 第2-3页 |
| Abstract | 第3-4页 |
| 1 绪论 | 第8-24页 |
| 1.1 从头算法 | 第8-12页 |
| 1.1.1 精确度和线性缩放 | 第8-9页 |
| 1.1.2 计算方法 | 第9页 |
| 1.1.3 Hartree–Fock方法 | 第9页 |
| 1.1.4 Hartree-Fock算法-近似 | 第9-10页 |
| 1.1.5 轨道的变分优化 | 第10-11页 |
| 1.1.6 数学表达式 | 第11-12页 |
| 1.2 密度泛函理论 | 第12-15页 |
| 1.2.1 方法概述 | 第12-13页 |
| 1.2.2 相对论密度泛函理论(显函数形式) | 第13页 |
| 1.2.3 近似值(交换相关泛函) | 第13-14页 |
| 1.2.4 Hohenberg-Kohn定理 | 第14-15页 |
| 1.2.5 杂化泛函-B3LYP方法 | 第15页 |
| 1.3 分子力场下的静电相互作用能 | 第15-20页 |
| 1.3.1 静电相互作用能-电荷和偶极子 | 第15-17页 |
| 1.3.2 静电相互作用能-多极化和极化率 | 第17-20页 |
| 1.4 基组 | 第20-24页 |
| 1.4.1 基组概述 | 第20页 |
| 1.4.2 基组的分类 | 第20-24页 |
| 2 HF方法和B3LYP方法下比较分子静电势及静电能 | 第24-30页 |
| 2.1 引言 | 第24页 |
| 2.2 计算过程与方法 | 第24-27页 |
| 2.2.1 分子静电势的计算 | 第25-26页 |
| 2.2.2 分子的原子电荷的计算 | 第26-27页 |
| 2.2.3 分子静电能计算 | 第27页 |
| 2.3 结果分析与比较 | 第27-29页 |
| 2.4 本章小结 | 第29-30页 |
| 3 HF方法下选择合理基组计算生物大分子静电势 | 第30-39页 |
| 3.1 引言 | 第30-33页 |
| 3.2 研究过程与方法 | 第33-34页 |
| 3.2.1 研究对象的准备 | 第33页 |
| 3.2.2 选择合理基组的条件 | 第33-34页 |
| 3.2.3 计算方法与步骤 | 第34页 |
| 3.3 结果分析与讨论 | 第34-37页 |
| 3.4 本章小结 | 第37-39页 |
| 4 HF与库仑定律下,水、苯、乙炔二聚体静电势及静电能的研究 | 第39-43页 |
| 4.1 引言 | 第39页 |
| 4.2 计算过程与方法 | 第39-41页 |
| 4.2.1 库仑定律下,分子静电势及静电能的计算 | 第39-40页 |
| 4.2.2 量子化学方法下,分子静电势及静电能的计算 | 第40-41页 |
| 4.3 结果分析与讨论 | 第41-42页 |
| 4.4 本章小结 | 第42-43页 |
| 5 HF与库伦定律方法下,蛋白质-配体复合物的静电势及静电能的研究 | 第43-50页 |
| 5.1 引言 | 第43-44页 |
| 5.2 蛋白质-配体复合物文件的选择和处理 | 第44-45页 |
| 5.3 计算过程与方法 | 第45-46页 |
| 5.3.1 库仑定律下计算蛋白质-配静电势及静电能 | 第45页 |
| 5.3.2 量子化学方法下计算蛋白质的静电势及静电能 | 第45-46页 |
| 5.4 结果分析与讨论 | 第46-49页 |
| 5.5 本章小结 | 第49-50页 |
| 6 不同距离范围内的氨基酸对蛋白质静电势及静电能的影响 | 第50-54页 |
| 6.1 蛋白质-配体复合物的选择和处理 | 第50页 |
| 6.2 计算过程与方法 | 第50-52页 |
| 6.2.1 库伦定律下计算蛋白质-配体复合物的静电能 | 第50-51页 |
| 6.2.2 量子化学方法下计算蛋白质-配体复合物的静电能 | 第51-52页 |
| 6.3 结果分析与讨论 | 第52-53页 |
| 6.4 本章小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-60页 |
| 附录A 水二聚体、苯二聚体、乙炔二聚体结构及分子坐标 | 第60-63页 |
| 附录B 使用HF与B3LYP方法,在不同基组下比较水二聚体、苯二聚体、乙炔二聚体单体的静电势值 | 第63-70页 |
| 附录C HF/cc-pVTZ与库伦定律下,水二聚体、苯二聚体、乙炔二聚体的单体静电势值比较 | 第70-71页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
