基于蛋白质动态网络的复合物和功能模块挖掘算法研究
| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景和意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-14页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第14-15页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第15-17页 |
| 第2章 蛋白质复合物和功能模块挖掘算法研究 | 第17-25页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 静态网络上的复合物功能模块挖掘算法 | 第17-21页 |
| 2.2.1 基于图划分的聚类方法 | 第17页 |
| 2.2.2 基于密度的局部搜索方法 | 第17-18页 |
| 2.2.3 基于层次的聚类方法 | 第18-19页 |
| 2.2.4 融合多元信息的聚类方法 | 第19-20页 |
| 2.2.5 其他的聚类方法 | 第20-21页 |
| 2.3 动态网络上的复合物功能模块挖掘算法 | 第21-23页 |
| 2.4 小结 | 第23-25页 |
| 第3章 蛋白质动态网络上的复合物挖掘算法 | 第25-38页 |
| 3.1 引言 | 第25页 |
| 3.2 复合物的核挖掘 | 第25-28页 |
| 3.3 蛋白质复合物识别 | 第28-29页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第29-36页 |
| 3.4.1 实验数据和动态网络构建 | 第29页 |
| 3.4.2 复合物核分析 | 第29-31页 |
| 3.4.3 功能富集性分析 | 第31-33页 |
| 3.4.4 与标准复合物比较 | 第33-34页 |
| 3.4.5 一个预测复合物样例 | 第34-35页 |
| 3.4.6 参数分析 | 第35-36页 |
| 3.5 小结 | 第36-38页 |
| 第4章 蛋白质动态网络上的功能模块挖掘算法 | 第38-54页 |
| 4.1 引言 | 第38页 |
| 4.2 动态网络上挖掘功能模块的框架 | 第38-39页 |
| 4.3 在第一个子网上挖掘静态模块 | 第39-40页 |
| 4.4 挖掘其余子网中的静态模块 | 第40-42页 |
| 4.5 检测功能模块及其演化链 | 第42-45页 |
| 4.6 实验结果与分析 | 第45-53页 |
| 4.6.1 实验数据和动态网络构建 | 第45页 |
| 4.6.2 两个预测功能模块的样例 | 第45-46页 |
| 4.6.3 功能富集性分析 | 第46-48页 |
| 4.6.4 与标准功能模块比较 | 第48-49页 |
| 4.6.5 稳定性分析 | 第49-50页 |
| 4.6.6 功能模块核分析 | 第50页 |
| 4.6.7 功能模块生命周期分析 | 第50-51页 |
| 4.6.8 参数分析 | 第51-53页 |
| 4.7 小结 | 第53-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 附录 A 攻读学位期间所发表的学术论文 | 第61-62页 |
| 附录 B 攻读学位期间参加的科研项目 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
