| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.1 地黄栽培历史悠久 | 第12页 |
| 1.2 地黄临床疗效好药用价值高 | 第12-13页 |
| 1.3 地黄的栽培现状分析 | 第13-14页 |
| 1.4 连作障碍问题制约着地黄大规模规范化生产 | 第14-15页 |
| 1.4.1 连作障碍的危害 | 第14页 |
| 1.4.2 连作障碍产生的原因 | 第14-15页 |
| 1.5 转录组学及其研究方法 | 第15-18页 |
| 1.5.1 高通量测序技术与转录组学 | 第16-17页 |
| 1.5.2 转录组学在药用植物中的研究应用 | 第17-18页 |
| 1.6 转录组学基础上的延伸技术——数字化基因表达谱 | 第18-20页 |
| 1.6.1 数字化基因表达(DGE)谱的特点 | 第18页 |
| 1.6.2 数字化基因表达谱的原理 | 第18-19页 |
| 1.6.3 数字基因表达谱的应用 | 第19-20页 |
| 1.6.4 数字升级版表达谱 | 第20页 |
| 1.7 本研究的意义 | 第20-22页 |
| 1.8 技术路线 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-32页 |
| 2.1 材料 | 第23页 |
| 2.2 实验方法 | 第23-32页 |
| 2.2.1 总RNA提取 | 第23-24页 |
| 2.2.2 转录组文库的构建 | 第24-28页 |
| 2.2.3 数字升级版表达谱文库的构建 | 第28-29页 |
| 2.2.4 差异表达基因的筛选方法 | 第29-32页 |
| 3 结果与分析 | 第32-90页 |
| 3.1 连作和头茬地黄发育进程中形态指标差异分析 | 第32-34页 |
| 3.2 地黄大容量转录组文库的构建 | 第34-36页 |
| 3.2.1 转录组测序序列数据产出 | 第34-35页 |
| 3.2.2 Contig与Unigene组装 | 第35-36页 |
| 3.3 地黄大容量转录组All-Unigene功能分析 | 第36-40页 |
| 3.3.1 同源性比较 | 第36-38页 |
| 3.3.2 COG功能分类 | 第38-39页 |
| 3.3.3 GO功能分类 | 第39-40页 |
| 3.4 地黄不同生育时期关键连作响应基因的筛选 | 第40-46页 |
| 3.4.1 头茬和连作地黄不同生育时期数字基因表达谱升级版文库测序结果 | 第40-46页 |
| 3.5 连作和头茬地黄不同生育时期差异表达基因的筛选及分析 | 第46-90页 |
| 3.5.1 差异表达基因筛选 | 第46-48页 |
| 3.5.2 连作不同生育时期关键连作响应基因的GO功能分析 | 第48-63页 |
| 3.5.3 差异表达基因的代谢途径分析 | 第63-69页 |
| 3.5.4 连作和头茬地黄发育过程中关键响应基因的筛选 | 第69-70页 |
| 3.5.5 差异表达基因的验证 | 第70-71页 |
| 3.5.6 头茬和连作地黄发育过程中关键响应基因的功能分析 | 第71-90页 |
| 4 结论与讨论 | 第90-93页 |
| 4.1 大容量地黄转录组文库的构建 | 第90页 |
| 4.2 连作障碍形成过程中关键响应基因的筛选 | 第90-91页 |
| 4.3 头连与作地黄生育过程中差异表达基因的筛选 | 第91-92页 |
| 4.4 地黄连作障碍的形成过程 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
