| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-13页 |
| 缩略语表 | 第15-17页 |
| 1 文献综述 | 第17-44页 |
| 1.1 植物木质纤维素及其降解酶的多样性 | 第17-28页 |
| 1.1.1 植物木质纤维素多样性 | 第17-20页 |
| 1.1.2 木质纤维素降解酶的多样性 | 第20-28页 |
| 1.2 木质纤维素降解机制的组学研究概况 | 第28-36页 |
| 1.2.1 比较基因组学揭示真菌降解模式多样性 | 第28-30页 |
| 1.2.2 转录组和分泌蛋白组揭示真菌对木质纤维素的降解策略 | 第30-36页 |
| 1.3 真菌对碳源的感知和信号转导分子机制 | 第36-40页 |
| 1.3.1 真菌对胞外葡萄糖的感知 | 第36-38页 |
| 1.3.2 胞内营养信号转导 | 第38-40页 |
| 1.4 香菇的相关研究进展 | 第40-43页 |
| 1.4.1 香菇中木质纤维素降解酶研究进展 | 第40-41页 |
| 1.4.2 香菇子实体采收后的生物降解和代谢 | 第41-42页 |
| 1.4.3 香菇木料栽培到农业废弃物栽培的可行性分析 | 第42-43页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第43-44页 |
| 2 材料与方法 | 第44-58页 |
| 2.1 试验材料和供试菌株 | 第44页 |
| 2.2 供试培养基和培养方法 | 第44-45页 |
| 2.2.1 供试培养基配制 | 第44-45页 |
| 2.2.2 菌丝恒定培养方法 | 第45页 |
| 2.2.3 菌丝转移培养试验 | 第45页 |
| 2.3 胞外蛋白的提取 | 第45-46页 |
| 2.4 蛋白质样品浓度测定 | 第46-47页 |
| 2.5 蛋白质样品SDS-PAGE检测 | 第47-48页 |
| 2.6 蛋白质样品的纯化和消化处理 | 第48-51页 |
| 2.6.1 Readyprep 2-D Cleanupkit试剂盒纯化法 | 第48-49页 |
| 2.6.2 SDS-PAGE纯化法 | 第49-50页 |
| 2.6.3 蛋白样品胶内消化 | 第50-51页 |
| 2.7 LC-MS/MS和数据分析 | 第51页 |
| 2.8 胞外酶活分析 | 第51-52页 |
| 2.9 qRT-PCR分析 | 第52-54页 |
| 2.9.1 RNA提取和检测 | 第52-53页 |
| 2.9.2 第一链cDNA合成 | 第53-54页 |
| 2.9.3 引物设计 | 第54页 |
| 2.9.4 qRT-PCR分析 | 第54页 |
| 2.10 链特异性RNA文库构建及测序 | 第54-55页 |
| 2.11 RNA测序原始数据处理 | 第55-56页 |
| 2.12 基因差异表达分析 | 第56-57页 |
| 2.12.1 香菇在葡萄糖和纤维素培养基中基因特异性表达分析 | 第56-57页 |
| 2.12.2 香菇在葡萄糖和纤维素培养基中特异性表达基因的KOG富集分析 | 第57页 |
| 2.13 基于GH6和GH7家族蛋白序列的系统发育分析 | 第57-58页 |
| 3 结果与分析 | 第58-134页 |
| 3.1 香菇在葡萄糖,纤维素和纤维素+SLS培养基中分泌蛋白组的比较分析 | 第58-74页 |
| 3.1.1 香菇菌丝在不同培养基中的菌落形态及菌丝长速 | 第58-59页 |
| 3.1.2 香菇在葡萄糖,纤维素和纤维素+SLS培养基中的蛋白表达谱 | 第59-64页 |
| 3.1.3 香菇分泌蛋白组中与植物细胞壁降解相关蛋白的表达丰度 | 第64-71页 |
| 3.1.4 几种胞外酶的活性分析 | 第71-72页 |
| 3.1.5 纤维素酶和半纤维素酶编码基因的qRT-PCR分析 | 第72-74页 |
| 3.2 香菇在木质和非木质生物质培养基中分泌蛋白组比较分析 | 第74-93页 |
| 3.2.1 香菇在7种培养基中菌落形态观察和SDS-PAGE图谱多样性分析 | 第75-77页 |
| 3.2.2 香菇在7种培养基中分泌蛋白的多样性 | 第77-80页 |
| 3.2.3 香菇7个分泌蛋白组功能分类 | 第80-83页 |
| 3.2.4 香菇7个分泌蛋白组中主要蛋白类型的蛋白丰度差异性 | 第83-85页 |
| 3.2.5 香菇7个分泌蛋白组单个蛋白的表达差异性分析 | 第85页 |
| 3.2.6 香菇10个主要植物细胞壁多糖降解酶在7个分泌蛋白组中的表达模式 | 第85-91页 |
| 3.2.7 香菇10个主要木质素降解酶在7个分泌蛋白组中的表达模式 | 第91-93页 |
| 3.3 香菇木质纤维素降解酶基因在葡萄糖,纤维素和纤维素+SLS培养基中的转录组比较分析 | 第93-112页 |
| 3.3.1 香菇转录组数据统计分析 | 第93-95页 |
| 3.3.2 G5d,C5d和CL5d转录组差异基因表达分析 | 第95-99页 |
| 3.3.3 CAZy基因差异表达分析 | 第99-103页 |
| 3.3.4 Non-CAZy基因差异表达分析 | 第103-105页 |
| 3.3.5 差异表达的转录因子分析 | 第105-106页 |
| 3.3.6 qRT-PCR与转录组相互验证 | 第106-110页 |
| 3.3.7 基于GH6和GH7家族蛋白序列的系统发育分析 | 第110-112页 |
| 3.4 比较转录组分析香菇对葡萄糖和纤维素的初始应答机制 | 第112-134页 |
| 3.4.1 香菇CAZy酶和Zn(Ⅱ)_2Cys_6型转录因子基因qRT-PCR分析 | 第112-117页 |
| 3.4.2 RNA测序数据分析 | 第117-119页 |
| 3.4.3 香菇在纤维素和葡萄糖培养基中差异表达基因分析 | 第119-121页 |
| 3.4.4 香菇在葡萄糖和纤维素培养基中基因特异性表达分析 | 第121-124页 |
| 3.4.5 香菇在葡萄糖和纤维素培养基中特异性表达基因的KOG富集分析 | 第124-134页 |
| 4 讨论 | 第134-146页 |
| 4.1 香菇在葡萄糖,纤维素和纤维素+SLS培养基中木质纤维素降解酶的表达模式 | 第134-137页 |
| 4.1.1 香菇分泌蛋白组中的木质素降解酶表达模式 | 第135-136页 |
| 4.1.2 香菇分泌蛋白组中的植物多糖降解酶表达模式 | 第136-137页 |
| 4.2 香菇在木质和非木质生物质培养基中木质纤维素降解酶的表达模式 | 第137-141页 |
| 4.2.1 香菇在7种培养基中分泌蛋白组的整体分析 | 第137-138页 |
| 4.2.2 香菇对木材木质素具有独特的酶解适应性 | 第138-140页 |
| 4.2.3 香菇对木质和非木质基质中多糖具有广泛的酶解适应性 | 第140-141页 |
| 4.2.4 香菇非木质纤维素降解酶的表达 | 第141页 |
| 4.3 香菇在葡萄糖,纤维素和纤维素+SLS培养基中的基因表达模式 | 第141-145页 |
| 4.3.1 CAZy基因表达 | 第142-143页 |
| 4.3.2 non-CAZy基因表达 | 第143-144页 |
| 4.3.3 差异表达的转录因子 | 第144-145页 |
| 4.4 香菇对葡萄糖和纤维素初始应答机制推测 | 第145-146页 |
| 5 小结与展望 | 第146-148页 |
| 参考文献 | 第148-167页 |
| 附录 I 香菇在葡萄糖,纤维素和纤维素-SLS培养基中的分泌蛋白组 | 第167-180页 |
| 附录 II 香菇7个分泌蛋白组 | 第180-188页 |
| 附录 III 试剂配制配方 | 第188-190页 |
| 附录 IV 引物表 | 第190-192页 |
| 附录 V 攻读博士学位期间发表文章 | 第192-193页 |
| 致谢 | 第193-195页 |
