| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| ·研究背景 | 第10-12页 |
| ·生物信息学概论 | 第10-11页 |
| ·DNA 杂交测序 | 第11-12页 |
| ·高性能并行计算 | 第12页 |
| ·研究动态 | 第12-13页 |
| ·论文研究内容及意义 | 第13-14页 |
| ·论文结构 | 第14-16页 |
| 第二章 并行计算理论基础 | 第16-26页 |
| ·并行计算机系统分类 | 第16-19页 |
| ·共享存储多处理机系统 | 第16-17页 |
| ·分布存储多处理机系统 | 第17-18页 |
| ·机群系统 | 第18-19页 |
| ·并行程序开发方法及性能评价 | 第19-22页 |
| ·并行程序开发方法 | 第19-21页 |
| ·并行程序性能评价 | 第21-22页 |
| ·消息传递并行编程环境MPI | 第22-26页 |
| ·进程与消息传递 | 第22-23页 |
| ·MPI 环境的发展及应用现状 | 第23-24页 |
| ·MPI 并行程序设计 | 第24-26页 |
| 第三章 遗传算法的原理、特性及并行化现状 | 第26-36页 |
| ·遗传算法的基本原理 | 第26-27页 |
| ·遗传算法的求解步骤 | 第27-29页 |
| ·遗传算法的收敛性 | 第29-30页 |
| ·遗传算法的隐含并行性 | 第30页 |
| ·并行遗传算法的研究进展与实现 | 第30-36页 |
| ·并行遗传算法的研究进展 | 第30-31页 |
| ·并行遗传算法的实现 | 第31-36页 |
| 第四章 并行遗传算法的改进及其在SBH 问题中的应用 | 第36-46页 |
| ·DNA 杂交测序问题 | 第36-39页 |
| ·相关概念 | 第36页 |
| ·问题描述 | 第36-39页 |
| ·SBH 问题的解 | 第39页 |
| ·解决SBH 问题的串行遗传算法 | 第39-41页 |
| ·改进的并行遗传算法求解SBH 问题 | 第41-46页 |
| ·粗粒度-主从式并行框架 | 第41-42页 |
| ·迁移操作分析 | 第42-44页 |
| ·改进的并行遗传算法求解SBH 问题的伪代码描述 | 第44-46页 |
| 第五章 实验与评价 | 第46-56页 |
| ·实验数据 | 第46页 |
| ·实验步骤 | 第46-53页 |
| ·运行过程 | 第53-54页 |
| ·运行结果与分析 | 第54-56页 |
| 第六章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第64页 |