| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-27页 |
| 1.1 奶牛的生长和繁殖性状 | 第11-14页 |
| 1.1.1 奶牛的生长性状 | 第11-13页 |
| 1.1.2 奶牛的繁殖性状 | 第13-14页 |
| 1.2 奶牛生长和繁殖性状的QTL定位 | 第14-18页 |
| 1.2.1 QTL定位 | 第14-15页 |
| 1.2.2 奶牛生长性状和繁殖性状QTL定位情况 | 第15-18页 |
| 1.3 分子标记的研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3.1 分子标记的概念及特点 | 第18页 |
| 1.3.2 SNP的概念及特点 | 第18-19页 |
| 1.3.3 牛54K SNP芯片 | 第19页 |
| 1.4 全基因组关联分析 | 第19-26页 |
| 1.4.1 试验设计 | 第20-21页 |
| 1.4.2 群体分层 | 第21-23页 |
| 1.4.3 芯片数据的质量控制 | 第23-24页 |
| 1.4.4 关联分析模型与方法 | 第24页 |
| 1.4.5 全基因组关联分析在奶牛的研究进展 | 第24-26页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第26-27页 |
| 第二章 生长性状的全基因组关联分析 | 第27-57页 |
| 2.1 材料与方法 | 第27-34页 |
| 2.1.1 试验群体 | 第27-28页 |
| 2.1.2 性状的表型记录 | 第28-29页 |
| 2.1.3 表型记录的校正 | 第29-30页 |
| 2.1.4 系谱记录的整理 | 第30-31页 |
| 2.1.5 遗传评估方法 | 第31页 |
| 2.1.6 基因型数据收集和整理 | 第31页 |
| 2.1.7 基因型数据的质量控制 | 第31页 |
| 2.1.8 全基因组关联分析模型 | 第31-33页 |
| 2.1.9 混杂因素的处理 | 第33页 |
| 2.1.10 候选基因分析方法 | 第33-34页 |
| 2.1.11 使用软件 | 第34页 |
| 2.2 结果与分析 | 第34-53页 |
| 2.2.1 表型数据的校正和统计 | 第34-37页 |
| 2.2.2 遗传参数和育种值估计结果 | 第37-39页 |
| 2.2.3 基因型数据整理结果 | 第39-42页 |
| 2.2.4 全基因组关联分析结果 | 第42-46页 |
| 2.2.5 候选基因分析结果 | 第46-53页 |
| 2.3 讨论 | 第53-56页 |
| 2.3.1 表型的校正 | 第53页 |
| 2.3.2 遗传参数和育种值的估计 | 第53页 |
| 2.3.3 全基因组关联分析 | 第53-54页 |
| 2.3.4 候选基因分析 | 第54-56页 |
| 2.4 小结 | 第56-57页 |
| 第三章 阈性状的全基因组关联分析方法的比较 | 第57-78页 |
| 3.1 材料与方法 | 第57-64页 |
| 3.1.1 阈性状模拟的基本理论 | 第57-58页 |
| 3.1.2 阈性状模拟方法的实现 | 第58-61页 |
| 3.1.3 基因型数据 | 第61页 |
| 3.1.4 表型的模拟参数 | 第61-62页 |
| 3.1.5 关联分析模型 | 第62-63页 |
| 3.1.6 使用软件 | 第63页 |
| 3.1.7 模拟结果的评价 | 第63-64页 |
| 3.2 结果与分析 | 第64-75页 |
| 3.2.1 基因型数据整理结果 | 第64-66页 |
| 3.2.2 两种模拟方法在QTN数变化时的表现 | 第66-67页 |
| 3.2.3 两种模拟方法在QTN效应服从不同分布时表现 | 第67-69页 |
| 3.2.4 两种模拟方法在遗传力变化时的表现 | 第69-70页 |
| 3.2.5 两种模拟方法在分类水平数变化时的表现 | 第70-72页 |
| 3.2.6 两种模拟方法在阈值(偏好性)变化时的表现 | 第72-73页 |
| 3.2.7 不同模型对两种模拟方法的检验效果 | 第73-75页 |
| 3.3 讨论 | 第75-77页 |
| 3.3.1 阈值法和logistic回归法的比较 | 第75-76页 |
| 3.3.2 参数默认值的选择 | 第76页 |
| 3.3.3 关于logistic回归法中偏好性的分析 | 第76-77页 |
| 3.4 小结 | 第77-78页 |
| 第四章 总结 | 第78-79页 |
| 4.1 本研究的主要创新点 | 第78页 |
| 4.2 结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-88页 |
| 致谢 | 第88-90页 |
| 附录 | 第90-98页 |
| 作者简历 | 第98-99页 |
