面向基因组的高效FM-index构造算法
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 符号对照表 | 第10-11页 |
| 缩略语对照表 | 第11-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-21页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-18页 |
| 1.2.1 BWT构造算法研究现状 | 第15-16页 |
| 1.2.2 采样后缀数组和名次数组研究现状 | 第16-17页 |
| 1.2.3 rank查询研究现状 | 第17-18页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第18-19页 |
| 1.3.1 BWT构造算法 | 第18页 |
| 1.3.2 后缀数组和名次数组采样算法 | 第18页 |
| 1.3.3 CF算法 | 第18-19页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第19-21页 |
| 第二章 预备知识 | 第21-27页 |
| 2.1 后缀数组和名次数组 | 第21页 |
| 2.2 BWT变换 | 第21-22页 |
| 2.3 符号意义 | 第22-23页 |
| 2.4 高阶经验熵 | 第23-24页 |
| 2.5 小波树 | 第24-26页 |
| 2.6 位向量rank查询 | 第26-27页 |
| 第三章 增量合并BWT算法 | 第27-47页 |
| 3.1 局部BWT变换算法 | 第27-33页 |
| 3.1.1 局部后缀数组构造算法 | 第28-31页 |
| 3.1.2 获得局部BWT | 第31-32页 |
| 3.1.3 构造过程举例 | 第32-33页 |
| 3.2 合并长后缀的BWT和短后缀的BWT | 第33-40页 |
| 3.2.1 长后缀在长后缀集合中的名次 | 第34页 |
| 3.2.2 长后缀在短后缀集合中的名次 | 第34-35页 |
| 3.2.3 合并过程 | 第35-37页 |
| 3.2.4 合并过程举例 | 第37-40页 |
| 3.3 完整BWT变换构造 | 第40-43页 |
| 3.3.1 迭代基础 | 第40-41页 |
| 3.3.2 迭代过程 | 第41-43页 |
| 3.4 实验结果分析 | 第43-47页 |
| 3.4.1 LF-BWT实验环境设置 | 第43页 |
| 3.4.2 LF-BWT实验结果分析 | 第43-47页 |
| 第四章 构造FM-index | 第47-61页 |
| 4.1 采样后缀数组和名次数组 | 第47-48页 |
| 4.2 字符串上的rank查询 | 第48-49页 |
| 4.3 平坦位向量rank查询 | 第49-50页 |
| 4.4 RRR算法压缩原理 | 第50-51页 |
| 4.5 传统RRR算法实现 | 第51-54页 |
| 4.5.1 RRR位向量存储 | 第51-52页 |
| 4.5.2 压缩位向量的位置索引 | 第52-53页 |
| 4.5.3 位向量的rank索引 | 第53页 |
| 4.5.4 RRR算法的rank查询 | 第53-54页 |
| 4.6 CF算法 | 第54-57页 |
| 4.6.1 CF位向量存储 | 第54页 |
| 4.6.2 CF算法压缩位向量的位置索引 | 第54-55页 |
| 4.6.3 CF算法位向量的rank索引 | 第55-56页 |
| 4.6.4 CF算法的rank查询 | 第56页 |
| 4.6.5 CF算法性能提升理论分析 | 第56-57页 |
| 4.7 实验结果分析 | 第57-61页 |
| 4.7.1 CF算法实验环境设置 | 第57页 |
| 4.7.2 CF算法实验性能分析 | 第57-61页 |
| 第五章 总结与展望 | 第61-63页 |
| 5.1 总结 | 第61页 |
| 5.2 展望 | 第61-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 致谢 | 第67-69页 |
| 作者简介 | 第69-70页 |
