| 中文摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 1 前言 | 第11-25页 |
| ·主要进化理论的发展 | 第11-14页 |
| ·拉马克的获得性状遗传学说 | 第11-12页 |
| ·达尔文的自然选择学说 | 第12页 |
| ·现代综合进化论 | 第12页 |
| ·分子进化的中性突变漂变学说 | 第12-13页 |
| ·新灾变论 | 第13页 |
| ·点断平衡论 | 第13-14页 |
| ·生物进化的两个层面：基因与表型 | 第14-23页 |
| ·基因编码序列与表型进化 | 第14-16页 |
| ·基因编码序列与形态学性状的进化 | 第14-16页 |
| ·基因编码序列与生理学性状的进化 | 第16页 |
| ·基因调控序列与表型进化 | 第16-20页 |
| ·基因调控序列与形态学性状的进化 | 第17-20页 |
| ·基因调控序列与生理学性状的进化 | 第20页 |
| ·基因复制与表型进化 | 第20-23页 |
| ·保守进化和趋异进化 | 第21-22页 |
| ·基因拷贝数的进化 | 第22页 |
| ·多信号通路和遗传网络 | 第22-23页 |
| ·基因表达水平与表型进化 | 第23页 |
| ·本研究的意义、研究内容与预期目标 | 第23-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-29页 |
| ·数据集的准备 | 第25页 |
| ·基因功能特性分析 | 第25页 |
| ·d N和d S | 第25页 |
| ·遗传距离 | 第25页 |
| ·基因表达的发育时期特异性与组织特异性 | 第25-26页 |
| ·基因表达分歧度 | 第26页 |
| ·基因家族大小的改变 | 第26页 |
| ·可变剪接数目的改变 | 第26-27页 |
| ·数据处理、统计与作图软件 | 第27-29页 |
| 3 结果与分析 | 第29-44页 |
| ·形态基因和生理基因具有不同的功能特性 | 第29-36页 |
| ·编码序列的进化：形态基因比生理基因慢 | 第36-37页 |
| ·基因表达的进化：形态基因比生理基因慢 | 第37-38页 |
| ·顺式调控序列的进化：形态基因比生理基因慢 | 第38-40页 |
| ·基因家族大小的进化：形态基因比生理基因慢 | 第40-41页 |
| ·可变剪接的进化：形态基因和生理基因无显著差异 | 第41-44页 |
| 4 讨论 | 第44-49页 |
| ·拟南芥形态基因的进化较生理基因更慢 | 第44-45页 |
| ·拟南芥形态性状和生理性状进化的机制是否存在差异？ | 第45-46页 |
| ·可变剪接可能在表型进化上起到重要的作用 | 第46-47页 |
| ·本研究存在的测量偏倚 | 第47-49页 |
| 5 结论 | 第49-50页 |
| ·形态基因和生理基因存在显著的功能差异 | 第49页 |
| ·拟南芥形态基因的进化比生理基因慢 | 第49页 |
| ·拟南芥形态性状和生理性状的进化没有遗传机制上的显著差异 | 第49页 |
| ·可变剪接在拟南芥表型进化上具有重要作用 | 第49-50页 |
| 参考文献 | 第50-58页 |
| 附录 | 第58-209页 |
| 致谢 | 第209-210页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第210页 |