| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-22页 |
| 1 芽休眠概述 | 第14-16页 |
| ·需冷量(chilling requirement,CR) | 第15页 |
| ·芽休眠及休眠解除相关的各类代谢途径 | 第15-16页 |
| 2 MADS-box转录因子功能与分析 | 第16-19页 |
| ·DAM(dormancy-associated MADS-box)基因的研究进展 | 第16-19页 |
| 3 高通量测序技术 | 第19-21页 |
| ·转录组测序(RNA-Seq)技术 | 第19-20页 |
| ·数字基因表达谱(Digital Gene Expression Profiling,DGE) | 第20-21页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第21-22页 |
| 第二部分 研究论文 | 第22-84页 |
| 第一章 樱桃花芽均一化转录组文库的构建与分析 | 第22-38页 |
| 1 引言 | 第22-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-26页 |
| ·试验材料 | 第23页 |
| ·植物材料 | 第23页 |
| ·试验方法 | 第23页 |
| ·需冷量的测定 | 第23页 |
| ·RNA提取 | 第23页 |
| ·转录组文库的构建和测序 | 第23-26页 |
| ·转录组文库测序reads的过滤 | 第24页 |
| ·Trinity组装 | 第24页 |
| ·聚类及序列输出 | 第24-25页 |
| ·Unigene序列功能注释 | 第25页 |
| ·Unigene序列GO分类 | 第25页 |
| ·Unigene序列代谢通路分析 | 第25页 |
| ·预测编码蛋白框(CDS) | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-36页 |
| ·文库测序与组装结果 | 第26页 |
| ·Contig和Unigene序列长度分布 | 第26-27页 |
| ·Unigene序列同源性分析 | 第27-28页 |
| ·Unigene序列GO分类 | 第28-29页 |
| ·Unigene序列COG分类 | 第29页 |
| ·Unigene代谢通路分析 | 第29-36页 |
| ·编码蛋白框(CDS)的核苷酸和氨基酸序列分布 | 第36页 |
| 4 讨论 | 第36-38页 |
| 第二章 不同休眠状态樱桃花芽数字基因表达谱构建与分析 | 第38-55页 |
| 1 引言 | 第38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-43页 |
| ·试验材料 | 第38-39页 |
| ·试验方法 | 第39-43页 |
| ·休眠芽萌发率的统计与休眠状态 | 第39页 |
| ·RNA-Seq文库测序reads的过滤 | 第39页 |
| ·测序质量评估 | 第39-40页 |
| ·基因表达量统计 | 第40-41页 |
| ·差异表达基因的实时荧光定量PCR技术验证 | 第41-43页 |
| 3 结果与分析 | 第43-54页 |
| ·樱桃休眠芽的萌发状态 | 第43页 |
| ·测序整体质量 | 第43-44页 |
| ·测序饱和度分析 | 第44-45页 |
| ·测序随机性分析 | 第45页 |
| ·基因覆盖度分析 | 第45-46页 |
| ·差异基因表达模式变化 | 第46-47页 |
| ·差异表达基因的功能分析 | 第47-51页 |
| ·GO显著富集分析 | 第47-48页 |
| ·KEGG功能分析 | 第48-51页 |
| ·差异基因的聚类分析 | 第51-52页 |
| ·差异基因的RNA-Seq表达量和Q-PCR验证分析 | 第52-54页 |
| 4 讨论 | 第54-55页 |
| 第三章 中国樱桃MADS-box转录因子生物信息学及其在花和果实中表达特性分析 | 第55-67页 |
| 1 引言 | 第55页 |
| 2 材料与方法 | 第55-59页 |
| ·试验材料 | 第55-56页 |
| ·植物材料 | 第55-56页 |
| ·相关试剂盒及酶试剂 | 第56页 |
| ·主要试剂及培养基的配制 | 第56页 |
| ·试验方法 | 第56-59页 |
| ·RNA的提取和纯化 | 第56-57页 |
| ·反转录 | 第57页 |
| ·克隆引物的设计 | 第57-58页 |
| ·基因序列的生物信息学分析 | 第58-59页 |
| ·中国樱桃MADS-box的表达分析 | 第59页 |
| 3 结果与分析 | 第59-65页 |
| ·总RNA浓度与质量分析 | 第59页 |
| ·中国樱桃MADS-box序列生物信息学分析 | 第59-62页 |
| ·中国樱桃MADS-box氨基酸序列保守基序分析 | 第62-63页 |
| ·中国樱桃MADS-box转录因子保守结构域系统进化分析 | 第63-64页 |
| ·中国樱桃MADS-box转录因子表达特性分析 | 第64-65页 |
| 4 讨论 | 第65-67页 |
| 第四章 休眠相关的MADS转录因子(PpcDAM)基因的克隆与表达特性分析 | 第67-84页 |
| 1 引言 | 第67页 |
| 2 材料与方法 | 第67-74页 |
| ·试验材料 | 第67-69页 |
| ·植物材料 | 第67页 |
| ·主要试剂和材料 | 第67-68页 |
| ·供试菌体及载体 | 第68-69页 |
| ·试验方法 | 第69-74页 |
| ·RNA的提取和纯化 | 第69页 |
| ·反转录 | 第69页 |
| ·引物设计 | 第69-71页 |
| ·目的基因PCR扩增和产物回收检测 | 第71-72页 |
| ·PCR回收产物连接T载体 | 第72页 |
| ·连接产物转化感受态 | 第72页 |
| ·菌落验证及测序 | 第72页 |
| ·基因序列的生物信息学分析 | 第72-73页 |
| ·qRT-PCR扩增 | 第73页 |
| ·中国樱桃基因组DNA提取 | 第73页 |
| ·PpcDAM基因启动子基因序列分析 | 第73页 |
| ·PpcDAM基因启动子瞬时表达分析 | 第73-74页 |
| ·质粒提取 | 第74页 |
| ·Gateway载体构建和pGreen载体构建 | 第74页 |
| ·拟南芥遗传转化 | 第74页 |
| ·种子萌发 | 第74页 |
| 3 结果与分析 | 第74-82页 |
| ·PpcDAM基因克隆与生物信息学分析 | 第74-77页 |
| ·PpcDAM保守基序与进化分析 | 第75-77页 |
| ·PpcDAM基因在樱桃花芽低温积累过程中的表达特性分析 | 第77页 |
| ·PpcDAM基因启动子克隆 | 第77-80页 |
| ·双荧光素酶系统检测启动子表达特性 | 第79-80页 |
| ·PpcDAM基因遗传转化拟南芥 | 第80-82页 |
| ·拟南芥转基因植株的验证 | 第80-81页 |
| ·转基因拟南芥种子的萌发特性 | 第81-82页 |
| 4 讨论 | 第82-84页 |
| 研究展望 | 第84-85页 |
| 参考文献 | 第85-93页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第93-94页 |
| 致谢 | 第94-96页 |
