| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-18页 |
| ·软物质简介 | 第9-10页 |
| ·树枝形分子与蛋白相互作用的意义 | 第10-11页 |
| ·KALP 及 Amyloid fibril 的模型结构和功能 | 第11-13页 |
| ·KALP 的组织结构 | 第11-12页 |
| ·Amyloid fibril 的组织结构 | 第12-13页 |
| ·纳米颗粒的结构和性质 | 第13-17页 |
| ·树枝形分子和树枝形多肽的结构和性质 | 第13-17页 |
| ·本文研究的主要内容 | 第17-18页 |
| 第二章 理论方法 | 第18-30页 |
| ·基本的分子动力学知识 | 第18-22页 |
| ·温度和压强耦合 | 第22-24页 |
| ·Berendsen 温度耦合 | 第22-23页 |
| ·Nosé-Hoover 温度耦合 | 第23页 |
| ·Berendsen 压强耦合 | 第23-24页 |
| ·Parrinello-Rahman 压强耦合 | 第24页 |
| ·MARTINI 力场简介 | 第24-28页 |
| ·系综的简介 | 第28-30页 |
| 第三章 树枝形多肽和 KALP 的相互作用 | 第30-41页 |
| ·研究背景 | 第30-31页 |
| ·模型和研究方法 | 第31-34页 |
| ·模拟的结果与讨论 | 第34-39页 |
| ·回旋半径 | 第34-35页 |
| ·形状 | 第35-37页 |
| ·径向分布 | 第37-38页 |
| ·力平均势（PMF） | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-41页 |
| 第四章 树枝形多肽和 Amyloid fibril 的相互作用 | 第41-50页 |
| ·研究背景 | 第41-42页 |
| ·模型和研究方法 | 第42-44页 |
| ·模拟的结果与讨论 | 第44-49页 |
| ·回旋半径 | 第44-45页 |
| ·形状 | 第45-47页 |
| ·径向分布 | 第47-48页 |
| ·力平均势（PMF） | 第48-49页 |
| ·本章小结 | 第49-50页 |
| 第五章 全文总结 | 第50-51页 |
| ·全文总结 | 第50页 |
| ·问题与展望 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-62页 |
| 攻读硕士学位期间公开发表的论文及科研成果 | 第62-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |