| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-11页 |
| 目录 | 第11-16页 |
| 第一部分 酿酒酵母烷基过氧化物还原酶Ahp1的晶体结构与催化循环研究 | 第16-106页 |
| 第一章 过氧化物还原酶peroxiredoxin的研究背景 | 第16-46页 |
| ·引言 | 第16页 |
| ·活性氧简介 | 第16-20页 |
| ·过氧化氢的产生与分解 | 第20-22页 |
| ·Peroxiredoxin的抗氧化机制及其分类 | 第22-26页 |
| ·Peroxiredoxin简介 | 第22页 |
| ·基于催化机制的三种不同类型的Prx | 第22-25页 |
| ·基于序列同源性的六种不同类型的Prx | 第25-26页 |
| ·酿酒酵母中的烷基过氧化物还原酶Ahp1 | 第26-34页 |
| ·Ahp1是Prx5亚家族中的一种typical 2-Cys Prx | 第26-28页 |
| ·Ahp1的抗氧化作用 | 第28-31页 |
| ·Ahp1作为烷基过氧化物的受体激活转录因子Cad1 | 第31-33页 |
| ·Ahp1被泛素相关蛋白Urm1共价修饰 | 第33-34页 |
| ·Peroxiredoxin的结构研究 | 第34-38页 |
| ·Prx的单体结构 | 第34-35页 |
| ·活性中心结构 | 第35-36页 |
| ·不同类型Prx的C_R所在的位置 | 第36-37页 |
| ·Prx的四级结构 | 第37-38页 |
| ·Peroxiredoxin的活性调控 | 第38-40页 |
| ·Prx的过氧化 | 第38-40页 |
| ·Prx的磷酸化 | 第40页 |
| ·Peroxiredoxin的结合蛋白 | 第40-46页 |
| ·Prx再生过程相关蛋白 | 第40-41页 |
| ·雄性激素受体androgen receptor | 第41页 |
| ·血小板衍生生长因子受体PDGF receptor | 第41页 |
| ·癌基因c-Ab1 | 第41页 |
| ·原癌基因c-Myc | 第41-42页 |
| ·转录延伸因子eEF1A-2 | 第42页 |
| ·凋亡信号调节激酶1(ASK1) | 第42页 |
| ·蛋白酪氨酸磷酸酶Syk | 第42页 |
| ·磷脂酶PLD1 | 第42页 |
| ·甘油磷酸二酯磷酸二酯酶GDE2 | 第42-43页 |
| ·Cdk5-p35复合物 | 第43页 |
| ·π-GST-JNK复合物 | 第43页 |
| ·巨噬细胞迁移抑制因子MIF | 第43页 |
| ·丝氨酸蛋白酶-分子伴侣家族蛋白Omi/HtrA2 | 第43页 |
| ·p66Shc | 第43页 |
| ·Presenilin-1 | 第43-44页 |
| ·Stomatin | 第44页 |
| ·Toll样受体TLR4 | 第44-46页 |
| 第二章 实验材料、设备与方法 | 第46-60页 |
| ·实验材料 | 第46页 |
| ·质粒和菌株 | 第46页 |
| ·酶类和试剂 | 第46页 |
| ·实验设备 | 第46-47页 |
| ·实验方法 | 第47-60页 |
| ·重组质粒的构建 | 第47-51页 |
| ·目的蛋白的过量表达与纯化方法 | 第51-53页 |
| ·偶联Trx系统的Ahp1过氧化物还原酶活性测定反应体系 | 第53页 |
| ·Ahpl的反应动力学参数的测定 | 第53-54页 |
| ·参与Ahp1与Trx2形成复合物所需半胱氨酸的鉴定 | 第54-55页 |
| ·Ahp1-Trx2复合物的大量制备 | 第55-56页 |
| ·蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集 | 第56-59页 |
| ·晶体结构解析与精修 | 第59-60页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第60-98页 |
| ·Ahp1与Trx2C34S的表达与纯化 | 第60-62页 |
| ·Ahp1及Trx2C34S的表达 | 第60页 |
| ·Ahp1及Trx2C34S的纯化 | 第60-62页 |
| ·Ahp1的参与催化活性半胱氨酸残基的鉴定 | 第62-63页 |
| ·活性测定所需的Trx2和Trr1的表达与纯化 | 第62-63页 |
| ·Ahp1的Cys62和Cys31分别为C_P和C_R | 第63页 |
| ·Prx5亚家族成员的序列比对分析 | 第63-64页 |
| ·氧化型Ahp1的晶体学研究 | 第64-67页 |
| ·氧化型Ahp1的结晶 | 第64-65页 |
| ·氧化型Ahp1的X射线衍射数据的收集、处理及晶体结构解析 | 第65-66页 |
| ·氧化型Ahp1的结构模型质量评估 | 第66-67页 |
| ·氧化型Ahp1的晶体结构 | 第67-71页 |
| ·氧化型Ahp1的整体结构 | 第67-70页 |
| ·氧化型Ahp1的二聚体相互作用界面分析 | 第70-71页 |
| ·Ahpl代表了一种新型的typical 2-Cys peroxiredoxin | 第71-72页 |
| ·还原型Ahp1的晶体学研究 | 第72-75页 |
| ·还原型Ahp1的结晶 | 第72-73页 |
| ·还原型Ahp1的X射线衍射数据的收集、处理及晶体结构解析 | 第73-74页 |
| ·还原型Ahp1的结构模型质量评估 | 第74-75页 |
| ·还原型Ahp1的晶体结构 | 第75-76页 |
| ·Ahp1在氧化还原中的构象变化 | 第76-77页 |
| ·Ahp1对底物t-BOOH具有正协同效应 | 第77-78页 |
| ·Ahp1对底物t-BOOH具有正协同效应的推测机制 | 第78-79页 |
| ·Ahp1与Trx2形成复合物所需半胱氨酸的鉴定 | 第79页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的晶体学研究 | 第79-83页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的结晶 | 第79-80页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的X射线衍射数据的收集、处理及晶体结构解析 | 第80-82页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的结构模型质量评估 | 第82-83页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的晶体结构 | 第83-86页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的整体结构 | 第83-84页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物的相互作用界面分析 | 第84-85页 |
| ·Ahp1C62S-Trx2C34S复合物与还原型Ahp1的结构比较 | 第85-86页 |
| ·Ahp1(-SO_3H)-Trx2C34S复合物的晶体学研究 | 第86-89页 |
| ·Ahp1(-SO_3H)-Trx2C34S复合物的结晶 | 第86-87页 |
| ·Ahp1(-SO_3H)-Trx2C34S复合物的X射线衍射数据收集、处理及晶体结构解析 | 第87-88页 |
| ·Ahp1(-SO_3H)-Trx2C34S复合物的结构模型质量评估 | 第88-89页 |
| ·Ahp1(-SO_3H)-Trx2C34S复合物的晶体结构 | 第89-93页 |
| ·Ahp1(-SO_3H)-Trx2C34S复合物的整体结构 | 第89-91页 |
| ·Cys62残基被过氧化为磺酸形式后引起的构象变化 | 第91-93页 |
| ·还原型-次磺酸形式-氧化型过程中的结构变化 | 第93页 |
| ·Ahp1的催化循环模式图 | 第93-94页 |
| ·Lys32突变对Ahp1的过氧化物还原酶活性的影响 | 第94-95页 |
| ·探讨Urm1修饰后的Ahp1的功能变化 | 第95-96页 |
| ·本篇小结 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-106页 |
| 第二部分 参与合作的其它工作 | 第106-136页 |
| 第四章 大黄鱼过氧化物还原酶peroxiredoxin4的晶体结构研究 | 第106-130页 |
| ·引言 | 第106页 |
| ·过氧化物还原酶peroxiredoxin4的研究背景简述 | 第106-107页 |
| ·实验材料、设备与方法 | 第107-117页 |
| ·质粒和菌株 | 第107页 |
| ·酶类和试剂 | 第107-108页 |
| ·实验设备 | 第108页 |
| ·重组质粒的构建 | 第108-113页 |
| ·质粒的小量抽提及质粒测序 | 第113页 |
| ·目的蛋白的过量表达与纯化流程 | 第113-115页 |
| ·偶联Trx系统的Prx4过氧化物酶活性测定反应体系 | 第115页 |
| ·Prx4△N62及Prx4AN67蛋白热稳定性检测 | 第115-116页 |
| ·蛋白质结晶、晶体优化及X射线衍射数据收集 | 第116-117页 |
| ·晶体结构解析与精修 | 第117页 |
| ·结果与讨论 | 第117-127页 |
| ·Prx4及其突变体的表达与纯化 | 第117-119页 |
| ·Prx4的晶体学研究 | 第119-121页 |
| ·Prx4的晶体结构 | 第121-125页 |
| ·Prx4AN62及Prx4AN67蛋白稳定性检测 | 第125-127页 |
| ·本章小结 | 第127-128页 |
| 参考文献 | 第128-130页 |
| 第五章 酿酒酵母deoxyhypusine合成酶Dys1的结构生物学研究 | 第130-136页 |
| ·引言 | 第130页 |
| ·研究背景简介 | 第130-131页 |
| ·结果与讨论 | 第131-134页 |
| ·Dys1的纯化 | 第131-132页 |
| ·Dys1的结晶 | 第132-133页 |
| ·Dys1射线衍射数据的收集、处理及晶体结构解析 | 第133页 |
| ·Dys1的晶体结构 | 第133-134页 |
| ·本章小结 | 第134-135页 |
| 参考文献 | 第135-136页 |
| 附录 | 第136-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文与参加的学术会议 | 第143-144页 |
