| 中文摘要 | 第1-13页 |
| 英文摘要 | 第13-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-73页 |
| 1.动物遗传多样性研究的意义、内容和方法 | 第19-34页 |
| ·动物遗传多样性的涵义 | 第19页 |
| ·国内外动物遗传多样性概况 | 第19-22页 |
| ·国外动物遗传多样性概况 | 第19-20页 |
| ·国内动物遗传多样性概况 | 第20-21页 |
| ·动物遗传多样性受威胁概况 | 第21-22页 |
| ·动物遗传多样性保护的意义 | 第22-24页 |
| ·动物遗传多样性评价的内容 | 第24-25页 |
| ·动物遗传多样性的研究方法 | 第25-27页 |
| ·形态学方法 | 第26页 |
| ·细胞遗传学方法 | 第26页 |
| ·蛋白质检测方法 | 第26-27页 |
| ·分子生物学方法 | 第27页 |
| ·动物遗传多样性评价指标 | 第27-34页 |
| ·平均数和变异系数 | 第27页 |
| ·基因和基因型频率 | 第27页 |
| ·遗传平衡检验 | 第27页 |
| ·遗传变异的度量参数 | 第27-29页 |
| ·遗传距离估计数学模型 | 第29-32页 |
| ·系统发育分化推断方法 | 第32-34页 |
| 2 微卫星标记与遗传多样性研究 | 第34-49页 |
| ·微卫星标记概述 | 第34页 |
| ·微卫星的类型 | 第34-35页 |
| ·微卫星在基因组中的作用 | 第35-36页 |
| ·微卫星突变 | 第36-37页 |
| ·微卫星标记的优点 | 第37-39页 |
| ·微卫星标记的局限性 | 第39-40页 |
| ·微卫星标记在群体遗传多样性研究中的应用 | 第40-49页 |
| ·构建遗传连锁图谱 | 第40-42页 |
| ·制作DNA 指纹图 | 第42-43页 |
| ·QTL定位和标记辅助选择（marker assisted selection MAS） | 第43-45页 |
| ·个体及亲缘关系的鉴定 | 第45-46页 |
| ·监测遗传操作效应和保种效果 | 第46-47页 |
| ·品种或品系遗传关系确定 | 第47-49页 |
| 3 线粒体 DNA（mtDNA）标记与遗传多样性研究 | 第49-66页 |
| ·动物线粒体 DNA 的结构 | 第50-51页 |
| ·动物线粒体基因组的遗传特征 | 第51-54页 |
| ·母系遗传 | 第52页 |
| ·父系渗入现象 | 第52-53页 |
| ·具有明显的核质基因互作关系 | 第53页 |
| ·mtDNA 进化速度快 | 第53-54页 |
| ·动物mtDNA 的多态性 | 第54-55页 |
| ·动物mtDNA 的异质性 | 第55页 |
| ·mtDNA 多态性的研究方法 | 第55-56页 |
| ·对mtDNA 各片段的研究 | 第56-59页 |
| ·细胞色素b（Cyt26）基因片段 | 第56-58页 |
| ·mtDNA 控制区（D-loop） | 第58-59页 |
| ·16srRNA、12srRNA | 第59页 |
| ·NADH 降解酶基因 | 第59页 |
| ·动物mtDNA 标记在群体遗传多样性研究中的应用 | 第59-66页 |
| ·分析种间多态性 | 第59-60页 |
| ·分析种内品种间及品种内多态性 | 第60-61页 |
| ·动物品种的起源与分化研究 | 第61-63页 |
| ·动物品种及类型的分类研究 | 第63-64页 |
| ·动物群体遗传结构及基因流动的研究 | 第64-65页 |
| ·标记经济性状，开展标记辅助选择 | 第65-66页 |
| 4 中国地方鸡品种的起源及演化 | 第66-70页 |
| ·考古学研究 | 第67-68页 |
| ·历史记录 | 第68-69页 |
| ·形态学特征 | 第69页 |
| ·生化及分子生物学研究 | 第69-70页 |
| 5.本研究的目的与意义 | 第70-73页 |
| 第二章 中国家鸡和红色原鸡微卫星 DNA 遗传多样性及亲缘关系分析 | 第73-103页 |
| 1 材料与方法 | 第74-83页 |
| ·试验材料 | 第74-78页 |
| ·样品采集 | 第74-75页 |
| ·主要试剂及其配制 | 第75-76页 |
| ·主要实验仪器 | 第76-77页 |
| ·微卫星引物 | 第77-78页 |
| ·试验方法 | 第78-79页 |
| ·基因组 DNA 提取 | 第78页 |
| ·多个引物的组合优化 | 第78-79页 |
| ·多重 PCR 扩增和基因型判定 | 第79页 |
| ·统计方法 | 第79-82页 |
| ·群体内遗传多样性的分析 | 第79-80页 |
| ·群体间遗传关系 | 第80-82页 |
| ·统计分析（软件应用） | 第82-83页 |
| ·遗传多样性 | 第82页 |
| ·遗传分化 | 第82页 |
| ·品种聚类 | 第82页 |
| ·遗传距离与地理距离的相关性 | 第82-83页 |
| 2 结果与分析 | 第83-95页 |
| ·DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测 | 第83页 |
| ·引物组合及多重PCR反应条件的优化 | 第83-84页 |
| ·多重 PCR 电泳检测结果 | 第84-85页 |
| ·群体内的遗传变异 | 第85-89页 |
| ·群体间的遗传分化 | 第89-90页 |
| ·遗传距离与地理距离的相关性 | 第90页 |
| ·聚类分析 | 第90-95页 |
| ·PHYLIP聚类分析 | 第90-91页 |
| ·Structure 程序分析群体遗传结构 | 第91-95页 |
| 3 讨论 | 第95-103页 |
| ·多重 PCR 及其产物的自动化检测 | 第95-97页 |
| ·群体内的遗传多样性 | 第97-99页 |
| ·群体间的遗传分化 | 第99页 |
| ·15 个中国鸡种间的遗传关系 | 第99-100页 |
| ·品种间遗传距离与地理距离的关联性 | 第100-101页 |
| ·红色原鸡与中国家鸡的亲缘关系 | 第101-103页 |
| 第三章 样本量、性别和微卫星座位数对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响 | 第103-111页 |
| 1 材料与方法 | 第103-105页 |
| ·试验材料 | 第103-104页 |
| ·群体遗传多样性指标的选择与统计分析 | 第104页 |
| ·遗传距离的估测精度统计尺度 | 第104-105页 |
| 2 结果与分析 | 第105-108页 |
| ·样本量对期望杂合度的影响 | 第105-106页 |
| ·样本量对有效等位基因数的影响 | 第106页 |
| ·性别对群体遗传多样性指标的影响 | 第106-107页 |
| ·不等微卫星座位数目对遗传距离的影响 | 第107页 |
| ·5 个水平 t 检验结果 | 第107-108页 |
| 3 讨论 | 第108-111页 |
| ·样本量对群体遗传多样性指标的影响 | 第108-109页 |
| ·微卫星分析群体遗传多样性时样本量的确定 | 第109页 |
| ·性别对群体遗传多样性指标的影响 | 第109-110页 |
| ·微卫星座位的数目对遗传距离的估测精度的影响 | 第110-111页 |
| 第四章 近缘物种间微卫星引物的适用性分析 | 第111-118页 |
| 1 材料与方法 | 第112页 |
| ·试验动物 | 第112页 |
| ·基因型测定 | 第112页 |
| ·统计方法 | 第112页 |
| ·遗传多样性计算 | 第112页 |
| ·遗传分化的计算 | 第112页 |
| ·基因流动（Nm）的计算 | 第112页 |
| 2 结果与分析 | 第112-115页 |
| ·鸡微卫星引物在孔雀中的 PCR 扩增结果 | 第112-113页 |
| ·群体内的遗传变异 | 第113-115页 |
| ·群体间的遗传分化 | 第115页 |
| 3 讨论 | 第115-118页 |
| ·近缘物种间微卫星引物的适用性 | 第115-116页 |
| ·绿孔雀和蓝孔雀群体内的遗传分析 | 第116-117页 |
| ·绿孔雀和蓝孔雀群体间的遗传分析 | 第117-118页 |
| 第五章 中国家鸡和红色原鸡mtDNA 遗传多样性及亲缘关系分析 | 第118-152页 |
| 1 材料与方法 | 第118-121页 |
| ·试验材料 | 第118-120页 |
| ·样品采集 | 第119页 |
| ·主要试剂及其配制 | 第119页 |
| ·主要实验仪器 | 第119页 |
| ·引物 | 第119-120页 |
| ·试验方法 | 第120页 |
| ·基因组DNA 提取 | 第120页 |
| ·PCR 扩增 | 第120页 |
| ·测序 | 第120页 |
| ·统计方法及软件应用 | 第120-121页 |
| ·核苷酸序列多态性分析 | 第120页 |
| ·单倍型间的系统进化分析 | 第120-121页 |
| ·单倍型间的网络分析 | 第121页 |
| 2 结果与分析 | 第121-142页 |
| ·DNA 提取结果和PCR 扩增产物检测 | 第121-122页 |
| ·16 个鸡群mtDNA D-loop 区部分序列的遗传多态性 | 第122-125页 |
| ·群体mtDNA D-loop 区部分序列的序列长度与碱基组成 | 第122页 |
| ·序列的核苷酸多态位点变异 | 第122页 |
| ·序列的核苷酸多态位点的变异类型 | 第122-125页 |
| ·16 个鸡群体mtDNA D-loop 单倍型 | 第125页 |
| ·16 个鸡群体mtDNA D-loop 区部分序列的遗传结构 | 第125-134页 |
| ·16个鸡群体内单倍型多样度 | 第125-127页 |
| ·16个鸡群体内核苷酸多样度 | 第127-128页 |
| ·16 个鸡群体间核苷酸多态性 | 第128-130页 |
| ·16 个鸡群体历史动态分析 | 第130页 |
| ·16 个鸡群体间遗传距离 | 第130-132页 |
| ·分子方差分析(Analysis of Molecular Variance，AMOVA) | 第132-134页 |
| ·mtDNA D-loop 单倍型的分子系统树 | 第134-138页 |
| ·16 个鸡群体D-loop 序列单倍型网络图 | 第138页 |
| ·16 个群体的分子系统树 | 第138-142页 |
| 3 讨论 | 第142-152页 |
| ·16 个鸡群mtDNA D-loop 区部分序列的遗传多态性 | 第142-144页 |
| ·16 个鸡群体内mtDNA D-loop 遗传多样性 | 第144-145页 |
| ·16 个鸡群体间mtDNA D-loop 遗传多样性 | 第145-146页 |
| ·地理距离与群体间mtDNA 遗传距离的关系 | 第146-147页 |
| ·中国家鸡的起源探讨 | 第147-152页 |
| 全文结论 | 第152-155页 |
| 参考文献 | 第155-184页 |
| 致谢 | 第184-186页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第186-189页 |
| 攻读学位期间已正式录用的学术论文目录 | 第189-190页 |
