| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 第一章 分子马达的研究概述 | 第11-20页 |
| §1-1 课题背景 | 第11-12页 |
| §1-2 细胞骨架与分子马达 | 第12-14页 |
| §1-3 驱动蛋白 | 第14-17页 |
| 1-3-1 驱动蛋白的分子结构 | 第14-15页 |
| 1-3-2 驱动蛋白运动的分子机理 | 第15-17页 |
| §1-4 微管的整体构建 | 第17-19页 |
| §1-5 论文的主要研究内容 | 第19-20页 |
| 第二章 分子动力学基本原理 | 第20-29页 |
| §2-1 分子模拟概述 | 第20-21页 |
| §2-2 分子力场 | 第21-23页 |
| 2-2-1 分子力场的势函数形式 | 第21-22页 |
| 2-2-2 分子力场的发展和分类 | 第22-23页 |
| 2-2-3 力场参数的来源 | 第23页 |
| §2-3 分子力学的能量最小化方法 | 第23-24页 |
| §2-4 分子动力学方法 | 第24-29页 |
| 2-4-1 分子动力学的发展历史 | 第24-25页 |
| 2-4-2 分子动力学的基本原理 | 第25-27页 |
| 2-4-3 边界条件与非键相互作用能的处理 | 第27-28页 |
| 2-4-4 分子动力学的统计系综 | 第28-29页 |
| 第三章 分子动力学对分子马达kinesin 催化核心的研究 | 第29-47页 |
| §3-1 引言 | 第29-30页 |
| §3-2 计算模型的选择和建立 | 第30-36页 |
| 3-2-1 计算模型的选择 | 第30-32页 |
| 3-2-2 蛋白结构的同源模建 | 第32-34页 |
| 3-2-3 计算模型的建立和计算过程 | 第34-36页 |
| §3-3 计算结果的分析 | 第36-46页 |
| 3-3-1 驱动蛋白KIF1A 的超二级结构loop11-α4-loop12 的动力学分析 | 第36-38页 |
| 3-3-2 驱动蛋白KIF1A 的催化核心的动力学分析 | 第38-46页 |
| §3-4 结论 | 第46-47页 |
| 第四章 量子化学理论简介与从头分子动力学 CPMD 基本原理 | 第47-58页 |
| §4-1 量子化学的发展简史 | 第47-48页 |
| §4-2 量子化学理论方法简介 | 第48-52页 |
| 4-2-1 分子轨道理论简介 | 第48-49页 |
| 4-2-2 价键理论简介 | 第49页 |
| 4-2-3 密度泛函理论简介 | 第49-52页 |
| §4-3 从头分子动力学CPMD 的基本原理 | 第52-58页 |
| 4-3-1 引言 | 第52-53页 |
| 4-3-2 CPMD 的基本原理 | 第53-55页 |
| 4-3-3 CPMD 的统计系综 | 第55页 |
| 4-3-4 平面波和赝势 | 第55-56页 |
| 4-3-5 计算中的注意事项 | 第56页 |
| 4-3-6 CPMD 的应用 | 第56-58页 |
| 第五章 CPMD 对分子马达kinesin 水解 ATP 机制的研究 | 第58-74页 |
| §5-1 引言 | 第58-59页 |
| §5-2 计算模型的建立 | 第59-62页 |
| 5-2-1 模型初选 | 第59-60页 |
| 5-5-2 模型的分子力学优化 | 第60页 |
| 5-2-3 CPMD 计算模型的建立 | 第60-62页 |
| 5-2-4 CPMD 的计算过程 | 第62页 |
| §5-3 计算结果的分析 | 第62-72页 |
| 5-3-1 模拟过程的能量变化 | 第63页 |
| 5-3-2 关键水分子的作用途径 | 第63-72页 |
| 5-3-3 其他可能的作用途径 | 第72页 |
| §5-4 结论 | 第72-74页 |
| 第六章 论文总结 | 第74-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 攻读硕士学位期间的工作 | 第83页 |
