SNP对基因表达影响的生物信息学模型
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章、课题背景和研究目的 | 第8-11页 |
| ·分子遗传学研究背景 | 第8页 |
| ·全基因组关联分析的发展背景 | 第8-9页 |
| ·eQTL 研究的发展背景 | 第9-10页 |
| ·本课题的研究目的和意义 | 第10-11页 |
| 第二章、 国内外研究现状 | 第11-15页 |
| ·SNP 分析现状综述 | 第11页 |
| ·后 GWAS 研究综述 | 第11-13页 |
| ·SNP 功能预测的研究综述 | 第13-15页 |
| 第三章、SNP 对基因功能影响的理论研究 | 第15-19页 |
| ·非同义编码 SNP 对基因功能的影响 | 第15-16页 |
| ·同义编码 SNP 对基因功能的影响 | 第16页 |
| ·基因内含子区 SNP 对基因功能的影响 | 第16页 |
| ·基因调控区域 SNP 对基因功能的影响 | 第16-19页 |
| 第四章、支持向量机(SVM)的应用研究 | 第19-24页 |
| ·SVM 介绍及其在生物学中的应用 | 第19-20页 |
| ·样本选择及样本差异的解决方案 | 第20页 |
| ·特征提取 | 第20-21页 |
| ·核函数选择和参数优化 | 第21-22页 |
| ·模型评估 | 第22-24页 |
| 第五章、rSNP 预测模型建立和评估 | 第24-37页 |
| ·样本提取 | 第24-30页 |
| ·eQTL 数据来源 | 第24-25页 |
| ·SNP 按基因组位置分类 | 第25页 |
| ·正样本提取和筛选 | 第25-28页 |
| ·负样本提取和筛选 | 第28-30页 |
| ·特征选择和计算 | 第30-32页 |
| ·通用特征的选择 | 第30-31页 |
| ·启动子区域 SNP 特征选择 | 第31-32页 |
| ·3’UTR 区域 SNP 特征选择 | 第32页 |
| ·模型建立和参数优化 | 第32-34页 |
| ·模型评估 | 第34-37页 |
| ·交叉验证法预测结果的评估 | 第34页 |
| ·利用新数据集测试模型 | 第34-35页 |
| ·GWAS 数据的模型验证 | 第35-37页 |
| 第六章、WebServer 平台构建 | 第37-40页 |
| ·引言 | 第37页 |
| ·平台架构描述 | 第37-38页 |
| ·平台使用方法 | 第38-40页 |
| 第七章、结论与讨论 | 第40-42页 |
| 参考文献 | 第42-48页 |
| 攻读硕士期间公开发表论文 | 第48-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
