| 中文摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第10-16页 |
| ·研究生物大分子与配体结合自由能的背景及意义 | 第10-11页 |
| ·HIV-1 病毒介绍 | 第11-15页 |
| ·本文结构 | 第15-16页 |
| 第二章 理论计算和方法 | 第16-32页 |
| ·分子力学 | 第16-17页 |
| ·分子动力学 | 第17-18页 |
| ·分子动力学演化算法 | 第18-20页 |
| ·Verlet 算法 | 第18-19页 |
| ·Verlet 蛙跳法 | 第19-20页 |
| ·分子动力学的计算技术 | 第20-23页 |
| ·周期性边界条件 | 第20-21页 |
| ·SHAKE 算法 | 第21-22页 |
| ·PME 方法 | 第22-23页 |
| ·混合量子力学/分子力学方法 | 第23-28页 |
| ·QM/MM 方法历史背景 | 第23-25页 |
| ·QM/MM 方法原理 | 第25-26页 |
| ·QM 区域和MM 区域边界的处理 | 第26-28页 |
| ·生物分子与配体的结合自由能的算法 | 第28-32页 |
| ·自由能微扰(FEP)方法 | 第28-29页 |
| ·热力学积分（TI）方法 | 第29页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第29-31页 |
| ·线性相互作用能(LIE)方法 | 第31-32页 |
| 第三章 HIV-1 蛋白酶PDB 结构中结晶水分子W301 的QM/MM 研究 | 第32-39页 |
| ·初始化复合物 | 第32页 |
| ·MM-GBSA 方法计算结晶水分子 W301 与 HIV-1 蛋白酶的结合自由能 | 第32-33页 |
| ·结果分析 | 第33-34页 |
| ·W301 与HIV-1 蛋白酶的氢键分析 | 第34-36页 |
| ·W301 的分子动力学行为 | 第36-38页 |
| ·小结 | 第38-39页 |
| 第四章 结晶水分子W301 影响下HIV-1 蛋白酶构象变化 | 第39-46页 |
| ·HIV-1 蛋白酶构型变化分析 | 第39-43页 |
| ·HIV-1 PR 的RMSD | 第39-40页 |
| ·HIV-1 PR 的B-Factor | 第40-42页 |
| ·回旋半径 | 第42-43页 |
| ·W301 影响下ABT-538 分子的静电势 | 第43-45页 |
| ·小结 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-51页 |
| 攻读硕士学位期间完成的论文 | 第51-52页 |
| 致谢 | 第52页 |
