| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略表 | 第16-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-41页 |
| 1.1 多氯联苯概述 | 第17-20页 |
| 1.1.1 多氯联苯的性质及应用 | 第17-18页 |
| 1.1.2 多氯联苯的毒性及危害 | 第18-19页 |
| 1.1.3 多氯联苯的污染现状 | 第19-20页 |
| 1.2 多氯联苯污染土壤修复技术 | 第20-21页 |
| 1.2.1 物理、化学修复技术 | 第20-21页 |
| 1.2.2 生物修复技术 | 第21页 |
| 1.3 多氯联苯微生物转化 | 第21-26页 |
| 1.3.1 多氯联苯厌氧脱氯和好氧降解 | 第22-23页 |
| 1.3.2 多氯联苯好氧降解微生物 | 第23-24页 |
| 1.3.3 多氯联苯微生物好氧降解机制 | 第24-26页 |
| 1.4 细菌趋化性 | 第26-36页 |
| 1.4.0 细菌的运动性 | 第26页 |
| 1.4.1 趋化反应分子机制 | 第26-28页 |
| 1.4.2 细菌对有机污染物的趋化性 | 第28-32页 |
| 1.4.3 细菌趋化性在有机污染物生物降解中的作用 | 第32-33页 |
| 1.4.4 细菌趋化与降解的内在关联 | 第33-36页 |
| 1.5 微生物基因组学 | 第36-38页 |
| 1.5.1 基因组测序技术 | 第36页 |
| 1.5.2 微生物基因组测序 | 第36-37页 |
| 1.5.3 环境污染物降解菌基因组测序 | 第37-38页 |
| 1.6 论文研究意义、内容与技术路线 | 第38-41页 |
| 1.6.1 研究意义 | 第38页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第38-39页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第39-41页 |
| 第二章 多氯联苯好氧降解红球菌的降解和趋化性研究 | 第41-69页 |
| 2.1 引言 | 第41-42页 |
| 2.2 材料与方法 | 第42-49页 |
| 2.2.1 实验菌株 | 第42页 |
| 2.2.2 主要仪器和试剂 | 第42-44页 |
| 2.2.3 主要培养基 | 第44-46页 |
| 2.2.4 联苯、多氯联苯、苯甲酸及氯代苯甲酸降解率测定 | 第46-47页 |
| 2.2.5 趋化性实验 | 第47-48页 |
| 2.2.6 疏水性测定 | 第48-49页 |
| 2.2.7 电镜观察 | 第49页 |
| 2.2.8 数据统计分析 | 第49页 |
| 2.3 结果与分析 | 第49-68页 |
| 2.3.1 菌株SS1、SS2和TG9对联苯的耐受及降解 | 第49-53页 |
| 2.3.2 菌株SS1、SS2和TG9对PCBs单体的降解及分析 | 第53-56页 |
| 2.3.3 不同底物诱导下菌株SS1、SS2和TG9的疏水性分析 | 第56-57页 |
| 2.3.4 菌株SS1、SS2和TG9的趋化性 | 第57-67页 |
| 2.3.5 菌株SS1、SS2和TG9菌毛观察 | 第67-68页 |
| 2.4 本章小结 | 第68-69页 |
| 第三章 嗜联苯红球菌Rhodococcus biphenylivorans TG9的全基因组测序及分析 | 第69-102页 |
| 3.1 引言 | 第69页 |
| 3.2 材料与方法 | 第69-76页 |
| 3.2.1 实验菌株 | 第69页 |
| 3.2.2 主要仪器和试剂 | 第69-71页 |
| 3.2.3 R.biphenylivorans TG9培养及基因组DNA提取 | 第71-72页 |
| 3.2.4 R.biphenylivorans TG9基因组de nove测序分析 | 第72-73页 |
| 3.2.5 R.biphenylivorans TG9基因组完成图组装 | 第73-75页 |
| 3.2.6 R.biphenylivorans TG9基因组测序数据生物信息分析 | 第75-76页 |
| 3.3 结果与分析 | 第76-100页 |
| 3.3.1 R.biphenylivorans TG9基因组DNA的提取及电泳检测 | 第76-77页 |
| 3.3.2 R.biphenylivorans TG9基因组概况 | 第77-85页 |
| 3.3.3 R.biphenylivorans TG9功能基因注释与分类 | 第85-95页 |
| 3.3.4 联苯/PCBs降解酶基因预测 | 第95-96页 |
| 3.3.5 R.biphenylivorans TG9趋化基因预测 | 第96-98页 |
| 3.3.6 R.biphenylivorans TG9其他关注基因预测 | 第98-100页 |
| 3.4 本章小结 | 第100-102页 |
| 第四章 R.biphenylivorans TG9降解、趋化和气囊基因的表达研究 | 第102-123页 |
| 4.1 引言 | 第102-103页 |
| 4.2 材料与方法 | 第103-109页 |
| 4.2.1 实验菌株 | 第103页 |
| 4.2.2 主要仪器和试剂 | 第103-104页 |
| 4.2.3 主要培养基和培养条件 | 第104-105页 |
| 4.2.4 菌株TG9的培养 | 第105页 |
| 4.2.5 总RNA的提取 | 第105-106页 |
| 4.2.6 总RNA纯度检测 | 第106页 |
| 4.2.7 RNA反转录 | 第106-107页 |
| 4.2.8 实时荧光定量PCR | 第107-108页 |
| 4.2.9 数据统计分析 | 第108-109页 |
| 4.3 结果与分析 | 第109-122页 |
| 4.3.1 菌株TG9的总RNA提取与分离 | 第109页 |
| 4.3.2 溶解曲线与扩增曲线 | 第109-112页 |
| 4.3.3 不同碳源培养下PCBs降解基因的实时表达 | 第112-114页 |
| 4.3.4 不同碳源培养下趋化基因的实时表达 | 第114-116页 |
| 4.3.5 不同碳源培养下气囊蛋白合成基因的实时表达 | 第116-122页 |
| 4.4 本章小结 | 第122-123页 |
| 第五章 水稻土干湿条件PCBs消减及相关基因丰度研究 | 第123-135页 |
| 5.1 引言 | 第123-124页 |
| 5.2 材料与方法 | 第124-128页 |
| 5.2.1 供试土壤 | 第124页 |
| 5.2.2 主要仪器和试剂 | 第124-125页 |
| 5.2.3 试验设置 | 第125页 |
| 5.2.4 土壤PCBs的提取与测定 | 第125-126页 |
| 5.2.5 土壤总DNA的提取 | 第126-127页 |
| 5.2.6 qPCR反应 | 第127-128页 |
| 5.2.7 数据统计与分析 | 第128页 |
| 5.3 结果与分析 | 第128-134页 |
| 5.3.1 不同水分处理下PCBs的自然消减 | 第128-129页 |
| 5.3.2 脱氯菌群和联苯/PCBs降解酶基因丰度变化 | 第129-131页 |
| 5.3.3 趋化基因cheA和鞭毛基因fliC丰度变化 | 第131-133页 |
| 5.3.4 脱氯菌群、相关基因丰度及土壤理化指标相关性分析 | 第133-134页 |
| 5.4 本章小结 | 第134-135页 |
| 第六章 全文总结与展望 | 第135-138页 |
| 6.1 研究结论 | 第135-137页 |
| 6.2 主要创新点 | 第137页 |
| 6.3 研究展望 | 第137-138页 |
| 参考文献 | 第138-155页 |
| 附录 目标基因序列 | 第155-161页 |
| 作者简历 | 第161-162页 |
