| 缩略语表 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 前言 | 第14-29页 |
| 1.1 禽流感病毒概述 | 第14-17页 |
| 1.2 禽流感病毒进化动力的相关研究 | 第17-22页 |
| 1.2.1 抗原漂移与抗原转变 | 第17-19页 |
| 1.2.2 正选择压力与密码子偏性 | 第19-22页 |
| 1.3 禽流感病毒传播规律的相关研究 | 第22-25页 |
| 1.3.1 禽流感病毒的主要传播方式 | 第22页 |
| 1.3.2 甲型禽流感病毒的系统地理发生学研究 | 第22-25页 |
| 1.4 论文的主要工作和创新点 | 第25-29页 |
| 1.4.1 本文的相关研究方法与科学问题 | 第25-27页 |
| 1.4.2 论文内容的主要结构 | 第27-29页 |
| 第二章 H7N9亚型禽流感病毒在中国第五次流行的进化特征分析 | 第29-53页 |
| 2.1 研究背景 | 第29-30页 |
| 2.2 材料与方法 | 第30-34页 |
| 2.2.1 H7N9亚型禽流感病毒序列收集和多序列比对(SequenceAlignment) | 第30-31页 |
| 2.2.2 H7N9亚型禽流感病毒的系统发生学分析(Phylogeny) | 第31-32页 |
| 2.2.3 H7N9亚型禽流感病毒的密码子使用偏向对应分析(CorrespondenceAnalysis,COA) | 第32页 |
| 2.2.4 H7N9亚型禽流感病毒的种群多样性动态变化分析(Populationdynamics)与氨基酸进化速率分析(Substitutionrates) | 第32-33页 |
| 2.2.5 H7N9亚型禽流感病毒的氨基酸替换状况统计与互信息计算分析 | 第33-34页 |
| 2.3 结果分析 | 第34-50页 |
| 2.3.1 H7N9亚型禽流感病毒的基因进化特征 | 第34-35页 |
| 2.3.2 H7N9亚型禽流感病毒的密码子使用偏性变化特征 | 第35-37页 |
| 2.3.3 H7N9亚型禽流感病毒的种群动态变化情况 | 第37-39页 |
| 2.3.4 H7N9亚型禽流感病毒五次疫情之间的氨基酸进化速率比较 | 第39-41页 |
| 2.3.5 H7N9亚型禽流感病毒的氨基酸突变的动态变化特征 | 第41-46页 |
| 2.3.6 H7N9亚型禽流感病毒与其他亚型禽流感病毒的重配情况调查 | 第46-50页 |
| 2.4 讨论与结论 | 第50-53页 |
| 第三章 H9N2亚型禽流感病毒的全球传播规律研究 | 第53-77页 |
| 3.1 研究背景 | 第53-54页 |
| 3.2 材料与方法 | 第54-57页 |
| 3.2.1 H9N2亚型禽流感病毒的序列收集与多序列比对 | 第54-55页 |
| 3.2.2 H9N2亚型禽流感病毒的系统发生学分析和系统地理发生学分析 | 第55-56页 |
| 3.2.3 H9N2亚型禽流感病毒的密码子使用偏性对应分析 | 第56页 |
| 3.2.4 H9N2亚型禽流感病毒的正选择作用压力分析 | 第56-57页 |
| 3.2.5 H9N2亚型禽流感病毒的全球传播网络绘制 | 第57页 |
| 3.3 结果分析 | 第57-74页 |
| 3.3.1 H9N2亚型禽流感病毒的系统发生学进化特征 | 第57-62页 |
| 3.3.2 H9N2亚型禽流感病毒的密码子使用偏性特征 | 第62-64页 |
| 3.3.3 H9N2亚型禽流感病毒的正选择作用压力位点统计 | 第64-65页 |
| 3.3.4 全球H9N2亚型禽流感病毒的系统地理发生学重建 | 第65-74页 |
| 3.4 讨论与结论 | 第74-77页 |
| 第四章 重点亚型禽流感病毒的协同进化模式研究 | 第77-97页 |
| 4.1 研究背景 | 第77-78页 |
| 4.2 材料与方法 | 第78-80页 |
| 4.2.1 序列收集筛选与多序列比对 | 第78页 |
| 4.2.2 氨基酸突变位点的协同进化分析 | 第78-79页 |
| 4.2.3 重点亚型禽流感病毒蛋白间协同进化关联网络的构建 | 第79-80页 |
| 4.3 结果分析 | 第80-95页 |
| 4.3.1 H5N1亚型禽流感病毒的协同进化分析 | 第80-84页 |
| 4.3.2 H7N9亚型禽流感病毒的协同进化分析 | 第84-88页 |
| 4.3.4 H9N2亚型禽流感病毒的协同进化分析 | 第88-95页 |
| 4.4 讨论 | 第95-97页 |
| 第五章 全文总结与展望 | 第97-100页 |
| 参考文献 | 第100-110页 |
| 作者在学期间取得的学术成果 | 第110-112页 |
| 主要简历 | 第112-114页 |
| 致谢 | 第114页 |
