| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 引言 | 第12-15页 |
| 1.1 课题背景 | 第12-13页 |
| 1.2 研究内容 | 第13页 |
| 1.3 研究意义 | 第13-14页 |
| 1.4 本文组织结构 | 第14-15页 |
| 第二章 蛋白质-肽段对接相关技术 | 第15-26页 |
| 2.1 蛋白质结构简介 | 第15-16页 |
| 2.2 蛋白质对接简介 | 第16-18页 |
| 2.3 蛋白质-肽段对接 | 第18-19页 |
| 2.4 柔性对接现状 | 第19-23页 |
| 2.4.1 常用的处理蛋白质分子柔性的方法 | 第19-20页 |
| 2.4.2 常见的蛋白质-肽段对接方法 | 第20-22页 |
| 2.4.3 蛋白质-肽段对接过程中的两个最重要的问题 | 第22-23页 |
| 2.5 Rosetta 之相关方法 | 第23-24页 |
| 2.5.1 Rosetta 平台 | 第23页 |
| 2.5.2 Rosetta 常用 mover | 第23-24页 |
| 2.6 OpenMP 简介 | 第24-25页 |
| 2.7 本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 蛋白质-肽段全柔性对接 | 第26-34页 |
| 3.1 问题描述 | 第26页 |
| 3.2 材料与方法 | 第26-27页 |
| 3.2.1 测试集的选取 | 第26页 |
| 3.2.2 方法描述 | 第26-27页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第27-32页 |
| 3.3.1 对接界面预测的改善 | 第28-30页 |
| 3.3.2 肽段折叠的改善 | 第30-31页 |
| 3.3.3 受体柔性区域的优化 | 第31-32页 |
| 3.4 本章小结 | 第32-34页 |
| 第四章 并行化蛋白质-肽段全柔性对接 | 第34-53页 |
| 4.1 引言 | 第34页 |
| 4.2 材料与方法 | 第34-39页 |
| 4.2.1 材料 | 第34-36页 |
| 4.2.2 算法描述与实现 | 第36-39页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第39-51页 |
| 4.3.1 并行化程序的性能评估 | 第39-41页 |
| 4.3.2 多方面分析PaFlexPepdock得出的结果 | 第41-48页 |
| 4.3.3 结果讨论 | 第48-51页 |
| 4.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 第五章 总结与展望 | 第53-55页 |
| 5.1 工作总结 | 第53页 |
| 5.2 研究展望 | 第53-55页 |
| 参考文献 | 第55-61页 |
| 发表文章目录及科研项目 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |