| 摘要 | 第8-11页 |
| Abstract | 第11-15页 |
| Abbreviation | 第15-18页 |
| 前言 | 第18-19页 |
| 第一章 人参全基因组测序解析人参生物遗传背景 | 第19-39页 |
| 1 材料与方法 | 第19-21页 |
| 1.1 基因组文库构建和测序 | 第19页 |
| 1.2 基因组序列拼接 | 第19-20页 |
| 1.3 基因组重复序列检测 | 第20页 |
| 1.4 基因预测和注释 | 第20-21页 |
| 1.5 基因家族鉴定 | 第21页 |
| 2 结果与分析 | 第21-36页 |
| 2.1 人参基因组基本信息 | 第21-24页 |
| 2.2 人参基因组重复序列 | 第24-27页 |
| 2.3 人参基因组蛋白预测 | 第27-29页 |
| 2.4 人参基因家族预测 | 第29-32页 |
| 2.5 人参皂苷生物合成相关基因 | 第32-36页 |
| 2.5.1 保守的人参皂苷生物合成途径 | 第32-35页 |
| 2.5.2 人参UGTs | 第35-36页 |
| 3 讨论 | 第36-39页 |
| 第二章 人参代谢组检测揭示人参皂苷的空间分布 | 第39-54页 |
| 1 材料与方法 | 第39-43页 |
| 1.1 人参冷冻切片制作 | 第39页 |
| 1.2 DESI-MS/MS | 第39-40页 |
| 1.3 HPLC测定人参皂苷含量 | 第40-43页 |
| 1.3.1 供试品溶液制备 | 第40-41页 |
| 1.3.2 色谱条件 | 第41-42页 |
| 1.3.3 HPLC方法学考察 | 第42-43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-51页 |
| 2.1 人参根部人参皂苷的空间分布 | 第43-49页 |
| 2.2 人参根部不同组织人参皂苷定量 | 第49-51页 |
| 3 讨论 | 第51-54页 |
| 第三章 人参转录组测序揭示人参根组织层面基因表达模式 | 第54-103页 |
| 1 材料与方法 | 第54-57页 |
| 1.1 RNA提取 | 第54页 |
| 1.2 文库制备 | 第54-55页 |
| 1.3 文库测序 | 第55页 |
| 1.4 生信分析 | 第55-57页 |
| 1.4.1 数据过滤 | 第55页 |
| 1.4.2 参考基因组比对 | 第55页 |
| 1.4.3 新转录本预测 | 第55-56页 |
| 1.4.4 基因表达水平分析 | 第56页 |
| 1.4.5 差异表达分析 | 第56-57页 |
| 1.4.6 GO功能分析 | 第57页 |
| 1.4.7 Pathway功能分析 | 第57页 |
| 1.4.8 差异剪接基因检测 | 第57页 |
| 2 结果与分析 | 第57-99页 |
| 2.1 TotalRNA质检 | 第57-59页 |
| 2.2 人参转录组测序数据有参分析 | 第59-65页 |
| 2.2.1 测序数据筛选 | 第59-61页 |
| 2.2.2 表达水平分析 | 第61-63页 |
| 2.2.3 基因表达量分布 | 第63-64页 |
| 2.2.4 样品相关性 | 第64-65页 |
| 2.3 人参根组织层面转录组差异比较 | 第65-77页 |
| 2.3.1 差异表达基因统计 | 第65-69页 |
| 2.3.2 差异表达基因GO及KEGG分析 | 第69-77页 |
| 2.4 差异剪接基因 | 第77-86页 |
| 2.4.1 差异剪接基因检测 | 第77-79页 |
| 2.4.2 差异可变剪接基因的鉴定 | 第79-86页 |
| 2.5 人参皂苷合成相关基因表达模式 | 第86-99页 |
| 3 讨论 | 第99-103页 |
| 第四章 人参蛋白质组检测揭示人参根组织层面蛋白表达模式 | 第103-140页 |
| 1 材料与方法 | 第103-109页 |
| 1.1 全蛋白提取 | 第105页 |
| 1.2 Bradford法蛋白定量 | 第105-107页 |
| 1.2.1 试剂 | 第105页 |
| 1.2.2 标准曲线制作 | 第105-106页 |
| 1.2.3 样品测定 | 第106-107页 |
| 1.3 蛋白还原烷基化及Trypsin酶解 | 第107页 |
| 1.4 毛细管高效液相色谱条件 | 第107页 |
| 1.5 质谱鉴定 | 第107-108页 |
| 1.6 质谱分析 | 第108-109页 |
| 2 结果与分析 | 第109-137页 |
| 2.1 人参蛋白质组数据分析 | 第109-114页 |
| 2.1.1 总蛋白浓度 | 第109-110页 |
| 2.1.2 Lable-free数据质控 | 第110-111页 |
| 2.1.3 样品相关性分析 | 第111页 |
| 2.1.4 蛋白鉴定结果 | 第111-113页 |
| 2.1.5 蛋白组功能分析 | 第113-114页 |
| 2.2 人参根组织层面蛋白组差异 | 第114-128页 |
| 2.2.1 周皮与皮部差异蛋白功能分析 | 第116-120页 |
| 2.2.2 周皮与中柱差异蛋白功能分析 | 第120-124页 |
| 2.2.3 皮部与中柱差异蛋白功能分析 | 第124-128页 |
| 2.3 抗性相关蛋白表达模式 | 第128-133页 |
| 2.4 人参皂苷合成相关基因蛋白表达模式 | 第133-137页 |
| 3 讨论 | 第137-140页 |
| 第五章 转录组学与蛋白质组学联合分析 | 第140-182页 |
| 1 方法 | 第140-141页 |
| 1.1 转录组与蛋白质组关联—数量关系 | 第140页 |
| 1.2 转录组与蛋白质组关联—表达相关性 | 第140-141页 |
| 2 结果与分析 | 第141-177页 |
| 2.1 转录组与蛋白质组关联 | 第141-143页 |
| 2.1.1 数量关系 | 第141-142页 |
| 2.1.2 表达相关性 | 第142-143页 |
| 2.2 周皮与皮部转录组与蛋白质组关联 | 第143-153页 |
| 2.3 周皮与中柱转录组与蛋白质组关联 | 第153-165页 |
| 2.4 皮部与中柱转录组与蛋白质组关联 | 第165-172页 |
| 2.5 人参皂苷合成相关基因两组学水平关联 | 第172-177页 |
| 3 讨论 | 第177-182页 |
| 文献综述 | 第182-194页 |
| 1 本草基因组学 | 第182-183页 |
| 2 人参本草基因组学研究进展 | 第183-192页 |
| 2.1 人参功能基因组学研究 | 第183-184页 |
| 2.2 人参转录组学研究 | 第184-185页 |
| 2.3 人参蛋白质组学研究 | 第185-187页 |
| 2.4 人参代谢组学研究 | 第187-190页 |
| 2.4.1 人参鉴别和质量控制的代谢组学研究 | 第187-188页 |
| 2.4.2 人参皂苷合成的代谢组学研究 | 第188-189页 |
| 2.4.3 人参皂苷组织层面空间分布研究 | 第189-190页 |
| 2.5 人参表观基因组学研究 | 第190-192页 |
| 3 人参研究的关键问题 | 第192-193页 |
| 结语与创新 | 第193-194页 |
| 参考文献 | 第194-219页 |
| 已发表和待发表论文 | 第219-220页 |
| 出版的主要著作 | 第220-221页 |
| 致谢 | 第221-224页 |