| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第15-18页 |
| 第二章 碳氢活化反应性与选择性研究 | 第18-33页 |
| 2.1 引言 | 第18-19页 |
| 2.2 计算方法 | 第19-20页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第20-32页 |
| 2.3.1 反应性vs自由基稳定性(或反应能) | 第24-27页 |
| 2.3.2 极化效应 | 第27-28页 |
| 2.3.3 形变能/相互作用能分析 | 第28-32页 |
| 2.4 结论 | 第32-33页 |
| 第三章 多尺度模拟研究水加速的Diels-Alder反应 | 第33-39页 |
| 3.1 引言 | 第33-34页 |
| 3.2 计算方法(SPTSS) | 第34-35页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第35-38页 |
| 3.3.1 过渡态键长分布 | 第35-36页 |
| 3.3.2 氢键动力学效应 | 第36-38页 |
| 3.4 结论 | 第38-39页 |
| 第四章 蛋白-配体结合自由能计算 | 第39-67页 |
| 4.1 自由能计算方法简介 | 第39-45页 |
| 4.1.1 终点类方法 | 第39-41页 |
| 4.1.2 路径类方法 | 第41-45页 |
| 4.2 分子动力学模拟方法研究链酶亲和素-生物素系统中协同效应的来源 | 第45-56页 |
| 4.2.1 引言 | 第45-47页 |
| 4.2.2 计算方法 | 第47-48页 |
| 4.2.3 结果与讨论 | 第48-55页 |
| 4.2.4 结论 | 第55-56页 |
| 4.3 结合口袋中具有重要结晶水的药物重设计 | 第56-67页 |
| 4.3.1 引言 | 第56-58页 |
| 4.3.2 方法 | 第58-61页 |
| 4.3.3 结果与讨论 | 第61-66页 |
| 4.3.4 结论 | 第66-67页 |
| 第五章 总结与展望 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-77页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第77-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |