| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-37页 |
| 1.1 前言 | 第14-15页 |
| 1.2 标记-QTL连锁分析 | 第15-24页 |
| 1.2.1 遗传标记和遗传图谱 | 第15-16页 |
| 1.2.2 资源群体 | 第16-18页 |
| 1.2.3 QTL-标记连锁分析的统计方法 | 第18-23页 |
| 1.2.4 家养动物数量性状连锁分析的主要成果 | 第23-24页 |
| 1.3 全基因组关联研究 | 第24-34页 |
| 1.3.1 全基因组关联研究的历史背景 | 第24-25页 |
| 1.3.2 全基因组关联研究方法的发展 | 第25-29页 |
| 1.3.3 全基因组关联分析的样本量估计 | 第29-30页 |
| 1.3.4 全基因组关联分析与失踪遗传力 | 第30-32页 |
| 1.3.5 奶牛全基因组关联分析研究进展 | 第32-34页 |
| 1.4 QTN分析的挑战 | 第34-35页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第35-37页 |
| 第二章 样本群体混杂因素的分析 | 第37-49页 |
| 2.1 材料与方法 | 第37-39页 |
| 2.1.1 资源群体 | 第37-38页 |
| 2.1.2 基因组通胀的检测 | 第38-39页 |
| 2.1.3 关联分析的统计推断 | 第39页 |
| 2.2 结果与分析 | 第39-46页 |
| 2.2.1 表型信息的总结 | 第39-40页 |
| 2.2.2 SNP芯片的基因分型结果 | 第40-42页 |
| 2.2.3 群体混杂因素的调查 | 第42-46页 |
| 2.3 讨论 | 第46-47页 |
| 2.3.1 样本规模对数量性状GWAS分析的影响 | 第46-47页 |
| 2.3.2 样本群体混杂因素的分析 | 第47页 |
| 2.4 小结 | 第47-49页 |
| 第三章 线性混合模型的全基因组关联分析 | 第49-62页 |
| 3.1 材料与方法 | 第49-50页 |
| 3.1.1 样本群体 | 第49页 |
| 3.1.2 关联分析的统计模型 | 第49-50页 |
| 3.2 结果与分析 | 第50-56页 |
| 3.2.1 线性混合模型关联结果的通胀程度 | 第50-51页 |
| 3.2.2 线性混合模型的关联分析结果 | 第51-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-61页 |
| 3.3.1 数量性状GWAS分析的线性混合模型方法 | 第56-57页 |
| 3.3.2 估计育种值作为响应变量的优势 | 第57-58页 |
| 3.3.3 关联结果与报道结果的比较 | 第58-60页 |
| 3.3.4 泌乳性状的微效多基因遗传机制 | 第60-61页 |
| 3.4 小结 | 第61-62页 |
| 第四章 条件全基因组关联分析 | 第62-69页 |
| 4.1 材料与方法 | 第62-63页 |
| 4.1.1 样本群体 | 第62页 |
| 4.1.2 条件关联分析的统计模型 | 第62-63页 |
| 4.2 结果与分析 | 第63-66页 |
| 4.2.1 最显著SNP作为协变量的关联分析结果 | 第63-65页 |
| 4.2.2 体高育种值作为协变量的关联分析结果 | 第65-66页 |
| 4.3 讨论 | 第66-68页 |
| 4.3.1 最显著SNP作为协变量的条件关联分析 | 第66-67页 |
| 4.3.2 体高育种值作为协变量的条件关联分析 | 第67-68页 |
| 4.4 小结 | 第68-69页 |
| 第五章 泌乳性状和体高遗传方差的染色体剖分 | 第69-76页 |
| 5.1 材料与方法 | 第69-70页 |
| 5.1.1 样本数据 | 第69页 |
| 5.1.2 遗传方差估计的统计模型 | 第69-70页 |
| 5.1.3 染色体长度与遗传方差的相关性分析 | 第70页 |
| 5.2 结果与分析 | 第70-73页 |
| 5.2.1 常染色体上SNPs共同解释的表型方差 | 第70页 |
| 5.2.2 每条常染色体上SNPs解释的表型方差 | 第70-72页 |
| 5.2.3 常染色体解释表型方差的线性回归分析 | 第72-73页 |
| 5.3 讨论 | 第73-75页 |
| 5.3.1 泌乳性状和体高的微效多基因遗传模式 | 第73-74页 |
| 5.3.2 染色体遗传方差与QTL定位结果比较 | 第74-75页 |
| 5.4 小结 | 第75-76页 |
| 第六章 关联结果的生物信息学功能注释 | 第76-82页 |
| 6.1 材料与方法 | 第76-77页 |
| 6.1.1 功能注释的关联区域 | 第76页 |
| 6.1.2 注释工具与原理 | 第76-77页 |
| 6.2 结果与分析 | 第77-78页 |
| 6.2.1 与泌乳速度关联的主要区域的注释 | 第77页 |
| 6.2.2 与棱角性关联的主要区域的注释 | 第77页 |
| 6.2.3 与体细胞评分关联的主要区域的注释 | 第77页 |
| 6.2.4 与体高等关联的主要区域的注释 | 第77-78页 |
| 6.3 讨论 | 第78-81页 |
| 6.3.1 主要关联区域注释结果的讨论 | 第78-80页 |
| 6.3.2 生长激素-胰岛素样生长因子-I轴基因 | 第80-81页 |
| 6.4 小结 | 第81-82页 |
| 第七章 结论 | 第82-84页 |
| 7.1 主要结论 | 第82页 |
| 7.2 本研究的创新点 | 第82-83页 |
| 7.3 进一步研究内容 | 第83页 |
| 7.4 展望 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-95页 |
| 附录 | 第95-103页 |
| 致谢 | 第103-105页 |
| 个人简介 | 第105页 |