| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-20页 |
| 1.1 基因组时代的计算生物学分析 | 第9-13页 |
| 1.1.1 计算生物学的基本概念 | 第9页 |
| 1.1.2 比较基因组分析 | 第9-10页 |
| 1.1.3 分子系统发育分析 | 第10-11页 |
| 1.1.4 自然选择的检测 | 第11-13页 |
| 1.2 WRKY 转录因子家族的结构与功能 | 第13-17页 |
| 1.2.1 WRKY 家族的结构特点及其表达模式 | 第13-15页 |
| 1.2.2 WRKY 的生物功能和在进化中的作用 | 第15-17页 |
| 1.3 本文研究内容 | 第17-20页 |
| 第二章 WRKY 基因家族进化树的构建 | 第20-30页 |
| 2.1 实验序列 | 第20-23页 |
| 2.1.1 序列来源 | 第20-21页 |
| 2.1.2 序列筛选 | 第21-23页 |
| 2.2 序列比对 | 第23-27页 |
| 2.2.1 氨基酸序列比对 | 第23-26页 |
| 2.2.2 核苷酸序列比对 | 第26-27页 |
| 2.3 进化树构建 | 第27-28页 |
| 2.4 本章小节 | 第28-30页 |
| 第三章 WRKY 基因家族的进化选择压力 | 第30-37页 |
| 3.1 基于系统进化树的检测方法 | 第30-32页 |
| 3.1.1 不同枝上自然选择的检验 | 第30页 |
| 3.1.2 不同位点上自然选择的检验 | 第30-31页 |
| 3.1.3 不同枝及不同位点上自然选择的检验 | 第31-32页 |
| 3.2 WRKY 家族进化选择压力检验 | 第32-36页 |
| 3.2.1 支模型检验 | 第33-34页 |
| 3.2.2 位点模型检验 | 第34页 |
| 3.2.3 支位点模型检验 | 第34-36页 |
| 3.3 本章小节 | 第36-37页 |
| 第四章 WRKY 基因家族的功能分化和 DNA 结合特异性 | 第37-45页 |
| 4.1 功能分化与决定功能分化的氨基酸位点的分析 | 第37-42页 |
| 4.2 DNA 结合特异性的分析 | 第42-44页 |
| 4.3 本章小节 | 第44-45页 |
| 第五章 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-50页 |
| 谢辞 | 第50页 |