| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 缩略词表 | 第13-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-34页 |
| 1 课题的提出 | 第15-16页 |
| 2 柑橘无核研究进展 | 第16-18页 |
| 2.1 柑橘无核发生原因 | 第16-17页 |
| 2.2 无核柑橘选育 | 第17-18页 |
| 3 雄性不育机理 | 第18-25页 |
| 3.1 花药发育过程 | 第18-19页 |
| 3.2 核雄性不育基因研究进展 | 第19-20页 |
| 3.3 核质互作雄性不育分子机理 | 第20-25页 |
| 3.3.1 线粒体雄性不育基因研究进展 | 第21-22页 |
| 3.3.2 恢复基因研究进展 | 第22页 |
| 3.3.3 线粒体反向调控 | 第22-25页 |
| 4 植物小分子RNAs | 第25-30页 |
| 4.1 小RNA分类 | 第25页 |
| 4.2 植物miRNAs研究进展 | 第25-28页 |
| 4.2.1 miRNA生物合成 | 第26-27页 |
| 4.2.2 miRNA的生物学功能 | 第27-28页 |
| 4.3 植物PhasiRNA的研究进展 | 第28-30页 |
| 4.3.1 PhasiRNA的产生 | 第28-29页 |
| 4.3.2 PhasiRNA的功能 | 第29-30页 |
| 5 植物miRNA与雄性不育 | 第30-32页 |
| 6 本研究的目的和内容 | 第32-34页 |
| 第二章 小RNA及降解组测序鉴定椪柑与柚花发育过程中的miRNA及其靶基因 | 第34-51页 |
| 1 引言 | 第34-35页 |
| 2 材料方法 | 第35-39页 |
| 2.1 材料 | 第35-36页 |
| 2.2 方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第36页 |
| 2.2.2 small RNA测序及分析流程 | 第36-37页 |
| 2.2.3 降解组测序及数据分析流程 | 第37-38页 |
| 2.2.4 RLM-5’RACE | 第38-39页 |
| 3 结果 | 第39-49页 |
| 3.1 椪柑及柚小RNA文库测序数据的整体分析 | 第39-41页 |
| 3.2 椪柑及柚known miRNAs和novel miRNAs鉴定 | 第41-42页 |
| 3.3 椪柑及柚miRNAs表达特征 | 第42-45页 |
| 3.3.1‘鄂柑一号’椪柑（EG）和 ‘黔阳无核’椪柑（QS）中mi RNAs表达特征 | 第42-43页 |
| 3.3.2 HB柚与胞质杂种中miRNA的表达特征 | 第43-45页 |
| 3.4 利用降解组测序鉴定椪柑及柚miRNAs的靶基因 | 第45-49页 |
| 3.4.1 椪柑降解组数据分析 | 第45页 |
| 3.4.2 柚降解组测序数据分析 | 第45-46页 |
| 3.4.3 椪柑miRNAs靶基因鉴定 | 第46-47页 |
| 3.4.4 柚miRNAs靶基因的鉴定 | 第47-49页 |
| 4 讨论 | 第49-51页 |
| 第三章 柑橘雄性不育相关miRNAs挖掘鉴定与功能分析 | 第51-79页 |
| 1 引言 | 第51-52页 |
| 2 材料方法 | 第52-60页 |
| 2.1 材料 | 第52页 |
| 2.2 方法 | 第52-60页 |
| 2.2.1 miRNA反转录及定量PCR | 第52-54页 |
| 2.2.2 靶基因反转录定量PCR | 第54-56页 |
| 2.2.3 miRNA的Northern杂交 | 第56页 |
| 2.2.4 酵母单杂交 | 第56-57页 |
| 2.2.5 双荧光素酶系统烟草瞬时转化 | 第57-58页 |
| 2.2.6 激素含量测定 | 第58页 |
| 2.2.7 花序浸泡法农杆菌转化拟南芥 | 第58-59页 |
| 2.2.8 miR167a启动子GUS活性分析 | 第59页 |
| 2.2.9 miRNA靶基因mimic超表达载体构建 | 第59-60页 |
| 3 结果 | 第60-76页 |
| 3.1 椪柑与柚中miRNAs及其靶基因差异表达验证 | 第60-65页 |
| 3.1.1 定量PCR技术检测椪柑与柚中miRNAs及其靶基因的表达 | 第60-63页 |
| 3.1.2 miRNA定量结果与测序数据一致性 | 第63-64页 |
| 3.1.3 miRNAs的northern杂交分析 | 第64-65页 |
| 3.2 差异表达miRNAs靶基因GO富集分析 | 第65-66页 |
| 3.3 HB柚与‘华柚2号’花器官中激素测定 | 第66-67页 |
| 3.4 寻找miR167a上游调控因子 | 第67-73页 |
| 3.4.1 酵母单杂文库的构建 | 第67-68页 |
| 3.4.2 miR167a启动子序列分析及诱饵载体构建 | 第68-69页 |
| 3.4.3 miR167a启动子GUS活性分析 | 第69-70页 |
| 3.4.4 miR167a启动子诱饵载体自激活验证 | 第70-71页 |
| 3.4.5 酵母单杂交文库筛选及点对点验证 | 第71-72页 |
| 3.4.6 烟草双荧光素酶系统检测miR167a启动子转录活性 | 第72-73页 |
| 3.4.7 DREB转录因子亚细胞定位分析 | 第73页 |
| 3.5 miR167a.1 超量表达转化拟南芥 | 第73-74页 |
| 3.6 山金柑转基因验证几个miRNAs功能 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-79页 |
| 4.1 miRNAs-靶基因的调控网络可能参与柑橘雄性不育发生过程 | 第76页 |
| 4.2 参与柑橘雄性不育发生过程的候选miRNAs | 第76-79页 |
| 第四章 HB柚与‘华柚2号’phasi RNAs挖掘及功能分析 | 第79-92页 |
| 1 引言 | 第79-80页 |
| 2 材料与方法 | 第80-81页 |
| 2.1 材料 | 第80页 |
| 2.2 方法 | 第80-81页 |
| 2.2.1 PHAS位点及phasi RNA的鉴定 | 第80-81页 |
| 2.2.2 寻找能触发产生phasi RNA的mi RNA和phasi RNA | 第81页 |
| 2.2.3 鉴定phasi RNA的靶基因 | 第81页 |
| 3 结果 | 第81-91页 |
| 3.1 HB柚与‘华柚2号’花发育时期中PHAS位点及phasi RNAs挖掘 | 第81-82页 |
| 3.2 PHAS位点染色体定位 | 第82-83页 |
| 3.3 HB柚及胞质杂种中phasi RNAs表达分析 | 第83-84页 |
| 3.4 PHAS基因注释 | 第84-85页 |
| 3.5 寻找触发PHAS位点产生的miRNA | 第85-86页 |
| 3.6 miRNA触发产生的phasi RNAs信息 | 第86-87页 |
| 3.7 寻找能触发PHAS位点产生phasi RNA的phasi RNAs | 第87-89页 |
| 3.8 Phasi RNA的靶基因鉴定 | 第89页 |
| 3.9 miRNAs/phasi RNAs-PHAS -phasi RNA-靶基因的调控网络 | 第89-91页 |
| 4 讨论 | 第91-92页 |
| 第五章 结论与展望 | 第92-94页 |
| 参考文献 | 第94-114页 |
| 附录I 实验操作方法 | 第114-117页 |
| 附录I 方法1 RNA提取（中量法） | 第114页 |
| 附录I 方法2 酵母感受态制备与转化 | 第114-116页 |
| 附录I 方法3 农杆菌介导山金柑遗传转化 | 第116-117页 |
| 附录II miRNA与靶基因信息 | 第117-145页 |
| 附录III 作者简介及博士学习期间发表论文 | 第145-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
