摘要 | 第4-5页 |
Abstract | 第5-6页 |
第一章 文献综述 | 第11-24页 |
1.1 微生物代谢组学简介 | 第11-14页 |
1.1.1 代谢组学 | 第11页 |
1.1.2 微生物代谢组学 | 第11-12页 |
1.1.3 微生物的代谢物 | 第12-13页 |
1.1.4 微生物代谢网络数据库 | 第13页 |
1.1.5 代谢通量分析 | 第13-14页 |
1.2 微生物代谢组学方法研究 | 第14-18页 |
1.2.1 微生物代谢分析流程 | 第14-15页 |
1.2.2 微生物样品的培养与保藏 | 第15页 |
1.2.3 微生物样品的预处理 | 第15-16页 |
1.2.4 微生物代谢组学研究中的分析与检测技术 | 第16页 |
1.2.5 微生物代谢组学的数据处理 | 第16-18页 |
1.2.5.1 数据预处理 | 第16-17页 |
1.2.5.2 模式识别 | 第17-18页 |
1.3 代谢组学在微生物研究中的应用 | 第18-22页 |
1.3.1 在工业微生物学中的应用 | 第18-20页 |
1.3.2 在医学微生物学中的应用 | 第20-21页 |
1.3.3 在环境微生物学中的应用 | 第21-22页 |
1.4 微生物代谢组学展望 | 第22-23页 |
1.5 本论文研究的意义和内容 | 第23-24页 |
第二章 甘氨酸氮源对Escherichia coli代谢网络的影响研究 | 第24-32页 |
2.1 前言 | 第24页 |
2.2 实验材料 | 第24-26页 |
2.2.1 仪器和试剂 | 第24-25页 |
2.2.2 试验菌株 | 第25页 |
2.2.3 培养基及培养条件 | 第25-26页 |
2.2.3.1 培养基 | 第25页 |
2.2.3.2 培养条件 | 第25-26页 |
2.3 实验方法 | 第26-27页 |
2.3.1 细胞干重的测定 | 第26页 |
2.3.2 样品淬灭和提取 | 第26页 |
2.3.3 衍生方法 | 第26页 |
2.3.4 GC-MS分析方法 | 第26页 |
2.3.5 数据处理 | 第26-27页 |
2.3.6 代谢物的定性 | 第27页 |
2.4 结果与讨论 | 第27-31页 |
2.4.1 两株菌生长状态的比较 | 第27-28页 |
2.4.2 两株菌代谢差异分析 | 第28页 |
2.4.3 潜在标记物的选择 | 第28-31页 |
2.5 本章小结 | 第31-32页 |
第三章 色谱-质谱联用分析微生物代谢网络方法研究 | 第32-47页 |
前言 | 第32-33页 |
第一节 GC-MS联用研究代谢物淬灭提取方法 | 第33-42页 |
3.1.1 前言 | 第33页 |
3.1.2 实验材料 | 第33-34页 |
3.1.2.1 仪器和试剂 | 第33-34页 |
3.1.2.2 试验菌株 | 第34页 |
3.1.2.3 培养基及培养条件 | 第34页 |
3.1.3 实验方法 | 第34-35页 |
3.1.3.1 样品淬灭和提取方法 | 第34-35页 |
3.1.3.2 衍生方法 | 第35页 |
3.1.3.3 GC-MS分析方法 | 第35页 |
3.1.3.4 标准溶液配制 | 第35页 |
3.1.3.5 数据处理 | 第35页 |
3.1.4 结果和讨论 | 第35-42页 |
3.1.4.1 GC-MS指纹图谱的比较 | 第35-37页 |
3.1.4.2 选择性代谢物的分离分析比较 | 第37-38页 |
3.1.4.3 方法验证 | 第38-39页 |
3.1.4.4 表型区分 | 第39页 |
3.1.4.5 GC-MS胞内代谢物的定性分析 | 第39-41页 |
3.1.4.6 小结 | 第41-42页 |
第二节 LC-MS在微生物代谢分析中的应用 | 第42-47页 |
3.2.1 前言 | 第42页 |
3.2.2 实验材料 | 第42-43页 |
3.2.2.1 仪器和试剂 | 第42-43页 |
3.2.2.2 菌株和培养条件 | 第43页 |
3.2.3 实验方法 | 第43页 |
3.2.3.1 样品制备 | 第43页 |
3.2.3.2 LC/MS-IT-TOF分析条件 | 第43页 |
3.2.4 结果与讨论 | 第43-46页 |
3.2.4.1 LC-MS分析得到的图谱 | 第43-44页 |
3.2.4.2 表型区分 | 第44-45页 |
3.2.4.3 VIP代谢物的分析 | 第45-46页 |
3.2.5 本章小结 | 第46-47页 |
第四章 代谢与基因分析结合研究遗传背景改变对E.coli的影响 | 第47-54页 |
4.1 前言 | 第47页 |
4.2 实验材料 | 第47-49页 |
4.2.1 仪器和试剂 | 第47-48页 |
4.2.2 实验菌株 | 第48页 |
4.2.3 培养基 | 第48-49页 |
4.3 实验方法 | 第49-50页 |
4.3.1 菌株培养 | 第49页 |
4.3.2 GC-MS分析与数据处理 | 第49页 |
4.3.3 实验菌株的基因分析 | 第49页 |
4.3.4 实验菌株子网络活化基因的鉴定 | 第49-50页 |
4.3.5 实验菌株的鞭毛泳动实验 | 第50页 |
4.4 结果与讨论 | 第50-53页 |
4.4.1 GC-MS分析实验菌株代谢结果 | 第50页 |
4.4.2 E.coli管家基因表达模式 | 第50-51页 |
4.4.3 与实验菌株鞭毛基因相关的亚网络 | 第51-52页 |
4.4.4 实验菌株鞭毛泳动实验结果 | 第52-53页 |
4.5 本章小结 | 第53-54页 |
第五章 酿酒酵母糖酵解代谢途径的动态模拟 | 第54-62页 |
5.1 前言 | 第54页 |
5.2 材料与方法 | 第54-56页 |
5.2.1 模拟流程 | 第54-55页 |
5.2.2 菌株和培养条件 | 第55页 |
5.2.3 模型和软件 | 第55-56页 |
5.3 结果与讨论 | 第56-60页 |
5.3.1 参数估计结果 | 第56-59页 |
5.3.2 代谢控制分析(MCA)结果 | 第59-60页 |
5.3.3 糖酵解代谢途径的能荷模拟结果 | 第60页 |
5.4 本章小结 | 第60-62页 |
结论 | 第62-63页 |
参考文献 | 第63-70页 |
致谢 | 第70页 |