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色谱—质谱联用分析微生物代谢网络

摘要第4-5页
Abstract第5-6页
第一章 文献综述第11-24页
    1.1 微生物代谢组学简介第11-14页
        1.1.1 代谢组学第11页
        1.1.2 微生物代谢组学第11-12页
        1.1.3 微生物的代谢物第12-13页
        1.1.4 微生物代谢网络数据库第13页
        1.1.5 代谢通量分析第13-14页
    1.2 微生物代谢组学方法研究第14-18页
        1.2.1 微生物代谢分析流程第14-15页
        1.2.2 微生物样品的培养与保藏第15页
        1.2.3 微生物样品的预处理第15-16页
        1.2.4 微生物代谢组学研究中的分析与检测技术第16页
        1.2.5 微生物代谢组学的数据处理第16-18页
            1.2.5.1 数据预处理第16-17页
            1.2.5.2 模式识别第17-18页
    1.3 代谢组学在微生物研究中的应用第18-22页
        1.3.1 在工业微生物学中的应用第18-20页
        1.3.2 在医学微生物学中的应用第20-21页
        1.3.3 在环境微生物学中的应用第21-22页
    1.4 微生物代谢组学展望第22-23页
    1.5 本论文研究的意义和内容第23-24页
第二章 甘氨酸氮源对Escherichia coli代谢网络的影响研究第24-32页
    2.1 前言第24页
    2.2 实验材料第24-26页
        2.2.1 仪器和试剂第24-25页
        2.2.2 试验菌株第25页
        2.2.3 培养基及培养条件第25-26页
            2.2.3.1 培养基第25页
            2.2.3.2 培养条件第25-26页
    2.3 实验方法第26-27页
        2.3.1 细胞干重的测定第26页
        2.3.2 样品淬灭和提取第26页
        2.3.3 衍生方法第26页
        2.3.4 GC-MS分析方法第26页
        2.3.5 数据处理第26-27页
        2.3.6 代谢物的定性第27页
    2.4 结果与讨论第27-31页
        2.4.1 两株菌生长状态的比较第27-28页
        2.4.2 两株菌代谢差异分析第28页
        2.4.3 潜在标记物的选择第28-31页
    2.5 本章小结第31-32页
第三章 色谱-质谱联用分析微生物代谢网络方法研究第32-47页
    前言第32-33页
    第一节 GC-MS联用研究代谢物淬灭提取方法第33-42页
        3.1.1 前言第33页
        3.1.2 实验材料第33-34页
            3.1.2.1 仪器和试剂第33-34页
            3.1.2.2 试验菌株第34页
            3.1.2.3 培养基及培养条件第34页
        3.1.3 实验方法第34-35页
            3.1.3.1 样品淬灭和提取方法第34-35页
            3.1.3.2 衍生方法第35页
            3.1.3.3 GC-MS分析方法第35页
            3.1.3.4 标准溶液配制第35页
            3.1.3.5 数据处理第35页
        3.1.4 结果和讨论第35-42页
            3.1.4.1 GC-MS指纹图谱的比较第35-37页
            3.1.4.2 选择性代谢物的分离分析比较第37-38页
            3.1.4.3 方法验证第38-39页
            3.1.4.4 表型区分第39页
            3.1.4.5 GC-MS胞内代谢物的定性分析第39-41页
            3.1.4.6 小结第41-42页
    第二节 LC-MS在微生物代谢分析中的应用第42-47页
        3.2.1 前言第42页
        3.2.2 实验材料第42-43页
            3.2.2.1 仪器和试剂第42-43页
            3.2.2.2 菌株和培养条件第43页
        3.2.3 实验方法第43页
            3.2.3.1 样品制备第43页
            3.2.3.2 LC/MS-IT-TOF分析条件第43页
        3.2.4 结果与讨论第43-46页
            3.2.4.1 LC-MS分析得到的图谱第43-44页
            3.2.4.2 表型区分第44-45页
            3.2.4.3 VIP代谢物的分析第45-46页
        3.2.5 本章小结第46-47页
第四章 代谢与基因分析结合研究遗传背景改变对E.coli的影响第47-54页
    4.1 前言第47页
    4.2 实验材料第47-49页
        4.2.1 仪器和试剂第47-48页
        4.2.2 实验菌株第48页
        4.2.3 培养基第48-49页
    4.3 实验方法第49-50页
        4.3.1 菌株培养第49页
        4.3.2 GC-MS分析与数据处理第49页
        4.3.3 实验菌株的基因分析第49页
        4.3.4 实验菌株子网络活化基因的鉴定第49-50页
        4.3.5 实验菌株的鞭毛泳动实验第50页
    4.4 结果与讨论第50-53页
        4.4.1 GC-MS分析实验菌株代谢结果第50页
        4.4.2 E.coli管家基因表达模式第50-51页
        4.4.3 与实验菌株鞭毛基因相关的亚网络第51-52页
        4.4.4 实验菌株鞭毛泳动实验结果第52-53页
    4.5 本章小结第53-54页
第五章 酿酒酵母糖酵解代谢途径的动态模拟第54-62页
    5.1 前言第54页
    5.2 材料与方法第54-56页
        5.2.1 模拟流程第54-55页
        5.2.2 菌株和培养条件第55页
        5.2.3 模型和软件第55-56页
    5.3 结果与讨论第56-60页
        5.3.1 参数估计结果第56-59页
        5.3.2 代谢控制分析(MCA)结果第59-60页
        5.3.3 糖酵解代谢途径的能荷模拟结果第60页
    5.4 本章小结第60-62页
结论第62-63页
参考文献第63-70页
致谢第70页

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