| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第1章 绪论 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景 | 第11页 |
| 1.2 研究现状 | 第11-15页 |
| 1.2.1 基因组的结构和功能 | 第11-13页 |
| 1.2.2 色氨酸代谢调控相关的基因的位置、序列和功能 | 第13-15页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第15-17页 |
| 第2章 trpR、trpE与aroH的位置特征及其相关性 | 第17-37页 |
| 2.1 目的 | 第17页 |
| 2.2 数据收集 | 第17-18页 |
| 2.2.1 trpg、trpE与aroH同源基因 | 第17页 |
| 2.2.2 trpR、trpE与aroH在基因组上的位置,序列提取 | 第17页 |
| 2.2.3 物种的名称、种属分类、基因组的长度和复制起始位点 | 第17-18页 |
| 2.3 数据背景和计算方法 | 第18-22页 |
| 2.3.1 基因的位置,基因间的几何距离 | 第18-20页 |
| 2.3.2 trpR,trpE,aroH基因树构建 | 第20-21页 |
| 2.3.3 物种树的构建 | 第21-22页 |
| 2.3.4 生物信息学软件 | 第22页 |
| 2.4 试验结果和分析 | 第22-34页 |
| 2.4.1 含trpR和trpE、trpR和aroH的物种的分布 | 第22-24页 |
| 2.4.2 基因和基因之间的位置特征 | 第24-28页 |
| 2.4.3 基因序列的保守性和D-trpR-aroH,D-trpR-trpE的相关关系 | 第28-34页 |
| 2.5 讨论 | 第34-36页 |
| 2.5.1 基因的相对位置的保守性与序列保守性关系 | 第34页 |
| 2.5.2 基因的位置、相对位置和序列在巴斯德科中的物种不保守的原因 | 第34-36页 |
| 2.6 本章小结 | 第36-37页 |
| 第3章 trpR在大肠杆菌MG1655 trpR启动子研究和荧光基因的插入 | 第37-59页 |
| 3.1 试验目的 | 第37页 |
| 3.2 材料与仪器 | 第37-39页 |
| 3.2.1 菌株、质粒 | 第37-38页 |
| 3.2.2 培养基和溶液 | 第38页 |
| 3.2.3 酶、抗生素、化学试剂、基因合成和测序 | 第38页 |
| 3.2.4 主要仪器 | 第38-39页 |
| 3.3 试验方法 | 第39-46页 |
| 3.3.1 普通PCR和融合PCR(overlapping PCR) | 第39-43页 |
| 3.3.2 切胶回收 | 第43页 |
| 3.3.3 质粒DNA的小量提取 | 第43-44页 |
| 3.3.4 E.coli MG1655电转感受态细胞的制备及转化 | 第44页 |
| 3.3.5 目的基因的电击转化 | 第44页 |
| 3.3.6 抗性基因的消除 | 第44页 |
| 3.3.7 基因敲除 | 第44-45页 |
| 3.3.8 细菌生长曲线 | 第45页 |
| 3.3.9 传代培养 | 第45页 |
| 3.3.10 工程菌的构建流程 | 第45-46页 |
| 3.3.11 荧光显微镜观察 | 第46页 |
| 3.4 试验结果与分析 | 第46-57页 |
| 3.4.1 传代培养及其测序结果 | 第46-47页 |
| 3.4.2 获得Ptrp-trpR、trpR、Ptet、yfp、cfp、cat、trpA和aroH目的片段 | 第47-49页 |
| 3.4.3 获得Ptet-trpR、Ptet-trpR-cat、Ptet-trpR-tetR-cat、Ptrp-trpR-cat、trpA-yfp和trpA-yfp-cat融合片段 | 第49-52页 |
| 3.4.4 阳性克隆验证 | 第52-55页 |
| 3.4.5 敲除后细菌生长的情况 | 第55页 |
| 3.4.6 细菌中黄色荧光蛋白观察 | 第55-57页 |
| 3.5 讨论 | 第57-58页 |
| 3.6 本章小结 | 第58-59页 |
| 第4章 结论、讨论和展望 | 第59-61页 |
| 4.1 结论 | 第59-60页 |
| 4.2 讨论和展望 | 第60-61页 |
| 参考文献 | 第61-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 附录 | 第68-70页 |
| 补充材料 | 第70-71页 |
