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两个芸薹属二倍体物种及其异源四倍体转座元件的鉴定、比较和进化分析

摘要第4-8页
Abstract第8-9页
英文缩略表第13-15页
第一章 绪论第15-33页
    1.1 芸薹属的分子进化与系统发育第15-21页
        1.1.1 芸薹属多倍体进化第15-17页
        1.1.2 染色体大小和数目变异第17-18页
        1.1.3 基因组共线性第18页
        1.1.4 十字花科祖先核型第18-21页
    1.2 植物转座元件研究进展第21-29页
        1.2.1 LTR反转录转座子第22-25页
        1.2.2 LINE和SINE反转录转座子第25页
        1.2.3 DNA转座子第25-26页
        1.2.4 自主型和非自主型转座子第26-27页
        1.2.5 转座子与基因表达调控第27-28页
        1.2.6 转座子的应用第28-29页
    1.3 染色体着丝粒的进化第29-31页
        1.3.1 植物着丝粒DNA序列的分子组成第29-30页
        1.3.2 植物着丝粒功能基因第30页
        1.3.3 着丝粒的进化第30-31页
        1.3.4 芸薹属着丝粒研究进展第31页
    1.4 本研究问题的提出以及研究目的和意义第31-33页
第二章 白菜和甘蓝基因组不对称进化第33-73页
    2.1 引言第33页
    2.2 实验材料第33页
    2.3 数据资源与分析方法第33-40页
        2.3.1 数据来源第33页
        2.3.2 TE的鉴定及分类第33-34页
        2.3.3 NGS reads估计TE在基因组中的组分第34页
        2.3.4 系统发育分析及LTR-RT插入时间的推算第34-35页
        2.3.5 共线性区间的创建第35页
        2.3.6 重复基因Ka、Ks和ω(Ka/Ks)的计算第35页
        2.3.7 遗传重组率的估计第35页
        2.3.8 共享(shared)和非共享(unshared)TE的鉴定第35-40页
    2.4 结果与分析第40-68页
        2.4.1 白菜和甘蓝TE数据库的构建第40-41页
        2.4.2 白菜和甘蓝TE的比较分析-基于组装序列第41-48页
        2.4.3 白菜、甘蓝和油菜TE的比较分析-基于NGS reads的无偏估计第48-52页
        2.4.4 白菜和甘蓝LTR-RT进化时间的差异第52-53页
        2.4.5 甘蓝CACTA元件的近期扩增和转座酶基因内含子的捕获第53-58页
        2.4.6 白菜、甘蓝和油菜共享和非共享TE的比较分析第58-63页
        2.4.7 白菜和甘蓝基因组不对称进化第63-67页
        2.4.8 白菜和甘蓝基因组不同的TE去除速率第67-68页
    2.5 讨论第68-73页
        2.5.1 完整TE数据库的建立是开展下游工作的基础第68-69页
        2.5.2 TE是造成白菜和甘蓝基因组差异的主要因素之一第69-71页
        2.5.3 白菜和甘蓝的不对称进化揭示了遗传重组率的不同第71-72页
        2.5.4 甘蓝CACTA转座酶基因内含子的捕获揭示了有意思的生物学现象第72-73页
第三章 转座子与基因表达调控第73-83页
    3.1 引言第73页
    3.2 实验材料第73页
    3.3 数据资源与分析方法第73-75页
        3.3.1 数据来源第73页
        3.3.2 含有TE插入位点的基因的鉴定及基因功能分析第73-74页
        3.3.3 转录读出的LTR-RT的确定第74-75页
        3.3.4 TE的表达第75页
    3.4 结果与分析第75-82页
        3.4.1 TE插入位点改变基因的结构第75-77页
        3.4.2 LTR-RT的读出带动了邻近序列的转录第77-79页
        3.4.3 TE的低水平表达及组织差异性第79-82页
    3.5 讨论第82-83页
第四章 白菜和甘蓝着丝粒的进化分析第83-92页
    4.1 引言第83页
    4.2 实验材料第83页
    4.3 实验方法第83-85页
        4.3.1 白菜、甘蓝和油菜基因组DNA的提取第83-84页
        4.3.2 LTR-RT家族引物及卫星DNA探针的设计第84页
        4.3.3 PGR扩增LTR-RT各家族特异序列第84页
        4.3.4 荧光原位杂交FISH第84-85页
    4.4 数据资源与分析方法第85页
        4.4.1 数据来源第85页
        4.4.2 着丝粒富集的LTR-RT的预测第85页
        4.4.3 卫星DNA串联重复序列系统进化树的构建第85页
    4.5 结果与分析第85-90页
        4.5.1 454序列验证CentBr1和CentBr2第85-87页
        4.5.2 LTR-RT与着丝粒卫星DNA关联分析第87-88页
        4.5.3 白菜比甘蓝具有更大比例的异染色质区第88-89页
        4.5.4 FISH验证着丝粒关联的LTR-RT家族第89-90页
    4.6 讨论第90-92页
第五章 全文结论第92-93页
参考文献第93-106页
致谢第106-107页
作者简历第107-108页

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