| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第13-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-33页 |
| 1.1 芸薹属的分子进化与系统发育 | 第15-21页 |
| 1.1.1 芸薹属多倍体进化 | 第15-17页 |
| 1.1.2 染色体大小和数目变异 | 第17-18页 |
| 1.1.3 基因组共线性 | 第18页 |
| 1.1.4 十字花科祖先核型 | 第18-21页 |
| 1.2 植物转座元件研究进展 | 第21-29页 |
| 1.2.1 LTR反转录转座子 | 第22-25页 |
| 1.2.2 LINE和SINE反转录转座子 | 第25页 |
| 1.2.3 DNA转座子 | 第25-26页 |
| 1.2.4 自主型和非自主型转座子 | 第26-27页 |
| 1.2.5 转座子与基因表达调控 | 第27-28页 |
| 1.2.6 转座子的应用 | 第28-29页 |
| 1.3 染色体着丝粒的进化 | 第29-31页 |
| 1.3.1 植物着丝粒DNA序列的分子组成 | 第29-30页 |
| 1.3.2 植物着丝粒功能基因 | 第30页 |
| 1.3.3 着丝粒的进化 | 第30-31页 |
| 1.3.4 芸薹属着丝粒研究进展 | 第31页 |
| 1.4 本研究问题的提出以及研究目的和意义 | 第31-33页 |
| 第二章 白菜和甘蓝基因组不对称进化 | 第33-73页 |
| 2.1 引言 | 第33页 |
| 2.2 实验材料 | 第33页 |
| 2.3 数据资源与分析方法 | 第33-40页 |
| 2.3.1 数据来源 | 第33页 |
| 2.3.2 TE的鉴定及分类 | 第33-34页 |
| 2.3.3 NGS reads估计TE在基因组中的组分 | 第34页 |
| 2.3.4 系统发育分析及LTR-RT插入时间的推算 | 第34-35页 |
| 2.3.5 共线性区间的创建 | 第35页 |
| 2.3.6 重复基因Ka、Ks和ω(Ka/Ks)的计算 | 第35页 |
| 2.3.7 遗传重组率的估计 | 第35页 |
| 2.3.8 共享(shared)和非共享(unshared)TE的鉴定 | 第35-40页 |
| 2.4 结果与分析 | 第40-68页 |
| 2.4.1 白菜和甘蓝TE数据库的构建 | 第40-41页 |
| 2.4.2 白菜和甘蓝TE的比较分析-基于组装序列 | 第41-48页 |
| 2.4.3 白菜、甘蓝和油菜TE的比较分析-基于NGS reads的无偏估计 | 第48-52页 |
| 2.4.4 白菜和甘蓝LTR-RT进化时间的差异 | 第52-53页 |
| 2.4.5 甘蓝CACTA元件的近期扩增和转座酶基因内含子的捕获 | 第53-58页 |
| 2.4.6 白菜、甘蓝和油菜共享和非共享TE的比较分析 | 第58-63页 |
| 2.4.7 白菜和甘蓝基因组不对称进化 | 第63-67页 |
| 2.4.8 白菜和甘蓝基因组不同的TE去除速率 | 第67-68页 |
| 2.5 讨论 | 第68-73页 |
| 2.5.1 完整TE数据库的建立是开展下游工作的基础 | 第68-69页 |
| 2.5.2 TE是造成白菜和甘蓝基因组差异的主要因素之一 | 第69-71页 |
| 2.5.3 白菜和甘蓝的不对称进化揭示了遗传重组率的不同 | 第71-72页 |
| 2.5.4 甘蓝CACTA转座酶基因内含子的捕获揭示了有意思的生物学现象 | 第72-73页 |
| 第三章 转座子与基因表达调控 | 第73-83页 |
| 3.1 引言 | 第73页 |
| 3.2 实验材料 | 第73页 |
| 3.3 数据资源与分析方法 | 第73-75页 |
| 3.3.1 数据来源 | 第73页 |
| 3.3.2 含有TE插入位点的基因的鉴定及基因功能分析 | 第73-74页 |
| 3.3.3 转录读出的LTR-RT的确定 | 第74-75页 |
| 3.3.4 TE的表达 | 第75页 |
| 3.4 结果与分析 | 第75-82页 |
| 3.4.1 TE插入位点改变基因的结构 | 第75-77页 |
| 3.4.2 LTR-RT的读出带动了邻近序列的转录 | 第77-79页 |
| 3.4.3 TE的低水平表达及组织差异性 | 第79-82页 |
| 3.5 讨论 | 第82-83页 |
| 第四章 白菜和甘蓝着丝粒的进化分析 | 第83-92页 |
| 4.1 引言 | 第83页 |
| 4.2 实验材料 | 第83页 |
| 4.3 实验方法 | 第83-85页 |
| 4.3.1 白菜、甘蓝和油菜基因组DNA的提取 | 第83-84页 |
| 4.3.2 LTR-RT家族引物及卫星DNA探针的设计 | 第84页 |
| 4.3.3 PGR扩增LTR-RT各家族特异序列 | 第84页 |
| 4.3.4 荧光原位杂交FISH | 第84-85页 |
| 4.4 数据资源与分析方法 | 第85页 |
| 4.4.1 数据来源 | 第85页 |
| 4.4.2 着丝粒富集的LTR-RT的预测 | 第85页 |
| 4.4.3 卫星DNA串联重复序列系统进化树的构建 | 第85页 |
| 4.5 结果与分析 | 第85-90页 |
| 4.5.1 454序列验证CentBr1和CentBr2 | 第85-87页 |
| 4.5.2 LTR-RT与着丝粒卫星DNA关联分析 | 第87-88页 |
| 4.5.3 白菜比甘蓝具有更大比例的异染色质区 | 第88-89页 |
| 4.5.4 FISH验证着丝粒关联的LTR-RT家族 | 第89-90页 |
| 4.6 讨论 | 第90-92页 |
| 第五章 全文结论 | 第92-93页 |
| 参考文献 | 第93-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 作者简历 | 第107-108页 |
