| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第10-19页 |
| 1 HSV-1介绍 | 第10-12页 |
| 1.1 HSV-1危害 | 第10页 |
| 1.2 HSV-1目前研究进展 | 第10-11页 |
| 1.3 本课题研究目标 | 第11页 |
| 1.4 本课题科学价值和临床应用价值 | 第11-12页 |
| 2 RNA-sequencing | 第12-14页 |
| 2.1 RNA-sequencing测序技术方法 | 第12页 |
| 2.2 RNA-sequencing优势与难点 | 第12-13页 |
| 2.3 RNA-sequenc数据分析一般方法 | 第13-14页 |
| 3 ChIP-sequencing | 第14-16页 |
| 3.1 ChIP-sequencing测序技术方法 | 第14页 |
| 3.2 ChIP-sequencing优势与难点 | 第14页 |
| 3.3 ChIP-sequenc数据分析一般方法 | 第14-16页 |
| 4 CTCF | 第16-19页 |
| 4.1 CTCF介绍 | 第16页 |
| 4.2 CTCF生物功能 | 第16-19页 |
| 第二章 HSV-1诱导基因差异表达,可变剪接,可变加尾和异构体表达 | 第19-50页 |
| 1 课题的设计 | 第19页 |
| 2 RNA-seq技术路线 | 第19-20页 |
| 3 材料与方法 | 第20-31页 |
| 3.1 主要仪器 | 第20页 |
| 3.2 试剂与耗材 | 第20-21页 |
| 3.3 主要溶液及其配置 | 第21页 |
| 3.4 细胞与病毒 | 第21-22页 |
| 3.4.1 细胞与病毒的来源 | 第21页 |
| 3.4.2 病毒的扩增 | 第21-22页 |
| 3.4.3 病毒滴度测定 | 第22页 |
| 3.5 RNA-seq测序样品准备 | 第22-25页 |
| 3.5.1 BJ细胞培养 | 第22-23页 |
| 3.5.2 HSV-1感染BJ细胞 | 第23页 |
| 3.5.3 免疫荧光检测病毒感染效果 | 第23-24页 |
| 3.5.4 RNA提取 | 第24-25页 |
| 3.6 RNA-seq数据分析 | 第25-26页 |
| 3.6.1 基因差异表达数据分析 | 第25页 |
| 3.6.2 基因可变剪接数据分析 | 第25页 |
| 3.6.3 基因可变加尾数据分析 | 第25页 |
| 3.6.4 基因异构体数据分析 | 第25-26页 |
| 3.7 实时荧光定量PCR和实时定量PCR | 第26-31页 |
| 3.7.1 cDNA合成(用于qRT-PCR) | 第26页 |
| 3.7.2 cDNA合成(用于半定量PCR) | 第26-27页 |
| 3.7.3 引物设计和合成 | 第27-30页 |
| 3.7.4 荧光定量PCR验证 | 第30-31页 |
| 3.7.5 半定量PCR验证 | 第31页 |
| 4 实验结果 | 第31-47页 |
| 4.1 HSV-1感染宿主细胞BJ诱导基因差异表达 | 第32-36页 |
| 4.2 HSV-1感染BJ细胞导致可变剪接 | 第36-39页 |
| 4.3 HSV-1感染BJ细胞导致可变加尾 | 第39-42页 |
| 4.4 HSV-1感染BJ细胞Isoform表达 | 第42-44页 |
| 4.5 差异表达,可变剪接,可变加尾和异构体的GO terms变化产生不同的调控机制 | 第44-47页 |
| 5 结论 | 第47-50页 |
| 第三章 HSV-1改变CTCF和RNA PolⅡ结合 | 第50-62页 |
| 1 课题的设计 | 第50页 |
| 2 ChIP-seq技术路线 | 第50-51页 |
| 3 材料与方法 | 第51-55页 |
| 3.1 主要仪器 | 第51页 |
| 3.2 试剂 | 第51页 |
| 3.3 主要溶液及其配置 | 第51-53页 |
| 3.4 ChIP-seq测序样品准备 | 第53-55页 |
| 3.5 ChIP-seq数据分析 | 第55页 |
| 4 实验结果 | 第55-60页 |
| 4.1 CTCF结合变化 | 第56页 |
| 4.2 CTCF与基因表达之间的关系 | 第56-58页 |
| 4.3 HSV-1感染前后RNA polⅡ与RNA-seq关系 | 第58-60页 |
| 5 结论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-74页 |
| 附录 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75页 |
