| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 菌种信息表 | 第15-17页 |
| 第一章 绪论 | 第17-41页 |
| 1.1 米曲霉的遗传改造及在外源蛋白表达应用 | 第17-22页 |
| 1.1.1 米曲霉形态与分类 | 第17页 |
| 1.1.2 米曲霉遗传改造 | 第17-20页 |
| 1.1.3 米曲霉蛋白表达系统 | 第20-22页 |
| 1.2 丝状真菌的蛋白分泌途径 | 第22-28页 |
| 1.2.1 多肽靶向内质网及易位 | 第22-24页 |
| 1.2.2 内质网加工 | 第24-26页 |
| 1.2.3 囊泡运输 | 第26-28页 |
| 1.3 内质网压力反馈调节 | 第28-35页 |
| 1.3.1 丝状真菌UPR调控机制 | 第29-34页 |
| 1.3.2 RESS调控机制 | 第34-35页 |
| 1.4 转录组学在丝状真菌UPR调控机制中的研究应用 | 第35-39页 |
| 1.4.1 转录组学研究方法及在丝状真菌中应用 | 第35-37页 |
| 1.4.2 转录组学在UPR机制研究中的应用 | 第37-39页 |
| 1.5 本课题的研究意义及主要内容 | 第39-41页 |
| 1.5.1 本课题的研究意义 | 第39页 |
| 1.5.2 本课题的研究内容 | 第39-41页 |
| 第二章 米曲霉高效同源重组遗传操作系统的构建与应用研究 | 第41-65页 |
| 2.1 引言 | 第41页 |
| 2.2 实验仪器与材料 | 第41-47页 |
| 2.2.1 主要仪器与设备 | 第41-42页 |
| 2.2.2 菌种与质粒 | 第42页 |
| 2.2.3 主要试剂 | 第42-44页 |
| 2.2.4 培养基与溶液的配制 | 第44-45页 |
| 2.2.5 所用引物序列 | 第45-47页 |
| 2.3 实验方法 | 第47-57页 |
| 2.3.1 菌体的培养 | 第47页 |
| 2.3.2 米曲霉基因敲除载体的构建 | 第47-52页 |
| 2.3.3 米曲霉基因敲除突变菌的构建 | 第52-53页 |
| 2.3.4 米曲霉基因敲除突变菌的鉴定 | 第53-55页 |
| 2.3.5 prtT敲除突变菌的pyrG标记切除 | 第55-56页 |
| 2.3.6 △prtT突变菌相关蛋白酶基因的qRT-PCR分析 | 第56页 |
| 2.3.7 △prtT突变菌的胞外分泌蛋白分析 | 第56-57页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第57-64页 |
| 2.4.1 米曲霉高效同源重组遗传操作系统的构建 | 第57-60页 |
| 2.4.2 米曲霉蛋白酶缺陷表达宿主构建与分析研究 | 第60-62页 |
| 2.4.3 蛋白酶缺陷菌相关蛋白酶基因的转录分析 | 第62页 |
| 2.4.4 蛋白酶缺陷菌的胞外分泌蛋白分析研究 | 第62-64页 |
| 2.5 本章小结 | 第64-65页 |
| 第三章 UPR的缺失与组成型激活对米曲霉营养生长和蛋白分泌的影响 | 第65-96页 |
| 3.1 引言 | 第65-66页 |
| 3.2 实验仪器与材料 | 第66-70页 |
| 3.2.1 主要仪器与设备 | 第66页 |
| 3.2.2 菌种与质粒 | 第66-67页 |
| 3.2.3 主要试剂 | 第67-68页 |
| 3.2.4 培养基与溶液的配制 | 第68页 |
| 3.2.5 所用引物序列 | 第68-70页 |
| 3.3 实验方法 | 第70-81页 |
| 3.3.1 菌体的培养 | 第70页 |
| 3.3.2 hacA敲除载体的构建 | 第70-71页 |
| 3.3.3 融合eGFP的hacA回补表达载体的构建 | 第71-74页 |
| 3.3.4 hacAi表达载体的构建 | 第74-77页 |
| 3.3.5 融合eGFP的hacAi表达载体的构建 | 第77-79页 |
| 3.3.6 米曲霉的转化及突变菌的鉴定 | 第79-80页 |
| 3.3.8 融合eGFP的hacAi表达菌的荧光分析 | 第80页 |
| 3.3.9 融合eGFP的hacAi表达菌的Western Blot分析 | 第80页 |
| 3.3.10 米曲霉突变菌的表型分析 | 第80页 |
| 3.3.11 hacA敲除菌和hacAi表达菌的qRT-PCR分析 | 第80-81页 |
| 3.3.12 米曲霉突变菌胞外分泌蛋白分析 | 第81页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第81-95页 |
| 3.4.1 UPR缺失突变菌的鉴定及表型研究 | 第81-83页 |
| 3.4.2 融合eGFP的hacA回补表达突变菌的鉴定及表型研究 | 第83-85页 |
| 3.4.3 hacA启动子调控的UPR组成型激活突变菌的鉴定及表型研究 | 第85-87页 |
| 3.4.4 gpdA启动子调控的UPR组成型激活突变菌的鉴定及表型研究 | 第87-89页 |
| 3.4.5 amyB启动子调控的UPR组成型激活突变菌的鉴定及表型研究 | 第89-91页 |
| 3.4.6 UPR的缺失与组成型激活对色素产生的影响 | 第91-92页 |
| 3.4.7 UPR的缺失与组成型激活对UPR调控基因转录水平的影响 | 第92-93页 |
| 3.4.8 UPR的缺失与组成型激活对胞外蛋白分泌的影响 | 第93-95页 |
| 3.5 本章小结 | 第95-96页 |
| 第四章 米曲霉UPR关键因子HacA的全基因组转录研究 | 第96-128页 |
| 4.1 引言 | 第96页 |
| 4.2 实验仪器与材料 | 第96-97页 |
| 4.2.1 主要仪器与设备 | 第96-97页 |
| 4.2.2 菌种 | 第97页 |
| 4.2.3 主要试剂 | 第97页 |
| 4.2.4 培养基和溶液的配制 | 第97页 |
| 4.2.5 qRT-PCR检测引物序列 | 第97页 |
| 4.3 实验方法 | 第97-101页 |
| 4.3.1 米曲霉RNA样品的制备 | 第97-98页 |
| 4.3.2 RNA-seq文库的构建及测序 | 第98页 |
| 4.3.3 RNA-seq数据的生物信息学分析 | 第98-101页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第101-127页 |
| 4.4.1 RNA样品制备及质量检测 | 第101-103页 |
| 4.4.2 RNA-seq测序数据的统计分析 | 第103-105页 |
| 4.4.3 样品间差异基因统计分析 | 第105-106页 |
| 4.4.4 UPR组成型激活对米曲霉转录组基因差异表达的影响 | 第106-112页 |
| 4.4.5 UPR缺失对米曲霉转录组基因差异表达的影响 | 第112-114页 |
| 4.4.6 UPR组成型激活与缺失突变菌的分泌途径基因分泌模式研究 | 第114-121页 |
| 4.4.7 UPR组成型激活或缺失导致淀粉水解酶类基因的转录抑制 | 第121-123页 |
| 4.4.8 不同UPR激活条件下的转录组差异表达研究 | 第123-125页 |
| 4.4.9 UPR组成型激活或缺失对其它代谢调控途径的影响 | 第125-127页 |
| 4.5 本章小结 | 第127-128页 |
| 第五章 米曲霉RESS机制研究及顺式作用序列的鉴定 | 第128-156页 |
| 5.1 引言 | 第128页 |
| 5.2 实验仪器与材料 | 第128-133页 |
| 5.2.1 主要仪器与设备 | 第128页 |
| 5.2.2 菌种与质粒 | 第128-129页 |
| 5.2.3 主要试剂 | 第129-130页 |
| 5.2.4 培养基与溶液的配制 | 第130页 |
| 5.2.5 所用引物序列 | 第130-133页 |
| 5.3 实验方法 | 第133-146页 |
| 5.3.1 菌体的培养 | 第133页 |
| 5.3.3 载体的构建 | 第133-142页 |
| 5.3.4 米曲霉的转化 | 第142页 |
| 5.3.5 米曲霉转化子的筛选 | 第142-143页 |
| 5.3.6 转化子的培养及总RNA的提取 | 第143-144页 |
| 5.3.7 qRT-PCR检测分析 | 第144-146页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第146-155页 |
| 5.4.1 用于RESS机制研究突变菌鉴定 | 第146-149页 |
| 5.4.2 内质网压力下RESS的激活调控 | 第149-150页 |
| 5.4.3 RESS激活调控关键序列的分析研究 | 第150-152页 |
| 5.4.4 RESS顺式作用序列的鉴定 | 第152-155页 |
| 5.5 本章小结 | 第155-156页 |
| 结论与展望 | 第156-159页 |
| 参考文献 | 第159-172页 |
| 附录 | 第172-181页 |
| 攻读博士学位期间取得研究成果 | 第181-183页 |
| 致谢 | 第183-184页 |
| 附件 | 第184页 |
