| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-26页 |
| 1.1 引言 | 第10-11页 |
| 1.2 肽两亲分子二级结构 | 第11-13页 |
| 1.3 肽两亲分子自组装的研究 | 第13-20页 |
| 1.3.1 胶束 | 第13-15页 |
| 1.3.2 纳米纤维 | 第15-20页 |
| 1.4 淀粉样多肽分子(Amyloid β-peptide)的功能片段 | 第20-24页 |
| 1.4.1 关于Aβ(11-17)的研究进展 | 第21页 |
| 1.4.2 关于Aβ(16-22)的研究进展 | 第21-23页 |
| 1.4.3 关于Aβ(25-35)的研究进展 | 第23-24页 |
| 1.4.4 关于Aβ(37-42)的研究进展 | 第24页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第24-26页 |
| 第二章 分子动力学模拟的基本原理 | 第26-32页 |
| 2.1 分子力场 | 第26-27页 |
| 2.2 分子建模 | 第27-28页 |
| 2.3 初始条件以及模拟参数 | 第28-29页 |
| 2.4 运动方程 | 第29-31页 |
| 2.5 结果分析 | 第31页 |
| 2.6 GROMACS软件介绍 | 第31-32页 |
| 第三章 氨基酸表面活性剂界面单分子膜结构分子模拟 | 第32-42页 |
| 3.1 前言 | 第32-33页 |
| 3.2 模拟方法 | 第33-35页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第35-41页 |
| 3.3.1 单分子膜密度分布 | 第35-36页 |
| 3.3.2 表面活性剂分子间氢键 | 第36-38页 |
| 3.3.3 表面活性剂的溶剂化结构 | 第38-39页 |
| 3.3.4 质子化对氢键作用影响 | 第39-40页 |
| 3.3.5 反离子及二价离子对单分子膜的影响 | 第40-41页 |
| 3.4 结论 | 第41-42页 |
| 第四章 Aβ(11-17)片段形成的肽两亲分子自组装结构模拟 | 第42-51页 |
| 4.1 引言 | 第42-43页 |
| 4.2 模拟方法 | 第43-44页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第44-50页 |
| 4.3.1 均方根偏差值(RMSD)对结构稳定性的判据 | 第44-45页 |
| 4.3.2 每一层的分子数对稳定性的影响 | 第45-46页 |
| 4.3.3 不同纳米纤维尺寸 | 第46-47页 |
| 4.3.4 纳米纤维亲/疏水表面积 | 第47-49页 |
| 4.3.5 多肽分子片段间的氢键网络 | 第49页 |
| 4.3.6 纳米纤维中多肽分子的二级结构 | 第49-50页 |
| 4.4 结论 | 第50-51页 |
| 第五章 淀粉样多肽分子不同片段形成的纳米纤维预报 | 第51-69页 |
| 5.1 引言 | 第51-52页 |
| 5.2 模拟方法 | 第52-54页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第54-67页 |
| 5.3.1 多肽序列对稳定构型影响 | 第54-56页 |
| 5.3.2 各种稳定构型形成过程 | 第56-58页 |
| 5.3.3 不同片段聚集体的尺寸 | 第58-59页 |
| 5.3.4 氢键网络强度 | 第59-62页 |
| 5.3.5 氢键定量统计 | 第62-64页 |
| 5.3.6 二级结构概率分布 | 第64-67页 |
| 5.4 结论 | 第67-69页 |
| 第六章 总结 | 第69-70页 |
| 参考文献 | 第70-78页 |
| 致谢 | 第78-79页 |
| 硕士期间发表论文 | 第79页 |
