| 缩略词表 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第一章 前言 | 第12-24页 |
| 1 研究背景 | 第12-13页 |
| 2 泛素连接酶-底物相互作用的研究现状 | 第13-19页 |
| 2.1 泛素连接酶识别底物的复杂机制 | 第13-15页 |
| 2.1.1 通过特定的序列结构识别底物 | 第13-14页 |
| 2.1.2 利用适配体识别底物 | 第14-15页 |
| 2.1.3 泛素化连接酶通过与其他翻译后修饰的交互应答进行底物识别 | 第15页 |
| 2.2 鉴定泛素连接酶底物相互作用的高通量方法 | 第15-17页 |
| 2.2.1 基于全局蛋白质稳定性分析方法 | 第16页 |
| 2.2.2 基于蛋白质微阵列的泛素连接酶底物鉴定 | 第16-17页 |
| 2.2.3 基于质谱技术的泛素连接酶底物鉴定 | 第17页 |
| 2.3 泛素连接酶-底物选择关系的生物信息学研究 | 第17-19页 |
| 2.3.1 收录泛素连接酶和底物选择关系的数据库 | 第17-19页 |
| 2.3.2 泛素连接酶底物相互作用关系的生物信息学预测 | 第19页 |
| 3 本文的立题依据 | 第19-21页 |
| 3.1 现有数据库对泛素连接酶-底物相互作用收集严重不足 | 第19-20页 |
| 3.2 现有实验方法鉴定泛素连接酶-底物相互作用有严重局限 | 第20页 |
| 3.3 生物信息学对研究泛素连接酶-底物相互作用有重要参考价值 | 第20-21页 |
| 4 研究思路及研究方法 | 第21-22页 |
| 4.1 系统收集泛素连接酶-底物相互作用数据 | 第21页 |
| 4.2 构建泛素连接酶底物相互作用预测模型 | 第21-22页 |
| 4.3 泛素连接酶底物相互作用预测模型的评估 | 第22页 |
| 4.4 研发泛素连接酶底物相互作用数据展示平台UbiBrowser | 第22页 |
| 5 研究的创新性、理论意义及实用价值 | 第22-24页 |
| 第二章 人类泛素连接酶-底物相互作用数据集的构建 | 第24-36页 |
| 1 概述 | 第24-25页 |
| 2 材料和方法 | 第25-30页 |
| 2.1 数据收集流程 | 第25页 |
| 2.2 潜在包含泛素连接酶-底物相互作用关系文献摘要获取 | 第25-26页 |
| 2.3 对获取的文献摘要来源期刊的质量进行分析 | 第26-27页 |
| 2.4 泛素连接酶-底物相互作用关系文本挖掘 | 第27-28页 |
| 2.5 泛素连接酶-底物相互作用挖掘结果人工判读和校验 | 第28-29页 |
| 2.6 E3底物相关信息补充 | 第29-30页 |
| 2.7 构建人类泛素连接酶-底物相互作用网络 | 第30页 |
| 3 结果 | 第30-34页 |
| 3.1 构建了人类泛素连接酶-底物相互作用关系数据收集流程 | 第30-31页 |
| 3.2 构建人类泛素连接酶-底物相互作用数据集 | 第31页 |
| 3.3 与现有泛素连接酶-底物相互作用数据库比较 | 第31-32页 |
| 3.4 人类泛素连接酶-底物相互作用网络及性质分析 | 第32-34页 |
| 4 总结与讨论 | 第34-36页 |
| 第三章 人类泛素连接酶-底物相互作用预测模型的构建 | 第36-61页 |
| 1 概述 | 第36-37页 |
| 2 材料和方法 | 第37-46页 |
| 2.1 预测流程 | 第37页 |
| 2.2 金标准数据集的建立 | 第37-38页 |
| 2.3 构建贝叶斯分类器预测泛素连接酶-底物关系的原理 | 第38-40页 |
| 2.4 生物学特征的构建和考察 | 第40-44页 |
| 2.4.1 同源的泛素连接酶底物相互作用 | 第40页 |
| 2.4.2 蛋白质相互作用结构域 | 第40-41页 |
| 2.4.3 蛋白质GO功能条目对 | 第41-42页 |
| 2.4.4 网络拓扑结构 | 第42页 |
| 2.4.5 E3识别底物的模体 | 第42-44页 |
| 2.5 ROC曲线 | 第44-45页 |
| 2.6 五倍交叉验证及独立测试集验证 | 第45-46页 |
| 2.6.1 N倍交叉验证 | 第45页 |
| 2.6.2 独立测试数据集验证 | 第45页 |
| 2.6.3 成对预测问题的交叉验证 | 第45-46页 |
| 3 结果 | 第46-58页 |
| 3.1 五类生物学特征的构建和评估 | 第46-54页 |
| 3.1.1 同源泛素连接酶-底物相互作用 | 第46-47页 |
| 3.1.2 泛素连接酶-底物富集的结构域对 | 第47-49页 |
| 3.1.3 泛素连接酶-底物富集的GO条目对 | 第49-51页 |
| 3.1.4 E3识别底物的序列motif | 第51-53页 |
| 3.1.5 网络拓扑结构 | 第53-54页 |
| 3.2 评估多特征预测模型的预测效果 | 第54-58页 |
| 3.2.1 联合似然比LR_(comp)可用于泛素连接酶-底物相互作用的预测 | 第54-55页 |
| 3.2.2 五倍交叉验证评估整合多特征模型的预测效果 | 第55-56页 |
| 3.2.3 独立测试数据集评估整合多特征模型的预测效果 | 第56-57页 |
| 3.2.4 成对预测交叉验证方法评估整合多特征模型的预测效果 | 第57-58页 |
| 4 总结与讨论 | 第58-61页 |
| 第四章 人类泛素连接酶-底物相互作用浏览器的开发 | 第61-83页 |
| 1 概述 | 第61-62页 |
| 2 UbiBrowser总体设计框架 | 第62-63页 |
| 3 UbiBrowser数据库搭建和前台页面实现方法 | 第63-65页 |
| 3.1 UbiBrowser数据获取和数据预处理 | 第63页 |
| 3.2 UbiBrowser数据库设计和搭建 | 第63-64页 |
| 3.3 UbiBrowser前台展示页面 | 第64-65页 |
| 4 UbiBrowser网站功能介绍 | 第65-76页 |
| 4.1 首页和检索功能 | 第65-67页 |
| 4.2 网络视图 | 第67-70页 |
| 4.3 序列视图 | 第70-71页 |
| 4.4 列表视图 | 第71-72页 |
| 4.5 支持证据页面 | 第72-74页 |
| 4.6 帮助文档和用户提问 | 第74-76页 |
| 5 UbiBrowser应用示例 | 第76-78页 |
| 6 UbiBrowser在实验研究中应用举例 | 第78-82页 |
| 6.1 验证UbiBrowser预测结果的实验设计 | 第78-79页 |
| 6.1.1 实验材料 | 第78页 |
| 6.1.2 实验设计和实验方法 | 第78-79页 |
| 6.2 实验研究结果 | 第79-82页 |
| 7 总结与讨论 | 第82-83页 |
| 总结与展望 | 第83-86页 |
| 参考文献 | 第86-99页 |
| 附录 | 第99-118页 |
| 代表性论著 | 第118-119页 |
| 附件 | 第119-149页 |
| 个人简历 | 第149-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
