| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-13页 |
| 第1章 绪论 | 第13-27页 |
| ·蛋白质结构与功能研究 | 第13-15页 |
| ·计算机模拟方法研究 | 第15-19页 |
| ·蛋白质及蛋白质-配体复合物结构预测 | 第16-17页 |
| ·分子动力学模拟 | 第17-18页 |
| ·结合自由能计算 | 第18-19页 |
| ·蛋白质热稳定性研究 | 第19-21页 |
| ·多肽药物研究 | 第21-22页 |
| ·蛋白质与持久性有机污染物相互作用研究 | 第22-24页 |
| ·本论文的主要工作 | 第24-27页 |
| 第2章 Sso7d 及其突变体 F31A 的热稳定性和去折叠路径研究 | 第27-39页 |
| ·引言 | 第27-28页 |
| ·材料与方法 | 第28-29页 |
| ·结果分析 | 第29-35页 |
| ·MD 模拟 | 第29-31页 |
| ·二级结构的熔解 | 第31页 |
| ·盐桥和氢键 | 第31-32页 |
| ·疏水核心和芳香簇 | 第32-34页 |
| ·去折叠路径 | 第34-35页 |
| ·讨论 | 第35-36页 |
| ·本章小结 | 第36-39页 |
| 第3章 抗癌多肽 p28 与肿瘤抑制蛋白 p53 的拉伸分子动力学研究 | 第39-53页 |
| ·引言 | 第39-40页 |
| ·材料与方法 | 第40-43页 |
| ·p29-p53 DBD 复合物 | 第40页 |
| ·分子动力学模拟 | 第40-41页 |
| ·拉伸分子动力学模拟 | 第41-42页 |
| ·平均力势的计算 | 第42-43页 |
| ·结果与讨论 | 第43-51页 |
| ·p53 DBD-p29 复合物的解离路径 | 第43-49页 |
| ·p29-p53 DBD 复合物解离过程的能量地形面 | 第49-51页 |
| ·本章小结 | 第51-53页 |
| 第4章 TCDD 对 CK2 活性抑制机理研究 | 第53-67页 |
| ·引言 | 第53-54页 |
| ·材料与方法 | 第54-57页 |
| ·分子相似性 | 第54-55页 |
| ·分子对接 | 第55-56页 |
| ·分子动力学模拟 | 第56页 |
| ·MM/PBSA 结合自由能计算 | 第56-57页 |
| ·结果与讨论 | 第57-65页 |
| ·形状和静电相似性 | 第57-59页 |
| ·结合位点与结合模式预测 | 第59-60页 |
| ·分子动力学模拟 | 第60-61页 |
| ·CK2α-配体复合物的能量分析 | 第61-64页 |
| ·复合物预测结构 | 第64-65页 |
| ·本章小结 | 第65-67页 |
| 第5章 4,4’-DDE 和 CB-153 与雄性荷尔蒙受体的结合模式研究 | 第67-79页 |
| ·引言 | 第67-68页 |
| ·材料与方法 | 第68-70页 |
| ·分子对接 | 第68-69页 |
| ·分子动力学模拟 | 第69-70页 |
| ·MM/PBSA 结合自由能计算 | 第70页 |
| ·结果与讨论 | 第70-78页 |
| ·POPs 与 AR/LBD 的分子对接 | 第70-72页 |
| ·MD 模拟中构象的稳定性 | 第72-74页 |
| ·结合自由能分析 | 第74-76页 |
| ·预测的结合模式 | 第76-78页 |
| ·本章小结 | 第78-79页 |
| 第6章 4,4’-DDE 和 CB-153 的反向虚拟筛选研究 | 第79-93页 |
| ·引言 | 第79-80页 |
| ·材料与方法 | 第80-81页 |
| ·配体分子结构准备 | 第80-81页 |
| ·受体数据库 | 第81页 |
| ·分子对接 | 第81页 |
| ·结果分析 | 第81-91页 |
| ·核受体 | 第82-84页 |
| ·视黄醇结合蛋白 | 第84页 |
| ·酶 | 第84-86页 |
| ·单克隆抗体 | 第86-91页 |
| ·讨论 | 第91-92页 |
| ·本章小结 | 第92-93页 |
| 结论与展望 | 第93-97页 |
| 参考文献 | 第97-117页 |
| 附录 | 第117-119页 |
| 攻读博士学位期间所发表的学术论文 | 第119-123页 |
| 致谢 | 第123页 |
