| 目录 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-32页 |
| 1 气单胞菌概述 | 第12-15页 |
| ·气单胞菌的分类地位 | 第12-13页 |
| ·气单胞菌的生化特性 | 第13-15页 |
| ·气单胞菌的选择性分离 | 第13-14页 |
| ·气单胞菌的生化特性 | 第14-15页 |
| 2 16S rRNA基因序列鉴定和分析 | 第15-21页 |
| ·16S rRNA基因及其特点 | 第16-17页 |
| ·16S rRNA基因序列分析技术 | 第17页 |
| ·16S rRNA基因序列在细菌分类鉴定中的应用 | 第17-20页 |
| ·利用16S rRNA序列进行系统发育分析 | 第20-21页 |
| 3 管家基因序列鉴定和分析 | 第21-24页 |
| ·促旋酶(gyrase)B亚单位基因gyrB | 第21-23页 |
| ·gyrB基因简介 | 第21-22页 |
| ·gyrB基因在细菌鉴定及系统发育分析中的应用 | 第22-23页 |
| ·热应激蛋白基因dnaJ | 第23-24页 |
| ·dnaJ基因简介 | 第23页 |
| ·dnaJ家族分子结构 | 第23页 |
| ·dnaJ序列的应用 | 第23-24页 |
| 4 系统发育树的构建方法 | 第24-27页 |
| ·构建系统发育树的方法——邻接法(Neighbor Joining,NJ) | 第24-25页 |
| ·系统发育树的可靠性检验 | 第25-26页 |
| ·系统发育分析的常用软件 | 第26-27页 |
| ·MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis) | 第26页 |
| ·PAUP(Phylogenetic Analysis Using Parsimony) | 第26页 |
| ·PHYLIP(PHYLogeny Inference Package) | 第26-27页 |
| ·MrBayes | 第27页 |
| 5 气单胞菌的致病作用 | 第27-28页 |
| 6 气单胞菌毒力基因 | 第28-29页 |
| ·气溶素基因(Aerolysin gene) | 第28页 |
| ·溶血素(Hemolysin) | 第28-29页 |
| ·细胞兴奋性肠毒素(Cytotonic enterotoxin) | 第29页 |
| 7 本研究的目的、意义以及研究内容 | 第29-32页 |
| 第二章 气单胞菌的分离、保存、生化特性和分子鉴定 | 第32-54页 |
| 1 材料 | 第32-36页 |
| ·菌株来源 | 第32-33页 |
| ·培养基和试剂 | 第33-35页 |
| ·仪器和设备 | 第35-36页 |
| 2 方法 | 第36-44页 |
| ·样品细菌的分离、保存和活化 | 第36页 |
| ·环境株的分离和保存 | 第36页 |
| ·病原菌的分离和保存 | 第36页 |
| ·细菌的活化 | 第36页 |
| ·生化鉴定 | 第36-37页 |
| ·氧化酶实验 | 第36-37页 |
| ·触酶试验 | 第37页 |
| ·O/F实验 | 第37页 |
| ·细菌的保存 | 第37页 |
| ·细菌DNA模板的制备 | 第37-39页 |
| ·实验前准备 | 第37页 |
| ·细菌DNA的提取 | 第37-39页 |
| ·细菌16s rRNA基因序列扩增 | 第39-43页 |
| ·引物 | 第39页 |
| ·目的片段的PCR扩增 | 第39页 |
| ·琼脂糖凝胶中的DNA回收 | 第39-40页 |
| ·目的片段与载体的连接 | 第40页 |
| ·DH5a感受态细胞的制备 | 第40-41页 |
| ·DNA的转化 | 第41-42页 |
| ·重组质粒的筛选 | 第42页 |
| ·碱裂解法抽提质粒 | 第42页 |
| ·重组质粒的双酶切鉴定 | 第42-43页 |
| ·细菌gyrB管家基因测序 | 第43页 |
| ·引物 | 第43页 |
| ·目的片段PCR扩增 | 第43页 |
| ·PCR产物测序 | 第43页 |
| ·生化特性实验 | 第43-44页 |
| ·数据处理 | 第44页 |
| 3 结果与分析 | 第44-46页 |
| ·细菌的分离 | 第44页 |
| ·气单胞菌分子鉴定结果 | 第44-46页 |
| ·未发病池塘气单胞菌鉴定结果 | 第45-46页 |
| ·发病池塘气单胞菌鉴定结果 | 第46页 |
| ·气单胞菌的生化特性 | 第46页 |
| 4 讨论 | 第46-54页 |
| ·分析比较16S rRNA基因和管家基因扩增序列鉴定气单胞菌 | 第46-47页 |
| ·气单胞菌鉴定结果分析 | 第47-54页 |
| ·未发病池塘气单胞菌鉴定结果分析 | 第48页 |
| ·发病池塘气单胞菌鉴定结果分析 | 第48-54页 |
| 第三章 气单胞菌毒力基因的检测 | 第54-66页 |
| 1 材料 | 第54页 |
| ·实验菌株 | 第54页 |
| ·试剂 | 第54页 |
| ·仪器和设备 | 第54页 |
| 2 方法 | 第54-57页 |
| ·细菌DNA模板的制备 | 第54页 |
| ·气溶素(aer)基因的检测 | 第54-55页 |
| ·引物 | 第54-55页 |
| ·目的片段PCR扩增 | 第55页 |
| ·PCR扩增产物的检测 | 第55页 |
| ·溶血素(hly)基因的检测 | 第55-56页 |
| ·引物 | 第55页 |
| ·目的片段PCR扩增 | 第55-56页 |
| ·PCR扩增产物的检测 | 第56页 |
| ·细胞兴奋性肠毒素(alt)基因的检测 | 第56-57页 |
| ·引物 | 第56页 |
| ·目的片段PCR扩增 | 第56-57页 |
| ·PCR扩增产物的检测 | 第57页 |
| ·数据处理 | 第57页 |
| 3 结果与分析 | 第57-63页 |
| ·气单胞菌毒力基因检测 | 第57-61页 |
| ·不同地区未发病池塘A.veronii毒力基因检测 | 第61页 |
| ·不同地区发病池塘A.veronii毒力基因检测 | 第61-62页 |
| ·不同地区发病池塘A.hydrophila毒力基因检测 | 第62-63页 |
| 4 讨论 | 第63-66页 |
| ·气单胞菌毒力基因检测 | 第64页 |
| ·未发病池塘A.veronii毒力基因比较 | 第64-65页 |
| ·不同地区发病池塘A.veronii毒力基因比较 | 第65页 |
| ·不同地区发病池塘A.hydrophila毒力基因比较 | 第65-66页 |
| 第四章 维氏气单胞菌的遗传多样性分析 | 第66-76页 |
| 1 材料 | 第66页 |
| ·实验材料 | 第66页 |
| ·试剂 | 第66页 |
| ·仪器和设备 | 第66页 |
| 2 方法 | 第66-68页 |
| ·细菌DNA模板的制备 | 第66页 |
| ·细菌16S rRNA基因测序 | 第66页 |
| ·细菌gyrB管家基因测序 | 第66-67页 |
| ·细菌dnaJ管家基因测序 | 第67-68页 |
| ·引物 | 第67页 |
| ·目的片段的PCR扩增 | 第67页 |
| ·PCR产物测序 | 第67-68页 |
| ·数据处理 | 第68页 |
| 3 结果与分析 | 第68-70页 |
| ·基于16S rRNA基因序列的A.veronii系统发育分析 | 第68-69页 |
| ·常州地区未发病池塘和发病池塘分离得到的A.veronii系统发育分析 | 第68-69页 |
| ·不同地区发病池塘分离出A.veronii系统发育分析 | 第69页 |
| ·基于16S rRNA、gyrB和dnaJ基因序列的A.veronii系统发育分析 | 第69-70页 |
| ·常州地区未发病池塘和发病池塘分离得到的A.veronii系统发育分析 | 第69-70页 |
| ·不同地区发病池塘分离出A.veronii系统发育分析 | 第70页 |
| 4 讨论 | 第70-76页 |
| ·常州地区末发病池塘和发病池塘分离得到的A.veronii系统发育分析 | 第70-71页 |
| ·不同地区发病池塘分离出A.veronii系统发育分析 | 第71页 |
| ·利用不同基因序列分析A.veronii系统发育的比较 | 第71-76页 |
| 全文结论 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-90页 |
| 致谢 | 第90-92页 |
| 攻读学位期间参与学术会议、学术交流以及发表的学术论文目录 | 第92页 |
