铜（Ⅱ）抑制Aβ肽聚集机理及纳米管状类—离子通道结构的分子模拟
| 主要创新点 | 第1-12页 |
| 摘要 | 第12-15页 |
| Abstract | 第15-20页 |
| 第一章 研究背景 | 第20-53页 |
| ·引言 | 第20-21页 |
| ·AD的定义性病理标志 | 第21页 |
| ·基于金属-Aβ作用的AD分子机理 | 第21-33页 |
| ·Aβ,金属与淀粉样斑 | 第22-24页 |
| ·Aβ聚集的金属离子效应 | 第24-28页 |
| ·金属-Aβ作用与氧化胁迫机理 | 第28-30页 |
| ·金属-Aβ作用对离子通道的影响 | 第30-32页 |
| ·金属-Aβ作用模型 | 第32-33页 |
| ·AD的其他病理学说 | 第33-36页 |
| ·tau蛋白过度磷酸化 | 第34-35页 |
| ·家族性AD的遗传学说 | 第35-36页 |
| ·胆碱激性神经传导理论 | 第36页 |
| ·AD的治疗策略 | 第36-39页 |
| ·阻断金属-Aβ作用的治疗药物研究 | 第36-38页 |
| ·其他的治疗策略 | 第38-39页 |
| ·本文的工作 | 第39-41页 |
| 参考文献 | 第41-53页 |
| 第二章 研究方法及其理论基础 | 第53-84页 |
| ·引言 | 第53-54页 |
| ·分子力学方法 | 第54-58页 |
| ·分子力学的量子力学背景 | 第54-55页 |
| ·分子力场 | 第55-56页 |
| ·分子力场的参数化 | 第56-57页 |
| ·常见的分子力场 | 第57-58页 |
| ·分子动力学模拟 | 第58-67页 |
| ·基本方程 | 第58-60页 |
| ·数值算法 | 第60-62页 |
| ·边界条件 | 第62-63页 |
| ·初始设定 | 第63-64页 |
| ·一般计算流程 | 第64-66页 |
| ·分子性质的径向分布函数分析 | 第66-67页 |
| ·分子结构优化方法 | 第67-71页 |
| ·最陡下降法 | 第68-69页 |
| ·共轭梯度法 | 第69页 |
| ·牛顿-拉夫森法 | 第69-70页 |
| ·构象搜索方法 | 第70-71页 |
| ·静电势计算方法 | 第71-75页 |
| ·引言 | 第71-72页 |
| ·FDPB原理 | 第72-74页 |
| ·FDPB方法的应用 | 第74-75页 |
| ·ESFF力场 | 第75-82页 |
| ·引言 | 第75页 |
| ·原子类型 | 第75-76页 |
| ·势函数 | 第76-80页 |
| ·参数化 | 第80-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-84页 |
| 第三章 铜(Ⅱ)抑制Aβ肽聚集机理的分子力学研究 | 第84-99页 |
| ·引言 | 第84-85页 |
| ·模型与方法 | 第85-86页 |
| ·结果与讨论 | 第86-96页 |
| ·水分子参与配位的单环作用模式 | 第87-91页 |
| ·侧链协同的多环作用模式 | 第91-95页 |
| ·Aβ纤维化聚集的驱动力 | 第95-96页 |
| ·聚集体系稳定性比较研究 | 第96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-99页 |
| 第四章 铜(Ⅱ)与Aβ肽键合机理的分子动力学模拟 | 第99-123页 |
| ·引言 | 第99-100页 |
| ·模拟方法 | 第100-101页 |
| ·结果与讨论 | 第101-119页 |
| ·原子配位优先性的径向分布函数分析 | 第101-103页 |
| ·Cu(Ⅱ)-Aβ可溶复合物的配位模式 | 第103-108页 |
| ·主链原子间的配位竞争与多种可能成键模式 | 第108-110页 |
| ·刚性几何单元与侧链原子间的配位互斥效应 | 第110-112页 |
| ·Cu(Ⅱ)的模板效应 | 第112-114页 |
| ·Cu(Ⅱ)诱导下Aβ的构象转变及其驱动模式 | 第114-119页 |
| ·小结 | 第119页 |
| 参考文献 | 第119-123页 |
| 第五章 Aβ纳米管状类-离子通道结构的分子模拟 | 第123-136页 |
| ·引言 | 第123-124页 |
| ·模型与方法 | 第124页 |
| ·结果与讨论 | 第124-134页 |
| ·氢键作用与范德华作用 | 第124-125页 |
| ·疏水性分布的定量评价 | 第125-132页 |
| ·静电势分布研究 | 第132-133页 |
| ·锌(Ⅱ)通道阻断效应的初步研究 | 第133-134页 |
| ·小结 | 第134页 |
| 参考文献 | 第134-136页 |
| 第六章 结论与展望 | 第136-143页 |
| ·引言 | 第136页 |
| ·结论 | 第136-138页 |
| ·展望 | 第138-141页 |
| ·进一步深化金属-Aβ作用的机理研究 | 第138-139页 |
| ·开展基于金属-Aβ作用机理的药物设计 | 第139-140页 |
| ·研究面向其他蛋白质构象病拓展 | 第140-141页 |
| ·开展仿生新材料的研究 | 第141页 |
| 参考文献 | 第141-143页 |
| 攻读博士学位期间发表和待发表的论文 | 第143-145页 |
| 致谢 | 第145-146页 |
| 附录 | 第146-152页 |
