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瓢虫科部分种类基于线粒体COI基因的系统发育与食性演化研究

中文摘要第1-5页
英文摘要第5-12页
第一部分 引言第12-33页
 1 瓢虫科研究现状第12-19页
   ·瓢虫科的分类地位及形态特征第12页
   ·瓢虫科的分类系统研究第12-14页
   ·瓢虫科系统学研究现状第14-16页
     ·国内研究现状第14-15页
     ·国外研究现状第15-16页
   ·鞘翅目瓢虫科的化石资料第16-17页
   ·瓢虫科的食性特征第17-19页
 2 昆虫线粒体基因组和COI基因第19-24页
   ·昆虫线粒体基因组特征第19页
   ·线粒体DNA在昆虫系统学中的应用第19-20页
   ·COI基因特点及其在昆虫系统学研究中的应用第20-24页
 3 分子系统学概述第24-26页
   ·分子系统学定义第25页
   ·分子系统学研究方法第25-26页
 4 系统发育树的构建方法第26-28页
   ·距离矩阵法第26页
   ·简约性方法第26-27页
   ·最大似然法第27页
   ·贝叶斯推论法第27-28页
 5 数据组系统发育信号评估和进化树可靠性与置信度检验第28-30页
   ·数据组系统发育信号检验第28-29页
   ·进化树分支可靠性和置信度的检验第29页
   ·似然率检验第29-30页
 6 分子特征和形态特征的比较第30-31页
 7 本研究的目的和意义第31-33页
第二部分 实验材料与方法第33-46页
 1 实验材料第33-35页
   ·标本的采集、鉴定与保存第33页
   ·仪器和试剂第33-35页
     ·实验仪器第33-35页
     ·实验试剂第35页
 2 实验方法第35-38页
   ·总 DNA提取第35-36页
     ·提取过程所用的试剂第35页
     ·提取步骤第35-36页
   ·基因组DNA的检测第36-37页
     ·凝胶电泳检测法第36-37页
     ·紫外分光光度检测法第37页
   ·PCR扩增线粒体 DNA COI基因片段第37-38页
     ·引物第37页
     ·PCR扩增体系第37-38页
     ·PCR扩增反应程序第38页
     ·PCR扩增产物的检测第38页
   ·目的片段序列的测定第38页
 3 实验数据处理和分析第38-46页
   ·序列编辑第38-39页
   ·序列比对第39页
   ·序列组成分析第39页
   ·数据组信号检测第39-41页
   ·系统树构建和外群的选择第41-44页
     ·距离法建树第42页
     ·简约法建树第42-43页
     ·极似然法建树第43页
     ·贝叶斯系统发育推论法建树第43-44页
     ·四种建树方法得到的系统树的比较和总结第44页
   ·瓢虫科食性特征与系统树的对应第44-46页
第三部分 结果分析第46-74页
 1 基因组总DNA的提取、PCR扩增及序列的测定第46-47页
   ·基因组总DNA提取第46-47页
   ·PCR扩增结果第47页
   ·PCR产物测序第47页
 2 实验数据处理和分析第47-63页
   ·序列编辑和序列比对结果第47页
   ·数据集序列分析第47-49页
     ·碱基组成分析第47-48页
     ·碱基替换分析第48页
     ·密码子应用频率第48-49页
     ·氨基酸组成分析第49页
   ·瓢虫科昆虫不同种间的遗传距离第49-55页
     ·核苷酸差异和遗传距离第49-50页
     ·p距离与R值的关系第50-55页
   ·碱基组成偏向性检验第55页
   ·数据组系统发育信号检验第55-56页
     ·碱基替换饱和性分析第55页
     ·随机树长检验第55-56页
     ·PTP检验第56页
   ·系统树构建第56-63页
     ·距离法建树第56-57页
     ·简约法建树第57-59页
     ·极似然法建树第59-61页
     ·贝叶斯法建树第61-62页
     ·四种建树方法得到的系统树的比较和总结第62-63页
   ·瓢虫科食性特征与系统树的对应第63页
 3 分析与讨论第63-74页
   ·目标序列的获得第63-64页
   ·COI基因编码区部分片段的序列组成和分子进化特征第64-66页
     ·基因序列组成特征第64-65页
     ·密码子不同位点碱基组成特征第65页
     ·氨基酸组成和密码子使用特征第65-66页
     ·碱基组成偏向性检验第66页
   ·COI基因序列数据系统发育信号评估第66-67页
   ·各种建树方法的讨论第67-69页
     ·距离法建树分析第67页
     ·简约法建树分析第67-68页
     ·极似然法建树分析第68页
     ·贝叶斯推论法建树分析第68页
     ·四种方法重建系统发育树的比较第68-69页
   ·瓢虫科部分种类的系统发生关系的探讨第69-71页
   ·瓢虫科不同食性类群的演化探讨第71-73页
   ·COI基因对于构建瓢虫科系统树的适用性讨论第73-74页
第四部分 总结第74-76页
参考文献第76-91页
附录一 比对结果第91-95页
附录二 部分测序结果第95-99页
致谢第99-100页
攻读学位期间的研究成果第100页

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