| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 1 绪论 | 第7-11页 |
| ·研究背景 | 第7-8页 |
| ·国内外发展情况 | 第8-9页 |
| ·序列比对 | 第9页 |
| ·本文的研究意义 | 第9-10页 |
| ·本文的结构安排 | 第10-11页 |
| 2 生物信息学 | 第11-18页 |
| ·生物信息学的定义 | 第11页 |
| ·生物信息学研究内容 | 第11-13页 |
| ·生物信息数据库 | 第13-16页 |
| ·核酸序列数据库 | 第14-15页 |
| ·蛋白质序列数据库 | 第15页 |
| ·蛋白质结构数据库(PDB) | 第15-16页 |
| ·生物信息学展望 | 第16-18页 |
| 3 序列比对 | 第18-23页 |
| ·序列比对概述 | 第18-19页 |
| ·序列比对分类 | 第19页 |
| ·序列比对方法简介 | 第19-23页 |
| ·点阵法 | 第20-21页 |
| ·动态规划算法 | 第21-23页 |
| 4 序列对算法的研究及实现 | 第23-46页 |
| ·全局比对 | 第23-28页 |
| ·空位(Gap)罚分 | 第28-29页 |
| ·空位罚分模型 | 第28-29页 |
| ·局部比对 | 第29-33页 |
| ·算法基本思想 | 第30-32页 |
| ·全局比对和局部比对算法讨论 | 第32-33页 |
| ·替代矩阵 | 第33-39页 |
| ·DNA替代矩阵 | 第33-34页 |
| ·氨基酸替代矩阵 | 第34-39页 |
| ·分别使用PAM250与BLOSUM62实验结果比较 | 第39页 |
| ·序列比对的统计检验 | 第39-46页 |
| ·Karlin—Altschul统计方法 | 第40页 |
| ·含有空位的比对模型 | 第40-42页 |
| ·Gumbel极值分布 | 第42-46页 |
| 5 算法比较和实验结果 | 第46-54页 |
| ·其它比对算法 | 第46-48页 |
| ·Fasta算法 | 第46-47页 |
| ·Blast算法 | 第47-48页 |
| ·MUMmer算法 | 第48页 |
| ·PatternHunter算法 | 第48页 |
| ·序列比对算法比较 | 第48-50页 |
| ·实验结果分析 | 第50-54页 |
| ·点阵法 | 第51-52页 |
| ·动态规划算法 | 第52-53页 |
| ·实验结果分析 | 第53-54页 |
| 6.总结 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-57页 |