| 摘 要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 目 录 | 第7-10页 |
| 第一章 引 言 | 第10-22页 |
| ·研究背景和意义 | 第10页 |
| ·分子模拟及其研究进展 | 第10-18页 |
| ·分子模拟软件的基本功能 | 第13-14页 |
| ·分子模拟一般步骤 | 第14页 |
| ·分子模拟基本技术 | 第14-18页 |
| ·几种典型的分子间相互作用力 | 第18-22页 |
| 第二章 分子模拟方法-构象分析与分子对接 | 第22-37页 |
| ·构象分析 | 第22-32页 |
| ·分子力学方法 | 第26-30页 |
| ·基本原理 | 第26-28页 |
| ·系统搜索方法(systematic search) | 第28-29页 |
| ·随机构象搜索方法(random search) | 第29-30页 |
| ·分子动力学方法 | 第30-32页 |
| ·基本原理 | 第30页 |
| ·模拟淬火方法(Quenched Annealing) | 第30页 |
| ·模拟退火方法(Simulated Annealing) | 第30-31页 |
| ·Monte Carlo 方法 | 第31-32页 |
| ·分子对接(Dock) | 第32-37页 |
| ·分子对接法的基本原理 | 第33-34页 |
| ·几种常用的分子对接程序 | 第34-37页 |
| 第三章 丝组二肽及其类似物切割DNA机理的分子模拟 | 第37-71页 |
| ·丝组二肽及其类似物对生物大分子切割作用 | 第37-40页 |
| ·丝组二肽及相关二肽切割DNA的分子模拟 | 第40-62页 |
| ·软件和硬件 | 第40-42页 |
| ·丝组二肽及相关二肽分子构象分析 | 第42-49页 |
| ·丝组二肽及相关二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第49-59页 |
| ·丝组二肽分子与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第50-52页 |
| ·Cys-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第52-53页 |
| ·Thr-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第53-54页 |
| ·Asp-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第54-55页 |
| ·组丝二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第55-56页 |
| ·Ser-Arg与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第56-58页 |
| ·Ser-Lys与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第58-59页 |
| ·丝组二肽及相关二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接小节 | 第59-62页 |
| ·丝组二肽与丝氨酸蛋白酶活性中心结构比对 | 第62-64页 |
| ·缓冲溶液对丝组二肽切割活性的抑制作用模拟 | 第64-68页 |
| ·计算方法 | 第64-66页 |
| ·丝组二肽构象分析 | 第66页 |
| ·柠檬酸和Tris的构象分析 | 第66-67页 |
| ·Ser-His---缓冲试剂复合物构象分析 | 第67-68页 |
| ·本章小结: | 第68-71页 |
| 第四章 丝氨酸组酰胺切割DNA分子模拟 | 第71-83页 |
| ·软件和硬件 | 第72页 |
| ·L/D 丝氨酸组酰胺构象分析 | 第72-73页 |
| ·L/D 丝氨酸组酰胺与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第73-78页 |
| ·人工定点切割试剂设计与展望 | 第78-81页 |
| ·本章小结 | 第81-83页 |
| 第五章 4A-R/S加兰他敏与环糊精相互作用分子动力学研究 | 第83-91页 |
| ·硬件和软件 | 第83-85页 |
| ·加兰他敏4aS/R(4a(, 6(, 8aR*)-galanthamine构象分析 | 第85-87页 |
| ·环糊精结构数据库搜索以及最低能量构象确定 | 第87页 |
| ·4aR/S加兰他敏与环糊精相互作用分子动力学模拟 | 第87-91页 |
| 第六章 五配位磷与蛋白激酶-底物的特异性识别 | 第91-111页 |
| ·蛋白激酶-底物的特异性识别的重要性 | 第91-93页 |
| ·有关酶和底物相互作用的基本原理 | 第93-96页 |
| ·形成酶-底物复合物 | 第94-95页 |
| ·诱导契合假说 | 第95页 |
| ·酶-底物亲和性与米氏常数(Km) | 第95-96页 |
| ·蛋白激酶转移磷酸基机理 | 第96页 |
| ·五配位磷化学 | 第96-98页 |
| ·蛋白质晶体结构数据库数据挖掘(Data Mining) | 第98-101页 |
| ·蛋白激酶-底物识别的分子动力学模拟 | 第101-109页 |
| ·计算方法 | 第101-104页 |
| ·复合物模型构建 | 第103页 |
| ·模型复合物分子动力学模拟 | 第103-104页 |
| ·结果与讨论 | 第104-109页 |
| ·本章小结 | 第109-111页 |
| 结 论 | 第111-112页 |
| 参考文献 | 第112-122页 |
| 致 谢 | 第122-123页 |
| 附录 论文图表索引 | 第123-127页 |
| 个人简历、在学期间的研究成果及发表的论文 | 第127-131页 |
| 个人简历 | 第127-131页 |
