分子动力学模拟蛋白质在固液界面的吸附
| 前 言 | 第1-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-19页 |
| ·蛋白质及其蛋白质的分子结构 | 第8-10页 |
| ·蛋白质分子概述 | 第8页 |
| ·蛋白质分子结构 | 第8-9页 |
| ·蛋白质构象变化 | 第9-10页 |
| ·蛋白质吸附研究 | 第10-14页 |
| ·蛋白质吸附的研究意义 | 第10页 |
| ·影响蛋白质吸附的因素 | 第10-12页 |
| ·疏水性相互作用对蛋白质吸附的影响 | 第10-11页 |
| ·静电作用对蛋白质吸附的影响 | 第11页 |
| ·固体界面对蛋白质吸附的影响 | 第11-12页 |
| ·其它因素 | 第12页 |
| ·蛋白质吸附的研究方法 | 第12-14页 |
| ·分子模拟 | 第14-18页 |
| ·化工过程的多层次性以及分子模拟的多层次性 | 第14页 |
| ·分子模拟软件介绍 | 第14-16页 |
| ·MC方法和MD方法的基本过程及其优缺点 | 第16-17页 |
| ·蛋白质、蛋白质吸附的分子模拟方法 | 第17-18页 |
| ·本论文的研究意义 | 第18-19页 |
| 第二章 分子动力学模拟的理论基础 | 第19-29页 |
| ·分子动力学模拟的基本原理 | 第19-20页 |
| ·积分方法 | 第20-21页 |
| ·积分步长的选取 | 第21-23页 |
| ·势能函数的选取 | 第23-27页 |
| ·周期性边界条件 | 第27页 |
| ·计算速度 | 第27-29页 |
| 第三章 模型建立及其算法 | 第29-49页 |
| ·研究对象 | 第29-31页 |
| ·蛋白质分子和水分子的刚体模型 | 第31-33页 |
| ·刚体模型 | 第31页 |
| ·肽平面的刚体结构 | 第31-32页 |
| ·水分子模型 | 第32-33页 |
| ·势能函数 | 第33-38页 |
| ·势能函数的一般形式 | 第33-35页 |
| ·非键合相互作用势的计算 | 第35-37页 |
| ·界面作用的势函数 | 第37-38页 |
| ·周期性边界条件与最近邻象变换法 | 第38-41页 |
| ·周期性边界条件 | 第38-39页 |
| ·最近邻象变换 | 第39-41页 |
| ·周期性边界条件与最近邻象变化法的算法 | 第41-45页 |
| ·周期性边界条件的程序实现 | 第41-42页 |
| ·最近邻象变化法的程序实现 | 第42-45页 |
| ·初始速度 | 第45-46页 |
| ·约束力 | 第46页 |
| ·程序思路 | 第46-49页 |
| 第四章 模拟结果与讨论 | 第49-55页 |
| ·模拟中心原胞的建立 | 第49-50页 |
| ·聚十赖氨酸的初始构象 | 第50-51页 |
| ·分子动力学模拟结果 | 第51-55页 |
| ·主链结构变化 | 第51-53页 |
| ·侧链结构变化 | 第53-55页 |
| 第五章 结论 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第60-61页 |
| 附 录 | 第61-62页 |
| 致 谢 | 第62页 |
