| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 综述 | 第12-38页 |
| 第一节 引言 | 第12-13页 |
| 第二节 环糊精的结构和性质 | 第13-14页 |
| ·环糊精的结构 | 第13页 |
| ·环糊精的性质 | 第13-14页 |
| 第三节 环糊精形成包结物的条件 | 第14-15页 |
| 第四节 环糊精药物运载的应用 | 第15-17页 |
| 第五节 分子模拟方法 | 第17-23页 |
| ·分子力学方法 | 第18页 |
| ·分子动力学方法 | 第18-21页 |
| ·自由能微扰(FEP)方法和自适应偏置力(ABF)方法 | 第21-23页 |
| 第六节 分子模拟方法在环糊精化学中的应用 | 第23-27页 |
| ·环糊精的结构性质模拟 | 第24页 |
| ·包结物的结构和性质模拟 | 第24-26页 |
| ·包结物结合自由能的计算 | 第26-27页 |
| 第七节 本论文的选题 | 第27-29页 |
| 参考文献 | 第29-38页 |
| 第二章 β-环糊精反常溶解度的分子动力学模拟和自由能计算 | 第38-58页 |
| 第一节 引言 | 第38-39页 |
| 第二节 理论和方法 | 第39-43页 |
| ·原子电荷的确定 | 第39-40页 |
| ·环糊精在溶液中的分子动力学模拟 | 第40页 |
| ·环糊精聚集体分子动力学模拟 | 第40-41页 |
| ·水化自由能计算 | 第41页 |
| ·环糊精扩散系数计算以及与实验结果的比较 | 第41-43页 |
| 第三节 结果与讨论 | 第43-51页 |
| ·第一水化层内水的流动性 | 第43-46页 |
| ·环糊精骨架的刚性分析 | 第46-47页 |
| ·环糊精糖单元间氢键的线性讨论 | 第47-49页 |
| ·环糊精固态聚集体内氢键的翻转 | 第49-50页 |
| ·环糊精的水化自由能 | 第50-51页 |
| 第四节 结论 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-58页 |
| 第三章 环糊精二聚体的分子动力学模拟与自由能计算 | 第58-72页 |
| 第一节 引言 | 第58-59页 |
| 第二节 理论和方法 | 第59-60页 |
| ·环糊精二聚体分子模型 | 第59页 |
| ·环糊精二聚体在真空和溶液中分子动力学模拟 | 第59-60页 |
| ·环糊精二聚体自由能计算 | 第60页 |
| 第三节 结果与讨论 | 第60-68页 |
| ·天然环糊精二聚体在真空中的结构和相互作用 | 第60-63页 |
| ·天然环糊精二聚体在真空中的结合自由能 | 第63-64页 |
| ·天然环糊精二聚体在溶液中结构的变化和结合自由能 | 第64-65页 |
| ·HB-β-CD二聚体的模拟和结合自由能 | 第65-67页 |
| ·环糊精自聚体现象的模拟 | 第67-68页 |
| 第四节 结论 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-72页 |
| 第四章 幽类化合物与环糊精包结作用的分子动力学模拟和自由能计算 | 第72-94页 |
| 第一节 引言 | 第72-73页 |
| 第二节 理论和方法 | 第73-78页 |
| ·分子模型 | 第73-74页 |
| ·CHARMM参数拟合 | 第74-76页 |
| ·分子动力学模拟参数设置 | 第76-77页 |
| ·自由能计算 | 第77-78页 |
| 第三节 结果与讨论 | 第78-88页 |
| ·ABF计算中沿反应坐标变化的自由能曲线分析 | 第78-83页 |
| ·包结物的相对稳定性和优势取向 | 第83-84页 |
| ·FEP计算与ABF计算结果比较 | 第84-86页 |
| ·包结的驱动力 | 第86-87页 |
| ·包结物的结构分析 | 第87-88页 |
| 第四节 结论 | 第88-90页 |
| 参考文献 | 第90-94页 |
| 第五章 丙咪嗪与环糊精自组装的分子动力学模拟 | 第94-106页 |
| 第一节 引言 | 第94页 |
| 第二节 理论和方法 | 第94-97页 |
| ·不同包结模式的分子模型 | 第94-96页 |
| ·包结物在溶液中的分子动力学模拟 | 第96页 |
| ·包结自由能的计算 | 第96-97页 |
| 第三节 结果与讨论 | 第97-102页 |
| ·β-环糊精与丙咪嗪的包结物在真空中结构和相互作用能 | 第97-99页 |
| ·β-环糊精与丙咪嗪在真空中的包结自由能 | 第99-100页 |
| ·β-环糊精与丙咪嗪的包结物在溶液中结构和包结自由能 | 第100-102页 |
| 第四节 结论 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-106页 |
| 个人简历及研究成果 | 第106-107页 |
| 致谢 | 第107页 |
