| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第1章 绪论 | 第14-21页 |
| 1.1 鹭科鸟类简介 | 第14页 |
| 1.2 嗅觉相关基因简介 | 第14-16页 |
| 1.3 鸟类嗅觉研究进展 | 第16-17页 |
| 1.4 转录组测序简介 | 第17页 |
| 1.5 零假设检验与贝叶斯检验 | 第17-19页 |
| 1.6 研究目的与意义 | 第19-21页 |
| 第2章 研究方法 | 第21-32页 |
| 2.1 实验样品准备与提取 | 第21-22页 |
| 2.1.1 实验样品信息 | 第21-22页 |
| 2.1.2 RNA提取质量检测 | 第22页 |
| 2.2 转录组测序 | 第22-24页 |
| 2.2.1 文库构建 | 第22-23页 |
| 2.2.2 测序质量检查 | 第23-24页 |
| 2.2.3 测序数据过滤 | 第24页 |
| 2.2.4 参考序列比对分析 | 第24页 |
| 2.3 转录组生物信息学分析 | 第24-27页 |
| 2.3.1 基因表达水平计算 | 第24-25页 |
| 2.3.2 基因差异表达计算 | 第25页 |
| 2.3.3 差异基因聚类 | 第25-26页 |
| 2.3.4 差异表达基因维恩图 | 第26页 |
| 2.3.5 差异基因GO富集分析 | 第26页 |
| 2.3.6 差异基因GO富集DAG图 | 第26页 |
| 2.3.7 KEGG富集分析 | 第26-27页 |
| 2.3.8 单核苷酸多态性与插入缺失 | 第27页 |
| 2.4 白鹭和夜鹭嗅觉受体基因表达比较分析方法 | 第27-29页 |
| 2.4.1 表达分布检验 | 第28页 |
| 2.4.2 Kruskal-Wallis单因子方差分析及后验检验 | 第28页 |
| 2.4.3 贝叶斯方差分析及后验检验 | 第28-29页 |
| 2.5 白鹭和夜鹭转录组正选择基因的分析方法 | 第29-32页 |
| 2.5.1 转录组数据合并组装和基因注释 | 第29页 |
| 2.5.2 直系同源基因筛选和系统进化树构建 | 第29-30页 |
| 2.5.3 基因选择压力分析 | 第30-32页 |
| 第3章 夜鹭转录组分析的结果和分析 | 第32-58页 |
| 3.1 夜鹭转录测序结果 | 第32-34页 |
| 3.1.1 夜鹭样品RNA质量 | 第32-33页 |
| 3.1.2 夜鹭转录组测序质量 | 第33-34页 |
| 3.1.3 测序序列定位结果 | 第34页 |
| 3.2 差异表达基因分析结果 | 第34-37页 |
| 3.3 差异基因GO富集分析 | 第37-47页 |
| 3.3.1 差异表达基因GO富集分析 | 第37-46页 |
| 3.3.2 嗅觉有关基因GO筛选 | 第46-47页 |
| 3.4 差异基因生物学通路富集 | 第47-51页 |
| 3.5 夜鹭嗅觉受体基因表达分析 | 第51-57页 |
| 3.6 SNP与InDel结果 | 第57-58页 |
| 第4章 白鹭转录组分析的结果和分析 | 第58-81页 |
| 4.1 白鹭转录测序结果 | 第58-60页 |
| 4.1.1 白鹭样品RNA质量 | 第58-59页 |
| 4.1.2 白鹭转录组测序质量 | 第59页 |
| 4.1.3 白鹭测序序列定位结果 | 第59-60页 |
| 4.2 白鹭差异表达基因分析结果 | 第60-62页 |
| 4.3 白鹭差异基因GO富集分析 | 第62-71页 |
| 4.3.1 差异表达基因GO富集分析 | 第62-70页 |
| 4.3.2 嗅觉有关基因GO筛选 | 第70-71页 |
| 4.4 白鹭嗅觉受体基因表达分析 | 第71-80页 |
| 4.5 SNP与InDel分析 | 第80-81页 |
| 第5章 白鹭和夜鹭转录组正选择基因的鉴定 | 第81-85页 |
| 5.1 转录本合并组装和注释结果 | 第81页 |
| 5.2 系统进化树分析 | 第81-82页 |
| 5.3 直系同源基因ka/ks计算 | 第82-85页 |
| 第6章 讨论 | 第85-88页 |
| 6.1 嗅觉受体基因家族数目讨论 | 第85页 |
| 6.2 嗅觉受体基因家族表达讨论 | 第85-86页 |
| 6.3 鹭科鸟类嗅觉适应性进化讨论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-95页 |
| 致谢 | 第95页 |