| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 符号说明 | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-25页 |
| 1.1 水稻黑条矮缩病研究进展 | 第11-21页 |
| 1.1.1 水稻黑条矮缩病病毒的生物学和分子生物学特征 | 第12-16页 |
| 1.1.1.1 呼肠孤病毒科 | 第12-13页 |
| 1.1.1.2 RBSDV病毒粒子结构与特性 | 第13-14页 |
| 1.1.1.3 RBSDV的病原及其同属病毒进化关系 | 第14页 |
| 1.1.1.4 RBSDV病毒基因组 | 第14-15页 |
| 1.1.1.5 RBSDV蛋白组成及功能 | 第15-16页 |
| 1.1.2 RBSDV在水稻上的病情特征以及病毒检测 | 第16-17页 |
| 1.1.2.1 RBSDV在水稻上病情特征 | 第16-17页 |
| 1.1.2.2 RBSDV分子检测方法 | 第17页 |
| 1.1.3 水稻黑条矮缩病病毒(RBSDV)的发生和防治方法 | 第17-20页 |
| 1.1.3.1 RBSDV的自然传播规律 | 第17-18页 |
| 1.1.3.2 RBSDV的物理和化学防治措施 | 第18-19页 |
| 1.1.3.3 培育抗RBSDV水稻品种新思路 | 第19-20页 |
| 1.1.4 研究展望 | 第20-21页 |
| 1.2 基因研究的新方向-转录子测序：RNA-seq | 第21-24页 |
| 1.2.1 转录组研究的重要性以及RNA-seq的优势 | 第21-22页 |
| 1.2.2 RNA-seq的实验原理和试验流程 | 第22-23页 |
| 1.2.3 RNA-seq在转录组研究中的广泛应用及存在的问题 | 第23页 |
| 1.2.4 RNA-seq研究展望 | 第23-24页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第24-25页 |
| 第二章 抗水稻黑条矮缩病新品系的选育 | 第25-41页 |
| 2.1 前言 | 第25-26页 |
| 2.2 材料与方法 | 第26-32页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第26-27页 |
| 2.2.1.1 供体水稻材料 | 第26页 |
| 2.2.1.2 水稻黑条矮缩病病毒 | 第26页 |
| 2.2.1.3 载体 | 第26-27页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第27-32页 |
| 2.2.2.1 无标记纯系筛选 | 第27-28页 |
| 2.2.2.1.1 水稻植株叶片总DNA的提取 | 第27页 |
| 2.2.2.1.2 转基因植株纯系及去标记筛选 | 第27-28页 |
| 2.2.2.2 转基因植株抗性自然鉴定及统计 | 第28-30页 |
| 2.2.2.2.1 抗性自然鉴定 | 第28-29页 |
| 2.2.2.2.2 发病情况调查及病株RT-PCR鉴定统计 | 第29-30页 |
| 2.2.2.3 Real-time PCR分析 | 第30-31页 |
| 2.2.2.3.1 水稻叶片总RNA的提取 | 第30页 |
| 2.2.2.3.2 去除RNA分离物中的基因组DNA | 第30页 |
| 2.2.2.3.3 将RNA反转录成cDNA | 第30页 |
| 2.2.2.3.4 第一链cDNA的合成 | 第30-31页 |
| 2.2.2.3.5 特异性引物实时定量PCR扩增 | 第31页 |
| 2.2.2.4 农艺性状调查 | 第31-32页 |
| 2.3 结果与分析 | 第32-38页 |
| 2.3.1 无选择标记转基因水稻的筛选 | 第32-34页 |
| 2.3.2 转基因植株抗性自然鉴定 | 第34-36页 |
| 2.3.2.1 自然鉴定田间发病情况调查 | 第34-35页 |
| 2.3.2.2 自然鉴定病株的qRT-PCR鉴定 | 第35-36页 |
| 2.3.3 转基因植株的农艺性状调查 | 第36-38页 |
| 2.4 小结与讨论 | 第38-41页 |
| 2.4.1 小结 | 第38页 |
| 2.4.2 讨论 | 第38-41页 |
| 第三章 感病植株的转录组差异表达分析 | 第41-68页 |
| 3.1 前言 | 第41-42页 |
| 3.2 材料与方法 | 第42-48页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第42页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第42-48页 |
| 3.2.2.1 总RNA的提取 | 第42-43页 |
| 3.2.2.2 病株的RT-PCR鉴定 | 第43页 |
| 3.2.2.3 病株及其对照亲本的RNA-seq测序 | 第43页 |
| 3.2.3.4 数据处理与分析 | 第43-48页 |
| 3.2.3.4.1 去除杂质数据 | 第44-45页 |
| 3.2.3.4.2 测序数据与参考序列对比 | 第45页 |
| 3.2.3.4.3 基因表达量统计 | 第45页 |
| 3.2.3.4.4 差异表达基因(DGEs)的筛选 | 第45-46页 |
| 3.2.3.4.5 差异表达基因GO富集分析 | 第46页 |
| 3.2.3.4.6 差异表达基因PATHWAY富集分析 | 第46-47页 |
| 3.2.3.4.7 差异表达基因的荧光定量PCR的验证 | 第47-48页 |
| 3.3 结果与分析 | 第48-65页 |
| 3.3.1 病株的RT-PCR检测 | 第48页 |
| 3.3.2 病株及其亲本对照的RNA-seq分析 | 第48-49页 |
| 3.3.3 样品RNA质量检测 | 第49-52页 |
| 3.3.4 测序结果与分析 | 第52-65页 |
| 3.3.4.1 测序原始数据质量评估 | 第52-53页 |
| 3.3.4.2 数据比对分析 | 第53-54页 |
| 3.3.4.3 基因表达量的统计 | 第54-55页 |
| 3.3.4.4 差异表达基因的筛选 | 第55-56页 |
| 3.3.3.5 GO功能显著性富集分析 | 第56-58页 |
| 3.3.3.6 差异表达基因pathway富集分析 | 第58-63页 |
| 3.3.3.7 与水稻抗病有关的差异基因的挖掘 | 第63页 |
| 3.3.3.8 差异表达基因的RT-PCR的验证 | 第63-65页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第65-68页 |
| 3.4.1 小结 | 第65-66页 |
| 3.4.2 讨论 | 第66-67页 |
| 3.4.3 研究展望 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-76页 |
| 附录 | 第76-81页 |
| 致谢 | 第81-82页 |
