基于蛋白质关系网络的蛋白质络合物抽取研究
| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-14页 |
| ·研究背景 | 第9页 |
| ·蛋白质络合物抽取算法的研究现状 | 第9-11页 |
| ·待解决的问题 | 第11-12页 |
| ·本文工作 | 第12页 |
| ·本文的结构 | 第12-14页 |
| 2 相关知识及评测指标 | 第14-22页 |
| ·蛋白质相互关系及关系网络模型 | 第14页 |
| ·蛋白质关系网络的基本性质 | 第14-15页 |
| ·关系网络的价值 | 第15页 |
| ·蛋白质络合物的结构特性 | 第15-16页 |
| ·实验语料 | 第16-19页 |
| ·蛋白质相互关系数据库 | 第16-17页 |
| ·蛋白质络合物数据库 | 第17-18页 |
| ·蛋白质功能标注数据库 | 第18-19页 |
| ·评价方法 | 第19-22页 |
| 3 基于修正的关系网络的蛋白质络合物抽取算法 | 第22-31页 |
| ·FSCA算法 | 第22-25页 |
| ·概念 | 第22页 |
| ·基于关系网络修正的蛋白质络合物抽取算法 | 第22-23页 |
| ·构造蛋白质关系网络 | 第23页 |
| ·计算FS-Weight值并修正关系网络 | 第23-25页 |
| ·抽取蛋白质络合物集合 | 第25页 |
| ·实验结果及分析 | 第25-31页 |
| ·实验设计 | 第25页 |
| ·数据集 | 第25-26页 |
| ·实验结果及分析 | 第26-30页 |
| ·本章小结 | 第30-31页 |
| 4 基于基因本体的蛋白质络合物抽取 | 第31-43页 |
| ·加入蛋白质络合物的生物特性 | 第31-34页 |
| ·蛋白质络合物的生物结构特征 | 第31-32页 |
| ·蛋白质功能标注 | 第32-34页 |
| ·算法思想 | 第34-36页 |
| ·蛋白质之间的功能相似度 | 第34页 |
| ·构造蛋白质功能相似网络 | 第34-35页 |
| ·基于中心节点抽取蛋白质集合 | 第35-36页 |
| ·合并得到的蛋白质集合 | 第36页 |
| ·实验结果及分析 | 第36-43页 |
| ·实验数据集 | 第37页 |
| ·实验结果 | 第37-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 5 基于蛋白质功能标注的蛋白质络合物抽取 | 第43-53页 |
| ·将蛋白质功能标注作为特征加入到络合物的抽取中 | 第43-44页 |
| ·SVM分类器 | 第43页 |
| ·蛋白质络合物的特征 | 第43-44页 |
| ·算法思想(CCFA) | 第44-45页 |
| ·修正蛋白质关系网络 | 第44页 |
| ·抽取关系网络中的核心(core)蛋白质集合 | 第44页 |
| ·扩充核心(core)蛋白质集合 | 第44-45页 |
| ·添加附属(attachment)蛋白质 | 第45页 |
| ·对得到的蛋白质络合物进行过滤 | 第45页 |
| ·实验结果及分析 | 第45-53页 |
| ·实验数据集 | 第45-46页 |
| ·实验结果 | 第46-52页 |
| ·本章小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-57页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第57-58页 |
| 致谢 | 第58-59页 |
