| 论文创新点 | 第12-13页 |
| 摘要 | 第13-15页 |
| Abstract | 第15-16页 |
| 研究意义 | 第17-18页 |
| 技术路线 | 第18-19页 |
| 第一部分 文献综述 | 第19-51页 |
| 第一章 鸡传染性法氏囊病病毒的研究进展 | 第19-28页 |
| 1 IBDV的基因组结构和编码蛋白 | 第19-23页 |
| 1.1 VP1蛋白 | 第19-20页 |
| 1.2 VP2蛋白 | 第20-21页 |
| 1.3 VP3蛋白 | 第21页 |
| 1.4 VP4蛋白 | 第21-22页 |
| 1.5 VP5蛋白 | 第22-23页 |
| 1.6 5’-NCR和3’-NCR | 第23页 |
| 2 病毒形态结构、复制和繁殖 | 第23-25页 |
| 2.1 病毒的形态和结构 | 第23页 |
| 2.2 IBDV的复制和繁殖 | 第23-25页 |
| 3 IBDV的致病性与免疫抑制 | 第25-26页 |
| 3.1 IBDV的致病性 | 第25页 |
| 3.2 IBDV引起的免疫抑制 | 第25-26页 |
| 4 IBDV与宿主的相互作用研究 | 第26-28页 |
| 第二章 定量蛋白质组学及其在病毒学研究中的应用 | 第28-41页 |
| 1 蛋白质组学研究技术 | 第28-34页 |
| 1.1 定量蛋白质组学 | 第28-34页 |
| 1.1.1 荧光差异双向电泳技术--DIGE | 第29-30页 |
| 1.1.2 细胞培养稳定同位素标记技术--SILAC | 第30-31页 |
| 1.1.3 同位素亲和标签技术--ICAT | 第31-32页 |
| 1.1.4 同位素标记相对和绝对定量技术--iTRAQ | 第32-34页 |
| 2 亚细胞蛋白质组学 | 第34-41页 |
| 2.1 细胞核蛋白质组学 | 第35-37页 |
| 2.1.1 核膜蛋白质组学 | 第36页 |
| 2.1.2 核仁蛋白质组学 | 第36-37页 |
| 2.1.3 核孔复合物蛋白质组 | 第37页 |
| 2.2 线粒体蛋白质组学 | 第37-38页 |
| 2.3 细胞骨架蛋白质组学 | 第38页 |
| 2.4 膜蛋白质组学 | 第38-39页 |
| 2.5 其他细胞器蛋白质组学 | 第39-41页 |
| 2.5.1 高尔基体蛋白质组学 | 第39页 |
| 2.5.2 内质网蛋白质组学 | 第39-40页 |
| 2.5.3 过氧化物酶体和溶酶体蛋白质组学 | 第40-41页 |
| 第三章 Rho GTPases蛋白研究进展 | 第41-51页 |
| 1 Rho GTPases | 第41-44页 |
| 1.1 Rho GEFs | 第43页 |
| 1.2 Rho GAPs | 第43-44页 |
| 1.3 Rho GDIs | 第44页 |
| 2 Rho GTPases的信号途径 | 第44-48页 |
| 2.1 Rho GTPases的上游信号途径 | 第44-45页 |
| 2.2 Rho GTPases的下游信号途径 | 第45-48页 |
| 2.2.1 PAKs(p21-activated kinase) | 第45-46页 |
| 2.2.2 Rho连接激酶(Rho associated coiled-coiled kinase,ROCK) | 第46-47页 |
| 2.2.3 IQGApl(IQ motif containing GTPase-activating protein 1) | 第47-48页 |
| 3 Rho GTPases与细胞骨架 | 第48-51页 |
| 第二部分 研究内容 | 第51-106页 |
| 第一章 基于ITRAQ技术的传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的亚细胞蛋白组分析 | 第51-89页 |
| 摘要 | 第51-53页 |
| 1 材料与方法 | 第53-62页 |
| 1.1 实验材料 | 第53-54页 |
| 1.1.1 毒株与细胞 | 第53页 |
| 1.1.2 试剂与药品 | 第53-54页 |
| 1.1.3 抗体 | 第54页 |
| 1.1.4 仪器和软件 | 第54页 |
| 1.2 实验方法 | 第54-62页 |
| 1.2.1 样品制备 | 第54-55页 |
| 1.2.1.1 样品准备 | 第54-55页 |
| 1.2.1.2 流式细胞仪对样品感染率的检测 | 第55页 |
| 1.2.1.3 预实验SDS-PAGE电泳 | 第55页 |
| 1.2.2 酶解和肽段定量 | 第55-56页 |
| 1.2.3 肽段标记 | 第56页 |
| 1.2.4 毛细管高效液相色谱 | 第56页 |
| 1.2.5 质谱鉴定 | 第56-57页 |
| 1.2.6 数据分析 | 第57-58页 |
| 1.2.6.1 原始质谱数据及Maxquant数据库搜索 | 第57-58页 |
| 1.2.6.2 定量分析 | 第58页 |
| 1.2.7 生物信息学分析 | 第58-59页 |
| 1.2.7.1 层次聚类分析 | 第58-59页 |
| 1.2.7.2 差异蛋白的功能分类 | 第59页 |
| 1.2.7.3 构建差异蛋白互作网络分析 | 第59页 |
| 1.2.8 引物设计 | 第59-62页 |
| 1.2.9 Western blot验证 | 第62页 |
| 1.2.10 免疫荧光(IFA)验证 | 第62页 |
| 2 结果 | 第62-83页 |
| 2.1 样品制备 | 第62-64页 |
| 2.2 预实验SDS-PAGE电泳 | 第64页 |
| 2.3 酶解肽段浓度测定 | 第64-65页 |
| 2.4 蛋白质鉴定结果 | 第65-75页 |
| 2.5 差异表达蛋白的功能分类 | 第75-76页 |
| 2.6 差异表达蛋白的转录本分析 | 第76-77页 |
| 2.7 差异表达蛋白的IPA分析 | 第77-80页 |
| 2.8 差异表达蛋白的免疫荧光验证 | 第80-82页 |
| 2.9 差异表达蛋白的Western blot鉴定 | 第82-83页 |
| 3 讨论 | 第83-89页 |
| 3.1 病毒感染与干扰素诱导效应蛋白 | 第85页 |
| 3.2 病毒感染与RNA加工、凋亡相关蛋白 | 第85-89页 |
| 第二章 RhoGDI及其相关信号通路蛋白在鸡传染性法氏囊病病毒感染中的功能分析 | 第89-106页 |
| 搞要 | 第89-91页 |
| 1 材料与方法 | 第91-95页 |
| 1.1 实验材料 | 第91页 |
| 1.1.1 病毒,细胞、载体和抗体 | 第91页 |
| 1.1.2 试剂、材料和仪器 | 第91页 |
| 1.2 实验方法 | 第91-95页 |
| 1.2.1 感染样品的制备 | 第91-92页 |
| 1.2.2 总RNA抽提 | 第92页 |
| 1.2.3 反转录 | 第92页 |
| 1.2.4 Real-time PCR与数据分析 | 第92-93页 |
| 1.2.5 Western blot验证 | 第93页 |
| 1.2.6 脂质体介导的细胞转染 | 第93-94页 |
| 1.2.7 免疫荧光(IFA)验证 | 第94页 |
| 1.2.8 免疫共沉淀分析 | 第94页 |
| 1.2.9 RhoGDI的过表达 | 第94-95页 |
| 1.2.10 病毒滴度测定 | 第95页 |
| 2 结果 | 第95-103页 |
| 2.1 IBDV感染对宿主DF-1细胞RhoGDI及相关信号通路基因转录水平的影响 | 第95-96页 |
| 2.2 IBDV感染对宿主DF-1细胞RhoGDI蛋白水平的检测 | 第96-97页 |
| 2.3 真核过表达RhoGDI对病毒的主要编码基因的转录水平的影响 | 第97-98页 |
| 2.4 真核过表达RhoGDI对病毒的主要编码蛋白表达水平的影响 | 第98-99页 |
| 2.5 真核过表达RhoGDI对IBDV病毒滴度的影响 | 第99-100页 |
| 2.6 真核过表达病毒编码蛋白VP3对RhoGDI转录水平的影响 | 第100-101页 |
| 2.7 真核过表达病毒编码蛋白VP3对RhoGDI的蛋白表达水平的影响 | 第101页 |
| 2.8 IBDV编码蛋白VP3与RhoGDI效应蛋白RhoA的相互作用分析 | 第101-103页 |
| 3 讨论 | 第103-106页 |
| 总结与展望 | 第106-108页 |
| 参考文献 | 第108-121页 |
| 第三部分 附录 | 第121-130页 |
| 附录A 缩略词 | 第121-123页 |
| 附录B 常用缓冲液及培养基配方 | 第123-129页 |
| 附录C 攻读博士期间录用或待发表的学术论文 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130页 |
