| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第1章 绪论 | 第15-26页 |
| 1.1 选题背景和意义 | 第15-18页 |
| 1.2 研究现状 | 第18-23页 |
| 1.2.1 生物序列图形表达 | 第18-19页 |
| 1.2.2 DNA序列比对 | 第19-20页 |
| 1.2.3 蛋白质亚细胞定位 | 第20-21页 |
| 1.2.4 赖氨酸丙二酰化位点预测 | 第21-23页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第23-24页 |
| 1.4 本文章节安排 | 第24-26页 |
| 第2章 相关理论基础知识 | 第26-44页 |
| 2.1 DNA序列相似性分析 | 第26-30页 |
| 2.1.1 双序列比对方法 | 第27-28页 |
| 2.1.2 多序列比对方法 | 第28-30页 |
| 2.2 蛋白质相关知识介绍 | 第30-39页 |
| 2.2.1 蛋白质的基本概念 | 第31-33页 |
| 2.2.2 蛋白质序列图形表达 | 第33-37页 |
| 2.2.3 蛋白质亚细胞定位 | 第37-39页 |
| 2.3 序列特征提取方法 | 第39-43页 |
| 2.3.1 基于氨基酸组成与位置的方法 | 第39-40页 |
| 2.3.2 基于氨基酸理化性质的特征提取方法 | 第40-42页 |
| 2.3.3 基于数据库挖掘的特征提取方法 | 第42-43页 |
| 2.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第3章 基于2D化学式结构编码的序列特征提取方法及其应用 | 第44-56页 |
| 3.1 引言 | 第44页 |
| 3.2 相关工作 | 第44-45页 |
| 3.3 序列化学式结构图形编码算法 | 第45-52页 |
| 3.3.1 DNA的图形表示方法 | 第45-49页 |
| 3.3.2 分子拓扑指数提取图形不变量 | 第49页 |
| 3.3.3 Balaban指数提取不变量 | 第49-50页 |
| 3.3.4 相似度计算 | 第50-52页 |
| 3.4 实验及结果分析 | 第52-55页 |
| 3.4.1 数据集 | 第52-53页 |
| 3.4.2 分子拓扑指数提取图形不变量结果 | 第53-54页 |
| 3.4.3 Balaban拓扑指数提取图形不变量结果 | 第54-55页 |
| 3.4.4 两种拓扑指数结果对比 | 第55页 |
| 3.5 本章小结 | 第55-56页 |
| 第4章 基于2D费马螺旋线的序列特征提取方法及其应用 | 第56-66页 |
| 4.1 引言 | 第56页 |
| 4.2 DNA序列的2D图形化表示 | 第56-58页 |
| 4.3 螺旋线质点对应质量的求法 | 第58-60页 |
| 4.4 序列数值化表示 | 第60-61页 |
| 4.5 实验及结果分析 | 第61-65页 |
| 4.6 本章小结 | 第65-66页 |
| 第5章 基于3D图形的蛋白质序列相似性分析及凋亡蛋白亚细胞定位预测 | 第66-78页 |
| 5.1 引言 | 第66-67页 |
| 5.2 新型蛋白质序列3D图形表述方法 | 第67-74页 |
| 5.3 循环距离的计算方法 | 第74-75页 |
| 5.4 图形表达在凋亡蛋白亚细胞定位的应用 | 第75-77页 |
| 5.5 本章小结 | 第77-78页 |
| 第6章 基于伪氨基酸组成的赖氨酸丙二酰化位点预测 | 第78-92页 |
| 6.1 引言 | 第78-79页 |
| 6.2 基于伪氨基酸组成的特征提取方法 | 第79-82页 |
| 6.2.1 蛋白质翻译后修饰数据库 | 第79-80页 |
| 6.2.2 丙二酰赖氨酸序列切割 | 第80-81页 |
| 6.2.3 基于物化性质的伪氨基酸组成特征提取 | 第81-82页 |
| 6.3 基于机器学习的分类方法 | 第82-87页 |
| 6.4 实验及结果分析 | 第87-90页 |
| 6.4.1 交叉验证和评估 | 第87-88页 |
| 6.4.2 实验结果与讨论 | 第88-90页 |
| 6.5 赖氨酸丙二酰化位点的大规模鉴定 | 第90-91页 |
| 6.6 本章小结 | 第91-92页 |
| 结论 | 第92-95页 |
| 参考文献 | 第95-104页 |
| 附录A 攻读学位期间所发表的科研成果 | 第104-105页 |
| 附录B 攻读学位期间所参加的科研项目 | 第105-106页 |
| 致谢 | 第106页 |
